Qué cubre este video
Un archivo .nd2 de Nikon rara vez es una sola imagen: puede contener puntos de tiempo, planos focales, canales y posiciones de la platina en un mismo archivo. Este video explica qué hay dentro de un ND2 y abre uno en SlideScope en Mac o Windows.
Verás los controles de tiempo, profundidad y canales, los metadatos de adquisición y una medición calibrada, seguidos de una lista honesta de lo que un visor no hace en comparación con NIS-Elements o Fiji.
¿Prefieres leer? Cómo abrir archivos ND2: todas las opciones comparadas.
Transcripción
Actualizado después de la grabación. Donde la narración dice que SlideScope no hace segmentación ni cuantificación por lotes, eso no es correcto: desde la v1.8.5, Local Quantification segmenta y cuenta núcleos, células o partículas en tu propia computadora y puede ejecutar una receta guardada sobre una carpeta. Sigue sin haber un lenguaje de scripts ni de macros. La prueba que menciona la narración ya no se ofrece a quienes se registran por primera vez, y los precios citados cambiaron: la biblioteca de muestras incluida es gratuita con todas las herramientas, y abrir tus propias imágenes requiere una suscripción, que se cobra al suscribirte con PayPal o tarjeta. Los precios actuales están en la página de precios. Consulta los precios.
ND2 es el formato de Nikon. Sale de NIS-Elements, y casi nada más lo abre.
Los archivos ND2 rara vez son una sola imagen.
Son series temporales, pilas Z y múltiples canales, muchas veces todo a la vez.
Abre el .nd2 directamente. Sin paso de conversión.
Este es un time-lapse. Recorre los puntos de tiempo.
Un control deslizante aparte recorre la profundidad: este archivo tiene once planos Z.
Combina los canales en una sola vista.
Activa o desactiva cada canal por separado para ver lo que aporta.
Metadatos de adquisición: objetivo, tamaño de píxel, intervalo.
Ese tamaño de píxel es la razón por la que la medición se muestra en micrómetros.
Esto es un visor. No ejecutará tus rutinas de análisis de NIS-Elements.
No controla el microscopio ni hace cuantificación por lotes.
Exporta TIFF, así que el trabajo pasa sin problemas a Fiji o CellProfiler.
Mac y Windows, la misma aplicación. Una prueba de 3 días con acceso completo y luego $25.00 al mes.