CellProfiler の代替を探す理由は、大きく 2 つに分かれます。スクリプト化して公開できる、カスタムで再現性のある計測パイプラインが必要な人もいます。一方で、手元にあったツールだから CellProfiler を開いただけで、本当に必要だったのは画像を見て確認し、何かを計測し、あるいは核や細胞を数えることだった、という人もいます。SlideScope は後者に、標準的な計数も含めて、ご自身のコンピューター上で応えます。
モジュール式の計測パイプライン：オブジェクトを識別して計測し、公開・再実行できる設定で、数百から数千枚の画像にわたって表を書き出します。
さまざまな顕微鏡形式をすばやく開き、メタデータを読み、時間・Z・チャンネルを操作し、校正済みのマイクロメートル単位で計測し、注釈を付けること。そして — v1.8.5 以降は — 保存したレシピでご自身のマシン上でオブジェクトをセグメンテーションして数え、そのレシピをフォルダー全体に再実行することです。
標準的な計数の問いには SlideScope で数分で答えを出します。パイプラインをカスタム構築、スクリプト化、または論文から再現する必要があるときは CellProfiler に移り、数値で異常と示されたものを確認するときは SlideScope に戻ります。
最も多い不満は、パイプラインの品質についてではありません。軽い問いに答えるのにパイプラインツールは大げさすぎる、ということです。チャンネルが飽和していないかの確認、Z スタックが全深度を捉えたかの確認、図のために 1 つの構造を計測することに、パイプラインもパッケージ環境も設定ファイルも必要ありません — しかし、マシン上でそのファイルを開けるのが解析ツールだけなら、人はそれを使うしかありません。
2 つ目の不満は形式へのアクセスです。独自の取得形式を開くこと自体が、解析を始める前の一大プロジェクトになりかねません。SlideScope は CZI、ND2、SVS、DICOM、TIFF と OME-TIFF を、変換ステップも形式ごとのプラグインもなしに直接開けます。
3 つ目は導入の手間です。学生や共同研究者は、画像を一度見るだけでよいことがよくあります。署名済みのデスクトップインストーラーなら、セットアップの時間を取らなくても数分で見られるようになります。
SlideScope にはスクリプトやマクロ言語がなく、カスタムパイプラインを作成する機能もありません。定量はレシピに基づいて行います。オブジェクトの種類、エンジン、チャンネル、しきい値を選び、そのレシピを保存して再実行できますが、任意の計測モジュールを組み合わせたり、公開された CellProfiler パイプラインを 1 ステップずつ再現したりすることはできません。結果は研究用であり、目視による品質管理が必要で、診断用には検証されていません。
オプションの AI Analysis は、画像を把握する手がかりとなる整形された所見を生成します。これは出発点としての説明であって正式な計測値ではなく、検証済みの定量ワークフローの代わりにはなりません。
スクリプトによる解析が必要なら ImageJ と Fiji を、全スライドでのオブジェクト検出や Python ネイティブのワークフローが必要なら QuPath と napari をご覧ください。顕微鏡画像解析ソフトウェアのページでは、それぞれの守備範囲の全体像を整理しています。
最適な利用者：カスタムパイプラインの構築よりも、画像を開き、確認し、計測し、数えることに多くの時間を費やす研究者。そして、ソフトウェアのセットアップの時間を取らずに共同研究者にファイルを見てもらう必要があるチーム。
主な強み：複数形式を直接開ける、校正済みのマイクロメートル単位での計測、メタデータの確認、注釈の保存、フォルダー単位のバッチ実行に対応したデバイス上でのセグメンテーションとオブジェクト定量、CSV・GeoJSON・マスク TIFF・手法の要約の書き出し、そして維持すべき環境がないこと。
重要な制限：スクリプト、マクロ言語、カスタムパイプラインの作成には対応していません。SlideScope は核、細胞、粒子の標準的な定量に対応します。独自のパイプラインや公開されたパイプラインには、引き続き CellProfiler が適したツールです。
最終確認日：2026 年 8 月 6 日。
標準的なオブジェクト計数については、次第にそうなりつつあります。Local Quantification はご自身のマシン上で核、細胞、粒子をセグメンテーションし、校正済みの個数、密度、形態、チャンネルごとの強度、マーカー陽性を報告します。保存したレシピは 1 回の実行でフォルダー全体に適用できます。パイプラインをカスタム構築、スクリプト化、または論文から再現する必要がある場合は、引き続き CellProfiler が適したツールです。現在では、日常的な問いには SlideScope、独自の問いには CellProfiler を使うグループが多くなっています。
はい。核、細胞、粒子のいずれかを選び、セグメンテーションに使うチャンネルを指定して、検証済みの InstanSeg モデルの重みか、明示的な古典的しきい値のいずれかで実行します。面積、形態、全チャンネルの平均強度を含むオブジェクトごとの表に加え、サイズと強度の分布、オプションのマーカー陽性分類、そしてセグメンテーションの誤りを除外できる編集可能なオーバーレイが得られます。書き出し形式は CSV、GeoJSON、マスク TIFF、注釈付き PNG、JSON、そして論文にそのまま貼り付けられる手法の要約です。
いいえ。セグメンテーションと計測はご自身のマシン上で実行されます。ダウンロードされるのはモデルの重みだけで、SlideScope は読み込む前にその SHA-256 ダイジェストを検証します。画像が未発表のものや患者由来のものである場合、これはクラウド解析サービスとの大きな違いです。
取得がうまくいったかの確認、メタデータの読み取り、いくつかの計測、ある領域やフォルダー内のオブジェクトの計数が必要なときです。日常的な計数のためにカスタムパイプラインを構築すると、たいていは計数そのものよりも時間がかかります。
いいえ。SlideScope は Windows と macOS 向けの署名済みデスクトップアプリケーションです。設定すべき環境がないため、共同研究者や学生がソフトウェアのセットアップの時間を取らずにファイルを開く必要がある場合に役立ちます。
はい。SlideScope は画像を TIFF、オブジェクトの輪郭を GeoJSON、セグメンテーション結果をラベル付きマスク TIFF として書き出せます。元の取得データを開いて確認し、関心領域を定量または切り出して、そのいずれかをパイプラインに渡せます。GeoJSON は QuPath と ASAP にも直接インポートできます。
内蔵のサンプルライブラリは、Local Quantification を含むすべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像では、サブスクリプションですべての機能をご利用いただけます。ご登録時に請求（PayPal またはカード）、アカウントからいつでも解約できます。既存のパイプラインツールと並べて使い、それぞれがどこで役立つかを確かめてください。