Wat deze video behandelt
Aperio ImageScope, de gebruikelijke SVS-viewer, draait alleen op Windows. Een SVS-whole-slide-beeld is een piramide van meerdere gigabytes, dus gewone beeldapps op een Mac weigeren het of proberen alles in één keer te laden.
Deze video legt uit waarom whole-slide-beelden een ander soort viewer nodig hebben en opent daarna een SVS-coupe op een Mac: zoomen van de hele weefselcoupe tot losse cellen, de scanmetadata lezen, meten in gekalibreerde micron, en welke formaten de viewer niet opent.
Lees je liever? Zo open je SVS-bestanden: alle opties vergeleken.
Transcript
Bijgewerkt sinds de opname. Waar de video zegt dat Olympus VSI niet opent, is dat veranderd: sinds versie 1.10.0 opent SlideScope Olympus/Evident VSI-coupes direct, ook coupes met meerdere scangebieden, en sinds versie 1.20.0 opent het ook Philips iSyntax-coupes. De proefperiode uit de gesproken tekst wordt niet meer aangeboden aan nieuwe aanmeldingen, en de genoemde prijzen zijn veranderd: de ingebouwde voorbeeldbibliotheek is gratis met elke tool, en voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig, gefactureerd wanneer je je abonneert met PayPal of kaart. De actuele prijzen staan op de prijzenpagina. Zie prijzen.
Iemand heeft je een SVS-coupe van twee gigabyte gestuurd. Voorvertoning opent hem niet, en ImageScope draait alleen op Windows.
Een SVS is een whole-slide-beeld van een Aperio- of Leica-scanner - een piramide op basis van TIFF.
Het is dezelfde coupe, opgeslagen in veel resoluties.
Open de .svs direct. Het overzicht verschijnt meteen.
Hij leest eerst het grofste piramideniveau, dus niets wacht op het volledige bestand.
Zoom in en fijnere tegels stromen binnen. Een coupe van meerdere gigabytes, op een gewone laptop.
Geen beeldserver, geen PACS. De coupe wordt van schijf gelezen.
De metadata van de coupe staan naast het beeld.
De scanner heeft de pixelgrootte vastgelegd, dus deze meting is in echte micrometers.
In één stap terug naar de hele coupe.
Twee eerlijke beperkingen. Ten eerste de formaten.
SVS, piramidale TIFF, OME-TIFF, NDPI, MRXS en whole-slide-DICOM openen allemaal.
Philips iSyntax en Olympus VSI niet. Exporteer die bij de scanner naar TIFF.
Een multiplex-QPTIFF opent wel, maar toont een RGB-weergave in plaats van de afzonderlijke kanalen.
Ten tweede de reikwijdte: dit is de beoordelingslaag, geen casusbeheer en geen diagnostisch hulpmiddel.
Een proefperiode van 3 dagen met volledige toegang, daarna $25.00 per maand. De link staat in de beschrijving.