顕微鏡画像解析ソフトウェア：18 のツールを比較

作業ごとの最適なツール

無料・オープンソースの顕微鏡解析ソフトウェア

これらはすべて無料です。Fiji と QuPath は、Bio-Formats ライブラリを通じて CZI、ND2、LIF、SVS などの独自形式を読み込みます（QuPath は OpenSlide も使用）。ilastik は TIFF、HDF5、OME-Zarr を前提としているため、先に変換してください。

商用の顕微鏡解析ソフトウェア

以下のベンダーはいずれも価格を公開しておらず、すべて見積もり販売で、通常はモジュール、サブスクリプション、機関ライセンスの形を取り、多くは試用版を提供しています。Imaris 11.1 は ZEISS CZI のネイティブリーダーを追加しました。arivis Pro は CZI、ND2、LIF、VSI を含む 30 以上の形式を、Aivia はネイティブの LIF を含む 45 以上の形式を読み込めます。HALO は SVS、NDPI、MRXS、CZI、iSyntax を含む主要な全スライド形式を読み込めます。

2023〜2026 年の変更点

• MetaMorph は提供終了。Molecular Devices は 2023 年 7 月 7 日をもって MetaFluor と MetaVue を含む MetaMorph スイートの提供を終了し、後継製品は示していません（Molecular Devices）。
• CellProfiler は 2024 年 9 月の 4.2.8 以降、安定版がリリースされていません。5.0 の開発タグはありますが、リリースはされていません。
• Leica によると、Aperio ImageScope はもう積極的には開発されていません。無料の Windows 用ビューアとしては引き続き利用できます（Mac での ImageScope を参照）。
• arivis Vision4D は ZEISS arivis Pro になりました。引き続き Windows 専用です。
• Imaris 11.1 は ZEISS CZI をネイティブに読み込めます（2026 年 9 月）。
• NIS-Elements AR 7 には Windows 11 Pro が必要で、Windows 10 には対応していません。
• Fiji のメインビルドは Java 21 に移行し、arm64 ビルドに対応しました。
• Cellpose のモデルは CC-BY-NC のデータで学習されています。コードは BSD ライセンスですが、商用で使う場合はこの点が問題になります。
• Leica Aivia は引き続き開発されています。2026 年 6 月に Aivia 16 がリリースされました。

選び方

機能一覧ではなく、作業から考えてください。イメージングにかかる時間の大半は 4 つの作業に費やされます。取得した画像を見て確認すること、計測して記録すること、オブジェクトを定量すること、そして独自のパイプラインを構築することです。最初の 2 つには高速なビューアが、最後の 1 つにはプログラム可能なプラットフォームが必要です。

全スライドの病理：まず QuPath。バリデーション済みで大規模な組織の定量が必要な研究室では HALO または Visiopharm。共焦点と 3D：予算が許せば Imaris または arivis Pro、そうでなければ Fiji、napari、Icy。デコンボリューションには Huygens。ハイコンテントスクリーニング：CellProfiler。ディープラーニングによるセグメンテーション：napari、Fiji、QuPath の中で Cellpose または StarDist を使うか、インタラクティブな学習には ilastik。データの管理と共有は別の作業です。OMERO（無料）は、上記のすべてのために画像を保管・配信します。

導入を決める前にファイル形式を確認してください。Bio-Formats が対応していても、すべてのバリエーションが開けるとは限りません。QuPath 自身のドキュメントも、一覧にある形式が必ずしも正しく開けるとは限らないと注意しています。当社のフォーマットベンチマークでは、14 の形式の実ファイル 792 個を開き、すべての失敗を公開しています。

SlideScope の位置づけ

SlideScope は Windows と Mac 向けのデスクトップビューアで、CZI、ND2、LIF、SVS、NDPI、MRXS、DICOM、OME-TIFF を直接開けます。バージョン 1.10.0 からは VSI、OIB と OIR、LSM、ZVI、Leica LOF と XLEF、DeltaVision、MetaMorph STK と ND、ローカルの OME-Zarr も、バージョン 1.20.0 からは ICS/IDS、Gatan DM3/DM4、Olympus SIS も開け、各ファイルに記録された取得メタデータも表示します。校正済みのマイクロメートル単位で計測し、注釈を保持し、ローカルでの定量を実行できます。核、細胞、粒子をご自身のコンピューター上でセグメンテーションし、個数、形態、輝度を CSV、GeoJSON、マスク TIFF として書き出し、フォルダー単位のバッチ実行にも対応しています。スクリプト、マクロ、カスタムパイプラインはないため、独自の解析には Fiji、CellProfiler、QuPath、napari を使い続け、SlideScope はその前段で使ってください。比較：Fiji と ImageJ、QuPath と napari、CellProfiler。

顕微鏡画像解析ソフトウェアに関するよくある質問

出典

プラットフォーム、ライセンス、リリースバージョンは、各プロジェクトまたはベンダー自身のサイトとリリースページに基づき、2026 年 10 月 8 日に確認したもので、上の表にリンクを掲載しています。ベンダーが公開していない情報（たとえば HALO や Visiopharm の対応 OS）については、推測せずにその旨を表に記載しています。訂正のご連絡：support@slidescope.science。