O que este vídeo aborda
Um arquivo .czi da ZEISS pode conter várias cenas: os poços de uma placa, regiões de mosaico ou as regiões de digitalização de uma lâmina. Este passo a passo abre um CZI com duas cenas no SlideScope, percorre cada cena e mostra, com o XY Overview, onde cada uma foi registrada.
Em seguida, ele confere os canais e o tamanho do pixel, exporta uma cena ou todas as cenas para OME-TIFF e reabre o resultado. Os arquivos exportados mantêm o tamanho do pixel e os nomes dos canais, então o Fiji, o QuPath e outros leitores Bio-Formats os abrem corretamente.
Prefere ler? Como abrir arquivos CZI, incluindo arquivos com várias cenas.
Transcrição
Atualizado desde a gravação. Onde a narração menciona um teste para exportar: o teste citado na narração não é mais oferecido a novos cadastros, e os preços mencionados mudaram: a biblioteca de amostras incluída é gratuita, com todas as ferramentas, e para abrir suas próprias imagens é preciso uma assinatura, cobrada no momento da assinatura, com PayPal ou cartão. Os preços atuais estão na página de planos e preços. Veja planos e preços.
Um arquivo CZI pode conter várias cenas: poços de uma placa, regiões de mosaico ou regiões de digitalização.
Veja como visualizar cada uma e exportá-las como OME-TIFF.
Um CZI com duas cenas, aberto diretamente. Sem conversão.
O controle Scene passa de uma cena para a próxima.
A cena 2 é o poço D7. A cena 1 é o poço D6.
O XY Overview posiciona cada cena onde ela foi registrada.
Estes dois poços ficam a 9 mm um do outro.
Combine os canais em uma única visualização.
Desligue um canal para ver o que ele contribui.
Aproxime o zoom. A barra de escala continua calibrada.
Details lista o tamanho do pixel, os canais e as configurações de aquisição.
Para exportar, escolha File e depois Export Current Image as TIFF.
Enquanto você visualiza uma cena, só essa cena é exportada.
Antes de começar, você vê o tamanho do pixel, os canais e a compressão que serão gravados.
Para exportar todas as cenas, ative o XY Overview primeiro.
Todas as cenas vão para um único arquivo OME-TIFF. Cada cena é uma imagem própria dentro dele.
Abra o resultado. As duas cenas estão lá, como imagem 1 e imagem 2.
O tamanho do pixel e os nomes dos canais foram preservados.
Uma conta gratuita permite abrir e visualizar imagens locais antes de qualquer teste.
A exportação exige o teste de 3 dias ou uma assinatura.
Uma digitalização grande em mosaico é exportada na resolução da visão geral, não na digitalização completa.
É o mesmo aplicativo no macOS e no Windows. Estas imagens foram renderizadas no Windows.