Apri file ZEISS CZI in SlideScope su Windows o macOS senza convertirli prima. Esamina i canali e le dimensioni salvati nel file. La visualizzazione locale non carica l’immagine su un server.
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Un file CZI può contenere più scene: i pozzetti di una piastra, regioni a mosaico o le regioni di scansione di un vetrino. SlideScope mostra ogni scena singolarmente o tutte insieme, ed esporta in OME-TIFF la scena che stai visualizzando oppure tutte le scene. Il video e i passaggi seguenti utilizzano un file di esempio pubblico con due scene.
Un file CZI può contenere più scene: pozzetti di una piastra, regioni a mosaico o regioni di scansione. Ecco come visualizzarle una per una ed esportarle in OME-TIFF.
Un CZI con due scene, aperto direttamente. Nessuna conversione. Il controllo Scene passa da una scena alla successiva. La scena 2 è il pozzetto D7. La scena 1 è il pozzetto D6. XY Overview colloca ogni scena nel punto in cui è stata acquisita. Questi due pozzetti distano 9 mm.
Combina i canali in un’unica vista. Disattiva un canale per vedere cosa aggiunge. Ingrandisci. La barra di scala resta calibrata. Details riporta la dimensione del pixel, i canali e i parametri di acquisizione.
Per esportare, scegli File e poi Export Current Image as TIFF. Mentre visualizzi una scena, viene esportata solo quella scena. Prima dell’avvio vedi la dimensione del pixel, i canali e la compressione che verranno scritti. Per esportare tutte le scene, attiva prima XY Overview. Tutte le scene finiscono in un unico file OME-TIFF. Ogni scena è un’immagine a sé al suo interno.
Apri il risultato. Ci sono entrambe le scene, come immagine 1 e immagine 2. La dimensione del pixel e i nomi dei canali sono stati mantenuti.
Un account gratuito ti permette di aprire e visualizzare immagini locali prima di qualsiasi prova. L’esportazione richiede la prova di 3 giorni o un abbonamento. Una scansione a mosaico di grandi dimensioni viene esportata alla risoluzione di anteprima, non a quella completa. È la stessa app su macOS e Windows. Queste immagini sono state registrate su Windows.
Scegli File › Open File… (Ctrl+O su Windows, ⌘O su Mac) oppure trascina il file .czi nella finestra. La prima scena compare subito. Nulla viene convertito e il file non viene caricato da nessuna parte.
Un file con più scene mostra un controllo Scene sotto l’immagine. Usa − e + oppure digita un numero. Ogni scena mantiene le proprie dimensioni e il nome che ha nel file, ad esempio un pozzetto (D6, D7) o una regione a mosaico.
Fai clic su XY Overview accanto al controllo Scene, oppure scegli View › XY Overview (Ctrl+Maiusc+X). Ogni scena viene disegnata nel punto in cui è stata acquisita, spazi intermedi compresi. Fai clic su una scena per selezionarla e doppio clic per aprirla. Le scene molto distanti, come pozzetti a 9 mm l’uno dall’altro, all’inizio appaiono come piccoli riquadri: ingrandisci per vederle.
In Display, seleziona Blend channels into one view per ottenere un composito a colori, oppure disattiva singoli canali. Details riporta la dimensione del pixel, le dimensioni dell’immagine, la scena corrente e le sue dimensioni. Luminosità, contrasto e colori cambiano solo ciò che vedi, mai i pixel memorizzati.
Scegli File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Maiusc+C). Seleziona una cartella e un nome; SlideScope ne propone uno che termina con .ome.tif.
Quando sullo schermo c’è una sola scena, viene esportata solo quella, con un nome come sample_scene-2.ome.tif. Per esportare tutte le scene, attiva prima XY Overview: tutte le scene finiscono in un unico file OME-TIFF, ciascuna come immagine a sé con le proprie dimensioni. Prima di scrivere qualsiasi cosa, una conferma mostra le dimensioni, la dimensione del pixel, i canali e la compressione.
Al termine dell’esportazione fai clic su Open Exported TIFF. SlideScope mostra ogni scena esportata come un’immagine; scorrile con il controllo Image. I lettori OME-TIFF che supportano più immagini per file, come Bio-Formats in Fiji, le elencano come serie separate.
Windows 10 o 11, oppure macOS 14 o successivo su Apple Silicon o Intel. Anteprima gratuita: apri, misura e annota fino a 5 tue immagini locali. Senza account, nessuna carta richiesta. L’esportazione richiede la prova di 3 giorni o un abbonamento (25,00 USD al mese dopo la prova).
Le scene si possono scorrere quando condividono il tipo di pixel e gli stessi canali, piani Z e punti temporali. In caso contrario, SlideScope mostra la prima scena e ne spiega il motivo in Details. Se non è ciò che ti aspetti, inviaci il file.
I colori dei canali provengono dal file, quando li registra. Modificali in Display › Channel colour…; l’esportazione registra i colori che imposti.
Una scansione a mosaico di grandi dimensioni viene esportata alla risoluzione di anteprima, e la conferma lo segnala prima di scrivere qualsiasi cosa. La scansione a piena risoluzione resta consultabile in SlideScope.
La visualizzazione funziona con un account gratuito. L’esportazione richiede la prova gratuita o un abbonamento.
Esempio nel video e negli screenshot: S2_3x3_CH2.czi dai dati di esempio di czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), due scene di un mosaico 3 × 3 con DAPI ed EGFP. Nessun dato dei clienti.
Valuta SlideScope se ti serve un’unica applicazione desktop che apra diversi formati di microscopia e quantifichi gli oggetti standard sulla tua macchina. Mantieni lo strumento originale se occorrono controllo del microscopio, elaborazione programmabile, pipeline di analisi con script o gestione istituzionale delle immagini.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Elaborazione estensibile, macro, plugin, script, segmentazione, analisi patologica e flussi scientifici Python.
OMERO: Archivi centralizzati, permessi, collaborazione e gestione istituzionale dei dati.
Usa macOS 14 o successivo. Scegli la versione Apple Silicon o Intel adatta al Mac e copia il file nell’archivio locale prima di aprirlo.
Verifica che la copia sia terminata. Se il problema continua, contatta l’assistenza indicando versione dell’app, formato e messaggio di errore.
A laboratori di ricerca, core facility, docenti e team di revisione patologica che devono consultare file, metadati, annotazioni e misure.
Consulta la documentazione originale del formato.
SlideScope è indipendente e non è affiliato a Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari o OMERO. I nomi sono usati solo per confronti fattuali.
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