O que este vídeo aborda
Um ficheiro Nikon .nd2 raramente é uma única imagem: pode conter pontos temporais, planos focais, canais e posições da platina num só ficheiro. Este vídeo explica o que está dentro de um ND2 e abre um no SlideScope, no Mac ou no Windows.
Vê os controlos de tempo, profundidade e canais, os metadados de aquisição e uma medição calibrada, seguidos de uma lista honesta do que um visualizador não faz em comparação com o NIS-Elements ou o Fiji.
Prefere ler? Como abrir ficheiros ND2: todas as opções comparadas.
Transcrição
Atualizado desde a gravação. Onde a narração diz que o SlideScope não faz segmentação nem quantificação em lote, isso não está correto: desde a v1.8.5, a quantificação local segmenta e conta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador e pode executar uma receita guardada numa pasta inteira. Continua a não haver scripts nem linguagem de macros. A avaliação referida na narração já não é oferecida a novos registos e os preços indicados mudaram: a biblioteca de amostras incluída é gratuita com todas as ferramentas, e para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição, cobrada no momento em que subscreve, com PayPal ou cartão. Os preços atuais estão na página de preços. Consulte os preços.
O ND2 é o formato da Nikon. É gerado pelo NIS-Elements e quase nada mais o abre.
Os ficheiros ND2 raramente são uma única imagem.
São séries temporais, pilhas Z e vários canais, muitas vezes tudo ao mesmo tempo.
Abra o .nd2 diretamente. Sem passo de conversão.
Este é um time-lapse. Percorra os pontos temporais.
Um cursor separado percorre a profundidade - este ficheiro tem onze planos Z.
Combine os canais numa única vista (Blend channels into one view).
Ligue e desligue cada canal de forma independente para ver o que ele acrescenta.
Metadados de aquisição: objetiva, tamanho do píxel, intervalo.
É graças a esse tamanho do píxel que a medição aparece em micrómetros.
Isto é um visualizador. Não executa as suas rotinas de análise do NIS-Elements.
Não controla o microscópio nem faz quantificação em lote.
Exporta TIFF, por isso o trabalho passa sem problemas para o Fiji ou o CellProfiler.
Mac e Windows, a mesma aplicação. Uma avaliação de 3 dias com acesso total e depois $25.00 por mês.