программа для просмотра микроскопических изображений

Как открыть файлы OME-Zarr

Открывайте изображения OME-Zarr (OME-NGFF 0.4 и 0.5) в SlideScope на Windows или macOS, включая планшеты HCS со всеми лунками и полями и результаты bioformats2raw с их метаданными OME-XML. Лунки планшета можно просматривать по очереди или все вместе в XY Overview. OME-Zarr открывается только из локальных папок, а не по удалённым ссылкам https.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.10.0

Как открыть файлы OME-Zarr

  1. Скачайте версию для своего компьютера Windows или Mac и установите её. Для бесплатного предпросмотра учётная запись не нужна.
  2. Откройте SlideScope и откройте папку .zarr с локального диска. OME-Zarr нельзя открыть по удалённой ссылке https.
  3. Выберите сцену или позицию, если они есть, затем просмотрите доступные каналы, Z-срезы и временные точки.
  4. Перед измерением проверьте размер пикселя в метаданных. При экспорте сохраните исходный файл.

Когда SlideScope является практичным выбором

  • Olympus/Evident VSI, OIB/OIF и OIR, Zeiss ZVI и LSM, Leica LOF и XLEF, DeltaVision DV, MetaMorph STK и ND, Hamamatsu NDPIS и OME-Zarr (включая планшеты HCS) с настройками прибора, записанными в каждом файле
  • Пользователям нужен настольный интерфейс без сценариев и настройки плагинов.
  • Переключайтесь между каналами, Z-плоскостями, временными точками и сценами, если они есть в файле, проверьте размер пикселя в Details и измеряйте в калиброванных единицах.
  • Измерения, заметки и области остаются привязанными к препарату и экспортируются в GeoJSON или CSV.

Выбор по рабочему процессу

Оцените SlideScope, если нужна одна настольная программа, которая открывает файлы разных микроскопов и считает стандартные объекты на вашем собственном компьютере. Оригинальная программа предпочтительнее для управления микроскопом, программируемой обработки, скриптовых конвейеров анализа или централизованного управления изображениями.

Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Расширяемой обработки, макросов, плагинов, сценариев, сегментации, анализа патологии и научных процессов Python.

OMERO: Централизованного хранилища, прав доступа, совместной работы и управления данными учреждения.

Вопросы о файлах OME-Zarr

Открытие OME-Zarr на Mac

Используйте macOS 14 или новее. Выберите сборку Apple Silicon или Intel для своего Mac и перед открытием скопируйте файл на локальный диск.

Если файл не открывается

Убедитесь, что копирование завершено. Если ошибка остаётся, сообщите поддержке версию приложения, формат файла и текст ошибки.

Для кого предназначен SlideScope?

Для исследовательских лабораторий, центров микроскопии, преподавателей, студентов и групп просмотра патологических изображений.

Документация формата

Прочитайте исходную документацию формата.

OME-Zarr

Связанные запросы на русском языке

Независимость и товарные знаки

SlideScope является независимым продуктом и не связан с Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari или OMERO. Названия используются только для объективного сравнения.

Скачать SlideScope

Изучайте целые препараты, каналы флуоресценции и стеки изображений в едином удобном рабочем пространстве для Windows и macOS.

Скачать SlideScope

Файл не открывается или формата нет в списке? Сообщить о файле или формате