ローカル定量

画素を一つも外に出さずに、核・細胞・粒子を定量する

ローカル定量は、いま見ているスライドをそのまま数値に変えます。セグメンテーションと計測は自分のパソコン上で実行されるため、未発表画像や患者由来の画像がマシンを離れることはなく、結果は画像と同じウィンドウに表示されます。

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

ここで定量する理由

セグメンテーションも計測もローカルで動きます。ダウンロードされるのはモデルの重みだけで、SlideScope は読み込む前に SHA-256 ダイジェストを検証します。画像は一切アップロードされません。未発表データ、患者由来の検体、倫理審査においては、この違いが決定的です。

核と細胞には検証済みの InstanSeg 深層学習重みを、それ以外には大津の自動選択・極性判定・平滑化・面積範囲を備えた明示的な古典的しきい値法を使えます。どちらのエンジンが出した数値かは常に分かり、方法サマリーにも記録されます。

各実行は保存されたレシピで記述されます。対象種別、エンジン、チャンネル、しきい値、面積範囲、マーカーチャンネル。レシピを読み込み直してフォルダを再実行すれば、同じ解析が得られます。書き出される方法サマリーは、原稿にそのまま貼れる文章になっています。

領域を選ぶ
画像全体でも、選択した領域だけでも定量できます。領域単位で扱えばギガピクセルのスライドでも軽快なままで、解析対象も本当に見たい組織に絞れます。
対象とエンジンを決める
核、細胞、粒子から選びます。核と細胞は InstanSeg、それ以外や完全に明示的なルールが必要な場合は古典的しきい値法を使います。
オーバーレイを確認する
結果は画像上のオーバーレイとして表示されます。オブジェクト表をたどり、外れ値を確認し、誤って検出されたものを除外してください。確定するかどうかは常にあなたが決めます。
書き出す、またはフォルダを一括処理する
結果一式を書き出すか、設定をレシピとして保存し、フォルダ全体に同じ解析を一度に適用してまとめたバッチサマリーを得ます。

画像データはパソコンの外に出ますか？

出ません。セグメンテーションも計測も、自分のマシン上の SlideScope プロセス内で実行されます。ネットワーク通信はモデル重みの初回ダウンロードだけで、SlideScope はコードを読み込む前にアーカイブとモデル双方の SHA-256 ダイジェストを検証します。

どちらのエンジンを使うべきですか？

明視野でも蛍光でも、核と細胞には InstanSeg を使ってください。接触したオブジェクトの分離がしきい値法よりはるかに得意です。粒子、特殊な染色、あるいは方法欄に正確に書き下せるルールが必要な場合は古典的エンジンを使います。

この数値は論文に使えますか？

あなたの品質確認が必要な研究データとして扱ってください。SlideScope がセグメンテーションを編集可能なオーバーレイとして見せるのは、まさに確認してもらうためです。各数値の算出方法を記した方法サマリーも書き出されます。結果は診断や臨床判断に用いる用途では検証されていません。

研究用途に限ります。結果には目視での品質確認が必要で、診断や臨床判断のための検証は行われていません。

14 日間のトライアルはローカル定量とフォルダ一括処理を含む全機能版です。研究室で実際に扱っている画像で試してください。