prohlížeč mikroskopických snímků

Jak otevřít soubory OME-Zarr

Otevírejte obrazy OME-Zarr (OME-NGFF 0.4 a 0.5) v aplikaci SlideScope ve Windows nebo macOS, včetně destiček HCS se všemi jamkami a poli a výstupu bioformats2raw s jeho metadaty OME-XML. Jamky destičky lze procházet postupně nebo zobrazit společně v XY Overview. OME-Zarr se otevírá jen z místních složek, ne ze vzdálených odkazů https.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.10.0

Jak otevřít soubory OME-Zarr

  1. Stáhněte verzi pro svůj počítač Windows nebo Mac a nainstalujte ji. Bezplatný náhled nevyžaduje účet.
  2. Otevřete SlideScope a otevřete složku .zarr z místního úložiště. OME-Zarr nelze otevřít ze vzdáleného odkazu https.
  3. Pokud jsou k dispozici, vyberte scénu nebo pozici a prohlédněte kanály, řezy Z a časové body.
  4. Před měřením zkontrolujte velikost pixelu v metadatech. Při exportu zachovejte původní soubor.

Kdy je SlideScope praktickou volbou

  • Olympus/Evident VSI, OIB/OIF a OIR, Zeiss ZVI a LSM, Leica LOF a XLEF, DeltaVision DV, MetaMorph STK a ND, Hamamatsu NDPIS a OME-Zarr (včetně destiček HCS), s nastavením přístroje, které každý soubor zaznamenává
  • Hodnotitelé potřebují desktopové rozhraní bez skriptů a nastavování pluginů.
  • Procházejte kanály, roviny Z, časové body a scény, pokud je soubor obsahuje, zkontrolujte velikost pixelu v Details a měřte v kalibrovaných jednotkách.
  • Měření, poznámky a oblasti zůstávají připojené k preparátu a exportují se jako GeoJSON nebo CSV.

Výběr podle pracovního postupu

Zvažte SlideScope, pokud potřebujete jednu desktopovou aplikaci, která otevře různé mikroskopické formáty a spočítá standardní objekty přímo na vašem počítači. Původní nástroj použijte pro ovládání mikroskopu, programovatelné zpracování, skriptované analytické pipeline nebo institucionální správu snímků.

Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Rozšiřitelné zpracování, makra, pluginy, skripty, segmentace, patologická analýza a vědecké postupy Python.

OMERO: Centrální úložiště snímků, oprávnění, spolupráce a institucionální správa dat.

Otázky k souborům OME-Zarr

Otevření OME-Zarr na Macu

Použijte macOS 14 nebo novější. Vyberte verzi Apple Silicon nebo Intel pro svůj Mac a před otevřením zkopírujte soubor na místní úložiště.

Pokud soubor nelze otevřít

Ověřte, že kopírování skončilo. Pokud problém trvá, sdělte podpoře verzi aplikace, formát souboru a chybovou zprávu.

Pro koho je určen?

Pro výzkumné laboratoře, mikroskopická pracoviště, pedagogy, studenty a týmy hodnotící patologické snímky.

Dokumentace formátu

Přečtěte si původní dokumentaci formátu.

OME-Zarr

Související vyhledávání v češtině

Nezávislost a ochranné známky

SlideScope je nezávislý a není spojen se společnostmi či projekty Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari ani OMERO. Názvy slouží pouze k věcnému srovnání.

Stáhnout SlideScope

Prozkoumejte celé preparáty, fluorescenční kanály a sady obrazových řezů v jednom přehledném pracovním prostředí pro Windows a macOS.

Stáhnout SlideScope

Máte soubor, který se neotevírá, nebo formát, který v seznamu chybí? Nahlásit soubor nebo formát