Ondersteunde bestandsindelingen
- CZI voor Zeiss-microscopie
- ND2 voor Nikon-tijdreeksen en Z-stacks
- SVS voor Aperio whole-slide beelden
- DICOM voor onderzoek en onderwijs
- TIFF en TIFF-export
- Scannerslides in NDPI, VMS, VMU, MRXS, SCN, BIF, SVSLIDE, QPTIFF en AVS van Hamamatsu, 3DHISTECH, Leica, Ventana, Aperio, Vectra en Agilent ARGOS
- LIF voor confocale en widefield-microscopie van Leica
- IMS voor multichannel-beelden uit Imaris/Bitplane
- Olympus/Evident VSI, OIB/OIF en OIR, Zeiss ZVI en LSM, Leica LOF en XLEF, DeltaVision DV, MetaMorph STK en ND, Hamamatsu NDPIS en OME-Zarr (inclusief HCS-platen), met de instrumentinstellingen die elk bestand vastlegt
- Afbeeldingen in PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF en WebP