O que este vídeo aborda
Um arquivo Nikon .nd2 raramente é uma única imagem: ele pode conter pontos de tempo, planos focais, canais e posições da platina em um só arquivo. Este vídeo explica o que há dentro de um ND2 e abre um no SlideScope, no Mac ou no Windows.
Você vê os controles de tempo, profundidade e canais, os metadados de aquisição e uma medição calibrada, seguidos de uma lista honesta do que um visualizador não faz em comparação com o NIS-Elements ou o Fiji.
Prefere ler? Como abrir arquivos ND2: todas as opções comparadas.
Transcrição
Atualizado desde a gravação. Onde a narração diz que o SlideScope não faz segmentação nem quantificação em lote, isso não está correto: desde a v1.8.5, a Local Quantification segmenta e conta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador e pode executar uma receita salva em uma pasta inteira. Ainda não há linguagem de scripts nem de macros. O teste citado na narração não é mais oferecido a novos cadastros, e os preços mencionados mudaram: a biblioteca de amostras incluída é gratuita, com todas as ferramentas, e para abrir suas próprias imagens é preciso uma assinatura, cobrada no momento da assinatura, com PayPal ou cartão. Os preços atuais estão na página de planos e preços. Veja planos e preços.
ND2 é o formato da Nikon. Ele sai do NIS-Elements, e quase nada além dele o abre.
Arquivos ND2 raramente são uma única imagem.
São séries temporais, pilhas Z e vários canais, muitas vezes tudo ao mesmo tempo.
Abra o .nd2 diretamente. Sem etapa de conversão.
Este é um time-lapse. Percorra os pontos de tempo.
Um controle deslizante separado percorre a profundidade - este arquivo tem onze planos Z.
Combine os canais em uma única visualização.
Ative e desative cada canal separadamente para ver o que ele contribui.
Metadados de aquisição: objetiva, tamanho de pixel, intervalo.
É por causa desse tamanho de pixel que a medição aparece em micrômetros.
Isto é um visualizador. Ele não executa as suas rotinas de análise do NIS-Elements.
Ele não controla o microscópio e não faz quantificação em lote.
Ele exporta TIFF, então o trabalho passa sem complicações para o Fiji ou o CellProfiler.
Mac e Windows, o mesmo aplicativo. Um teste de 3 dias com acesso completo e depois $25.00 por mês.