Wat deze video behandelt
Een Nikon .nd2-bestand is zelden één beeld: het kan tijdpunten, focusvlakken, kanalen en tafelposities in één bestand bevatten. Deze video legt uit wat er in een ND2 zit en opent er een in SlideScope op Mac of Windows.
Je ziet de regelaars voor tijd, diepte en kanalen, de acquisitiemetadata en een gekalibreerde meting, gevolgd door een eerlijke lijst van wat een viewer niet doet in vergelijking met NIS-Elements of Fiji.
Lees je liever? Zo open je ND2-bestanden: alle opties vergeleken.
Transcript
Bijgewerkt sinds de opname. Waar de gesproken tekst zegt dat SlideScope geen segmentatie of batchkwantificatie doet, klopt dat niet: sinds v1.8.5 segmenteert en telt Local Quantification kernen, cellen of deeltjes op je eigen computer en kan het een opgeslagen recept op een hele map toepassen. Er is nog steeds geen script- of macrotaal. De proefperiode uit de gesproken tekst wordt niet meer aangeboden aan nieuwe aanmeldingen, en de genoemde prijzen zijn veranderd: de ingebouwde voorbeeldbibliotheek is gratis met elke tool, en voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig, gefactureerd wanneer je je abonneert met PayPal of kaart. De actuele prijzen staan op de prijzenpagina. Zie prijzen.
ND2 is het formaat van Nikon. Het komt uit NIS-Elements, en bijna niets anders kan het openen.
ND2-bestanden zijn zelden één enkel beeld.
Het zijn tijdreeksen, Z-stacks en meerdere kanalen, vaak allemaal tegelijk.
Open de .nd2 direct. Geen conversiestap.
Dit is een time-lapse. Schuif door de tijdpunten.
Een aparte schuifregelaar loopt door de diepte - dit bestand heeft elf Z-vlakken.
Meng de kanalen tot één weergave.
Zet elk kanaal apart aan of uit om te zien wat het bijdraagt.
Acquisitiemetadata: objectief, pixelgrootte, interval.
Door die pixelgrootte staat de meting in micrometer.
Dit is een viewer. Hij voert je analyseroutines uit NIS-Elements niet uit.
Hij bestuurt de microscoop niet en doet geen batchkwantificatie.
Hij exporteert TIFF, dus je werk gaat probleemloos verder in Fiji of CellProfiler.
Mac en Windows, dezelfde app. Een proefperiode van 3 dagen met volledige toegang, daarna $25.00 per maand.