Fiji または ImageJ を選ぶべき場合
オープンソースの処理、スクリプト、カスタムプラグイン、バッチマクロ、またはラボですでにバリデーション済みの手法にワークフローが依存している場合は、Fiji または ImageJ をお使いください。SlideScope は現在、保存したレシピによる標準的な核・細胞・粒子のセグメンテーションと計数に対応していますが、マクロ言語はなく、カスタムパイプラインを作成する機能もありません。そのため、このエコシステムを置き換えるものではなく、補完するものです。
その他の解析ツールの位置づけ
ここで比較検討されるツールは Fiji と ImageJ だけではありません。多数の画像にわたって繰り返し実行する計測パイプラインが目的なら、CellProfiler と比較してください。全スライドでのオブジェクト検出や Python ネイティブの作業なら、QuPath と napari と比較してください。顕微鏡画像解析ソフトウェアのページでは、表示、校正済み計測、定量がそれぞれどこに位置づけられるかを整理しています。
非提携に関する注記
SlideScope は独立した製品であり、Fiji や ImageJ とは提携していません。製品名は、比較および代替ソフトを探す検索意図を説明するためにのみ使用しています。