Di cosa parla questo video
Un file ZEISS .czi può contenere più scene: i pozzetti di una piastra, regioni a tessere o le regioni di scansione di un vetrino. Questa dimostrazione apre un CZI con due scene in SlideScope, passa da una scena all’altra e mostra con XY Overview dove è stata registrata ciascuna.
Poi controlla i canali e la dimensione del pixel, esporta una scena o tutte le scene in OME-TIFF e riapre il risultato. I file esportati mantengono la dimensione del pixel e i nomi dei canali, così Fiji, QuPath e gli altri lettori basati su Bio-Formats li aprono correttamente.
Preferisci leggere? Come aprire file CZI, compresi quelli multi-scena.
Trascrizione
Aggiornato dopo la registrazione. Dove la narrazione parla di una prova per l’esportazione: la prova citata nella narrazione non è più offerta ai nuovi iscritti e i prezzi indicati sono cambiati: la libreria di campioni inclusa è gratuita con tutti gli strumenti, mentre per aprire le tue immagini serve un abbonamento, addebitato al momento della sottoscrizione con PayPal o carta. I prezzi attuali sono nella pagina dei prezzi. Vedi prezzi.
Un file CZI può contenere più scene: pozzetti di una piastra, regioni a tessere o regioni di scansione.
Ecco come visualizzarle una per una ed esportarle in OME-TIFF.
Un CZI con due scene, aperto direttamente. Nessuna conversione.
Il controllo Scene passa da una scena alla successiva.
La scena 2 è il pozzetto D7. La scena 1 è il pozzetto D6.
XY Overview colloca ogni scena nel punto in cui è stata registrata.
Questi due pozzetti distano 9 mm.
Unisci i canali in un’unica vista con Blend channels into one view.
Disattiva un canale per vedere che cosa apporta.
Ingrandisci. La barra di scala resta calibrata.
Details elenca la dimensione del pixel, i canali e le impostazioni di acquisizione.
Per esportare, scegli File, poi Export Current Image as TIFF.
Mentre visualizzi una scena, viene esportata solo quella scena.
Prima che inizi, vedi la dimensione del pixel, i canali e la compressione che verranno scritti.
Per esportare tutte le scene, attiva prima XY Overview.
Tutte le scene finiscono in un unico file OME-TIFF. Ogni scena è un’immagine a sé al suo interno.
Apri il risultato. Ci sono entrambe le scene, come immagine 1 e immagine 2.
La dimensione del pixel e i nomi dei canali sono stati conservati.
Un account gratuito ti permette di aprire e visualizzare immagini locali prima di qualsiasi prova.
L’esportazione richiede la prova di 3 giorni o un abbonamento.
Una scansione grande a tessere viene esportata alla risoluzione della panoramica, non della scansione completa.
È la stessa app su macOS e Windows. Queste immagini sono state registrate su Windows.