Lokale kwantificatie

Kwantificeer celkernen, cellen en deeltjes zonder dat er één pixel weggaat

Lokale kwantificatie maakt getallen van de coupe die u toch al bekijkt. Segmentatie en meting draaien op uw eigen computer, dus ongepubliceerd en patiëntgebonden beeldmateriaal verlaat de machine nooit, en het resultaat verschijnt in hetzelfde venster als het beeld.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Waarom hier kwantificeren

Uw pixels blijven op uw machine

Segmentatie en meting draaien lokaal. Alleen de modelgewichten worden gedownload, en SlideScope controleert de SHA-256-controlesom voordat ze worden geladen. Van het beeld wordt niets geüpload, en dat is precies het verschil dat telt bij ongepubliceerde data, patiëntgebonden materiaal en toetsingscommissies.

Twee engines, allebei expliciet

Gebruik geverifieerde InstanSeg-deeplearninggewichten voor celkernen en cellen, of een expliciete klassieke drempel met automatische Otsu-selectie, polariteitsdetectie, smoothing en oppervlaktegrenzen. U weet altijd welke engine een getal heeft geproduceerd, en de methodesamenvatting legt het vast.

Gebouwd om reproduceerbaar te zijn

Elke run wordt beschreven door een opgeslagen recept: objecttype, engine, kanaal, drempels, oppervlaktegrenzen, markerkanalen. Laad het recept, draai de map opnieuw en u krijgt dezelfde analyse. De geëxporteerde methodesamenvatting is geschreven om in een manuscript te plakken.

Wat eruit komt

  • Objectaantallen, met een gekalibreerde dichtheid per vierkante millimeter zodra de pixelgrootte is vastgelegd
  • Oppervlak, omtrek en vormbeschrijvers voor elk object
  • Gemiddelde intensiteit in elk kanaal, niet alleen in het segmentatiekanaal
  • Optionele classificatie van markerpositieve objecten op een of twee markerkanalen
  • Verdelingen van grootte en intensiteit over de hele objectpopulatie
  • Bewerkbare overlays, zodat een verkeerd gesegmenteerd object vóór export kan worden uitgesloten

Exports die in echte workflows passen

  • CSV-objecttabel voor statistiek in R, Python, Prism of een spreadsheet
  • GeoJSON-contouren die QuPath en ASAP rechtstreeks importeren
  • Gelabelde masker-TIFF met het recept in de bestandsmetadata
  • Geannoteerde PNG voor figuren en presentaties
  • Samenvattings-JSON voor programmatisch gebruik verderop
  • Een uitgeschreven methodesamenvatting om in een manuscript te plakken

Vijf minuten, van beeld naar getal

  1. Kies het gebied

    Kwantificeer het hele beeld of alleen het geselecteerde gebied. Op een gebied werken houdt een gigapixelcoupe snel en houdt de analyse op het weefsel waar het u echt om gaat.

  2. Kies objecten en engine

    Celkernen, cellen of deeltjes. InstanSeg voor celkernen en cellen, klassieke drempelwaarden voor de rest of wanneer u een volledig expliciete regel nodig hebt.

  3. Controleer de overlay

    Resultaten verschijnen als overlay op het beeld. Loop de objecttabel door, bekijk de uitschieters en sluit uit wat de segmentatie verkeerd heeft gelezen. Niets ligt vast tot u dat zegt.

  4. Exporteer of verwerk de map

    Exporteer het pakket, of sla de instellingen op als recept en draai dezelfde analyse in één doorgang over een hele map, met een gecombineerde batchsamenvatting.

Veelgestelde vragen

Verlaten mijn beelden mijn computer?

Nee. Segmentatie en meting draaien in het SlideScope-proces op uw eigen machine. Het enige netwerkverzoek is een eenmalige download van de modelgewichten, en SlideScope controleert de SHA-256-controlesom van zowel het archief als het model voordat er code wordt geladen.

Welke engine moet ik kiezen?

InstanSeg voor celkernen en cellen in doorvallend licht of fluorescentie: die scheidt rakende objecten veel beter dan een drempel. De klassieke engine voor deeltjes, voor ongebruikelijke kleuringen, of wanneer u een regel nodig hebt die u exact in de methodesectie kunt opschrijven.

Kan ik de getallen vertrouwen voor een publicatie?

Behandel ze als onderzoeksresultaat dat uw kwaliteitscontrole vraagt. SlideScope toont de segmentatie juist als bewerkbare overlay zodat u haar kunt controleren, en exporteert een methodesamenvatting die beschrijft hoe elk getal tot stand kwam. De resultaten zijn niet gevalideerd voor diagnose of klinische besluitvorming.

Uitsluitend voor onderzoek. Resultaten vereisen visuele kwaliteitscontrole en zijn niet gevalideerd voor diagnose of klinische besluitvorming.

Kwantificeer deze week uw eigen coupes

De proefperiode van 14 dagen geeft volledige toegang, inclusief lokale kwantificatie en batchruns over mappen. Probeer het op de beelden waar uw lab echt mee werkt.

Proef starten