visualizzatore di immagini di microscopia

Come aprire file OME-Zarr

Apri in SlideScope su Windows o macOS immagini OME-Zarr (OME-NGFF 0.4 e 0.5), incluse le piastre HCS con ogni pozzetto e campo, e l’output di bioformats2raw con i relativi metadati OME-XML. I pozzetti della piastra si possono scorrere uno alla volta o vedere insieme nella vista XY Overview. OME-Zarr si apre solo da cartelle locali, non da link https remoti.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.10.0

Come aprire file OME-Zarr

  1. Scarica la versione Windows o Mac adatta al computer e installala. L’anteprima gratuita non richiede un account.
  2. Apri SlideScope e apri la cartella .zarr dall’archivio locale. OME-Zarr non si può aprire da un link https remoto.
  3. Seleziona la scena o posizione, se presente, poi esamina i canali, piani Z e punti temporali disponibili.
  4. Controlla la dimensione dei pixel nei metadati prima di misurare. Conserva il file originale durante l’esportazione.

Quando SlideScope è la scelta pratica

  • VSI, OIB/OIF e OIR Olympus/Evident, ZVI e LSM Zeiss, LOF e XLEF Leica, DV DeltaVision, STK e ND MetaMorph, NDPIS Hamamatsu e OME-Zarr (incluse le piastre HCS), con le impostazioni dello strumento registrate in ogni file
  • I revisori necessitano di un’interfaccia desktop senza script o configurazione di plugin.
  • Scorri canali, piani Z, punti temporali e scene, se presenti nel file, controlla la dimensione del pixel in Details e misura in unità calibrate.
  • Misure, note e regioni restano associate al vetrino e si esportano in GeoJSON o CSV.

Scegli in base al flusso di lavoro

Valuta SlideScope se ti serve un’unica applicazione desktop che apra diversi formati di microscopia e quantifichi gli oggetti standard sulla tua macchina. Mantieni lo strumento originale se occorrono controllo del microscopio, elaborazione programmabile, pipeline di analisi con script o gestione istituzionale delle immagini.

Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Elaborazione estensibile, macro, plugin, script, segmentazione, analisi patologica e flussi scientifici Python.

OMERO: Archivi centralizzati, permessi, collaborazione e gestione istituzionale dei dati.

Domande sui file OME-Zarr

Aprire OME-Zarr su un Mac

Usa macOS 14 o successivo. Scegli la versione Apple Silicon o Intel adatta al Mac e copia il file nell’archivio locale prima di aprirlo.

Se il file non si apre

Verifica che la copia sia terminata. Se il problema continua, contatta l’assistenza indicando versione dell’app, formato e messaggio di errore.

A chi serve?

A laboratori di ricerca, core facility, docenti e team di revisione patologica che devono consultare file, metadati, annotazioni e misure.

Documentazione del formato

Consulta la documentazione originale del formato.

OME-Zarr

Ricerche correlate in italiano

Indipendenza e marchi

SlideScope è indipendente e non è affiliato a Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari o OMERO. I nomi sono usati solo per confronti fattuali.

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Esplora vetrini interi, canali di fluorescenza e pile di immagini in un unico spazio di lavoro per Windows e macOS.

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