Co toto video pokrývá
Soubor ZEISS .czi může obsahovat několik scén: jamky destičky, oblasti dlaždic nebo naskenované oblasti preparátu. Tento návod otevře CZI se dvěma scénami ve SlideScope, projde jednotlivé scény a pomocí XY Overview ukáže, kde byla každá z nich zaznamenána.
Pak zkontroluje kanály a velikost pixelu, exportuje jednu scénu nebo všechny scény do OME-TIFF a výsledek znovu otevře. Exportované soubory si zachovají velikost pixelu i názvy kanálů, takže je Fiji, QuPath a další čtečky Bio-Formats otevřou správně.
Raději čtete? Jak otevřít soubory CZI, včetně souborů s více scénami.
Přepis
Aktualizováno od natočení. Tam, kde komentář zmiňuje zkušební verzi pro export: zkušební verze z komentáře se novým registracím již nenabízí a uvedené ceny se změnily: vestavěná knihovna ukázek je zdarma se všemi nástroji a pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné, účtované při předplacení přes PayPal nebo kartou. Aktuální ceny najdete na stránce s cenami. Viz ceny.
Soubor CZI může obsahovat několik scén: jamky destičky, oblasti dlaždic nebo naskenované oblasti.
Ukážeme si, jak každou z nich zobrazit a exportovat je jako OME-TIFF.
CZI se dvěma scénami, otevřený přímo. Bez převodu.
Ovládací prvek Scene přepíná z jedné scény na další.
Scéna 2 je jamka D7. Scéna 1 je jamka D6.
XY Overview umístí každou scénu tam, kde byla zaznamenána.
Tyto dvě jamky jsou od sebe 9 mm.
Spojte kanály do jednoho zobrazení.
Vypněte kanál a uvidíte, čím přispívá.
Přibližte. Měřítko zůstává kalibrované.
Details uvádí velikost pixelu, kanály a nastavení akvizice.
Pro export zvolte File a pak Export Current Image as TIFF.
Když prohlížíte jednu scénu, exportuje se jen tato scéna.
Před zahájením uvidíte velikost pixelu, kanály a kompresi, které se zapíšou.
Chcete-li exportovat všechny scény, nejprve zapněte XY Overview.
Všechny scény jdou do jednoho souboru OME-TIFF. Každá scéna je v něm samostatným obrazem.
Otevřete výsledek. Obě scény jsou tam, jako obraz 1 a obraz 2.
Velikost pixelu i názvy kanálů se přenesly.
Bezplatný účet vám umožní otevírat a prohlížet lokální snímky ještě před jakoukoli zkušební verzí.
Export vyžaduje 3denní zkušební verzi nebo předplatné.
Velký dlaždicový sken se exportuje v rozlišení přehledu, ne v plném rozlišení skenu.
Na macOS i ve Windows jde o stejnou aplikaci. Tento záznam byl vytvořen ve Windows.