Wat deze video behandelt
Een ZEISS .czi-bestand opent niet op een Mac door erop te dubbelklikken, en ZEISS ZEN lite, de gratis viewer van de leverancier, draait alleen op Windows. Fiji opent CZI via Bio-Formats op elk platform, maar het is een analyseplatform. Deze video vergelijkt de opties en opent daarna een echt CZI-bestand in SlideScope.
Je ziet de beeldpiramide laden zonder dat het bestand wordt geconverteerd, kanalen apart en als kleurencomposiet, een Z-stack die vlak voor vlak wordt doorlopen, de acquisitiemetadata en een meting in gekalibreerde micrometers.
Lees je liever? Zo open je CZI-bestanden: alle opties vergeleken.
Transcript
Bijgewerkt sinds de opname. Waar de gesproken tekst zegt dat SlideScope geen segmentatie of batchkwantificatie doet, klopt dat niet: sinds v1.8.5 segmenteert en telt Local Quantification kernen, cellen of deeltjes op je eigen computer en kan het een opgeslagen recept op een hele map toepassen. Er is nog steeds geen script- of macrotaal. De proefperiode uit de gesproken tekst wordt niet meer aangeboden aan nieuwe aanmeldingen, en de genoemde prijzen zijn veranderd: de ingebouwde voorbeeldbibliotheek is gratis met elke tool, en voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig, gefactureerd wanneer je je abonneert met PayPal of kaart. De actuele prijzen staan op de prijzenpagina. Zie prijzen.
Dit is een CZI-bestand van een Zeiss-microscoop. Dubbelklik erop op een Mac en er gebeurt niets.
ZEN lite is de gratis tool van de leverancier, maar die draait alleen op Windows.
Fiji leest CZI via Bio-Formats op de Mac, maar dat is een analyseplatform voor één beeld.
Open de .czi direct. Geen importstap, geen conversie.
Hij leest de beeldpiramide, dus hij zoomt zonder het hele bestand te laden.
Pan rond op volledige resolutie. De schaalbalk blijft gekalibreerd.
De kanalen staan links. Composite mengt ze in kleur.
Zet elk kanaal apart aan of uit om te zien wat het bijdraagt.
Dit bestand is een Z-stack. De schuifregelaar loopt door de focusvlakken.
De metadata staan naast het beeld: objectief, pixelgrootte, acquisitie-instellingen.
Omdat hij de pixelgrootte heeft gelezen, komen metingen terug in micrometer.
Om eerlijk te zijn over wat dit is: dit is een viewer. Geen segmentatie, geen batchkwantificatie en geen scripts.
Hij exporteert TIFF, dus het gebied doorgeven gaat probleemloos.
Voor onderzoek, onderwijs en beoordeling. Niet voor klinische diagnostiek.
Dezelfde app op Windows 10 of later en macOS 14 of later, Apple Silicon of Intel.
De Windows-versies zijn met code ondertekend via SSL.com.
Een proefperiode van 3 dagen met volledige toegang, daarna $25.00 per maand. De link staat in de beschrijving.