Di cosa parla questo video
Un file Nikon .nd2 raramente è una sola immagine: può contenere punti temporali, piani focali, canali e posizioni del tavolino in un unico file. Questo video spiega che cosa c’è dentro un ND2 e ne apre uno in SlideScope su Mac o Windows.
Vedrai i controlli per tempo, profondità e canali, i metadati di acquisizione e una misura calibrata, seguiti da un elenco onesto di ciò che un visualizzatore non fa rispetto a NIS-Elements o Fiji.
Preferisci leggere? Come aprire file ND2: tutte le opzioni a confronto.
Trascrizione
Aggiornato dopo la registrazione. Dove la narrazione dice che SlideScope non fa segmentazione né quantificazione in batch, non è corretto: dalla v1.8.5, Local Quantification segmenta e conta nuclei, cellule o particelle sul tuo computer e può applicare una ricetta salvata a un’intera cartella. Non c’è ancora un linguaggio di scripting o di macro. La prova citata nella narrazione non è più offerta ai nuovi iscritti e i prezzi indicati sono cambiati: la libreria di campioni inclusa è gratuita con tutti gli strumenti, mentre per aprire le tue immagini serve un abbonamento, addebitato al momento della sottoscrizione con PayPal o carta. I prezzi attuali sono nella pagina dei prezzi. Vedi prezzi.
ND2 è il formato di Nikon. Viene prodotto da NIS-Elements e quasi nient’altro lo apre.
I file ND2 raramente sono una sola immagine.
Sono serie temporali, Z-stack e canali multipli, spesso tutto insieme.
Apri direttamente il file .nd2. Nessun passaggio di conversione.
Questo è un time-lapse. Scorri i punti temporali.
Un cursore separato scorre la profondità: questo file ha undici piani Z.
Unisci i canali in un’unica vista con Blend channels into one view.
Attiva e disattiva ogni canale separatamente per vedere che cosa apporta.
Metadati di acquisizione: obiettivo, dimensione del pixel, intervallo.
È grazie a quella dimensione del pixel che la misura è espressa in micrometri.
Questo è un visualizzatore. Non esegue le tue routine di analisi di NIS-Elements.
Non controlla il microscopio e non fa quantificazione in batch.
Esporta in TIFF, così il lavoro passa senza intoppi a Fiji o CellProfiler.
Mac e Windows, la stessa app. Una prova di 3 giorni con accesso completo, poi $25.00 al mese.