Qué trata este vídeo
Un archivo ZEISS .czi puede contener varias escenas: los pocillos de una placa, regiones de mosaico o las regiones escaneadas de un portaobjetos. Este recorrido abre un CZI de dos escenas en SlideScope, pasa por cada escena y muestra con XY Overview dónde se registró cada una.
Después comprueba los canales y el tamaño de píxel, exporta una escena o todas las escenas a OME-TIFF y vuelve a abrir el resultado. Los archivos exportados conservan el tamaño de píxel y los nombres de los canales, así que Fiji, QuPath y otros lectores basados en Bio-Formats los abren correctamente.
¿Prefieres leer? Cómo abrir archivos CZI, incluidos los de varias escenas.
Transcripción
Actualizado desde la grabación. Donde la narración menciona una prueba para exportar: la prueba de la narración ya no se ofrece a los nuevos registros y los precios mencionados han cambiado: la biblioteca de muestras integrada es gratuita con todas las herramientas, y para abrir tus propias imágenes necesitas una suscripción, que se cobra al suscribirte con PayPal o tarjeta. Los precios actuales están en la página de precios. Consulta los precios.
Un archivo CZI puede contener varias escenas: pocillos de una placa, regiones de mosaico o regiones escaneadas.
Así puedes ver cada una y exportarlas como OME-TIFF.
Un CZI con dos escenas, abierto directamente. Sin conversión.
El control Scene pasa de una escena a la siguiente.
La escena 2 es el pocillo D7. La escena 1 es el pocillo D6.
XY Overview coloca cada escena donde se registró.
Estos dos pocillos están a 9 mm de distancia.
Combina los canales en una sola vista (Blend channels into one view).
Desactiva un canal para ver lo que aporta.
Acerca el zoom. La barra de escala sigue calibrada.
Details muestra el tamaño de píxel, los canales y los parámetros de adquisición.
Para exportar, elige File y después Export Current Image as TIFF.
Mientras ves una escena, solo se exporta esa escena.
Antes de empezar, ves el tamaño de píxel, los canales y la compresión que va a escribir.
Para exportar todas las escenas, activa primero XY Overview.
Todas las escenas van a un único archivo OME-TIFF. Cada escena es una imagen propia dentro de él.
Abre el resultado. Las dos escenas están ahí, como imagen 1 e imagen 2.
El tamaño de píxel y los nombres de los canales se han conservado.
Una cuenta gratuita te permite abrir y ver imágenes locales antes de cualquier prueba.
Para exportar se necesita la prueba de 3 días o una suscripción.
Un escaneo grande en mosaico se exporta a su resolución de vista general, no al escaneo completo.
Es la misma aplicación en macOS y Windows. Estas imágenes se grabaron en Windows.