O que este vídeo aborda
Um ficheiro ZEISS .czi pode conter várias cenas: os poços de uma placa, regiões de mosaico ou as regiões digitalizadas de uma lâmina. Este guia abre um CZI com duas cenas no SlideScope, percorre cada cena e mostra, com o XY Overview, onde cada uma foi registada.
Em seguida, verifica os canais e o tamanho de píxel, exporta uma cena ou todas as cenas para OME-TIFF e reabre o resultado. Os ficheiros exportados mantêm o tamanho de píxel e os nomes dos canais, por isso o Fiji, o QuPath e outros leitores Bio-Formats abrem-nos corretamente.
Prefere ler? Como abrir ficheiros CZI, incluindo ficheiros com várias cenas.
Transcrição
Atualizado desde a gravação. Onde a narração menciona uma avaliação para exportar: a avaliação referida na narração já não é oferecida a novos registos e os preços indicados mudaram: a biblioteca de amostras incluída é gratuita com todas as ferramentas, e para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição, cobrada no momento em que subscreve, com PayPal ou cartão. Os preços atuais estão na página de preços. Consulte os preços.
Um ficheiro CZI pode conter várias cenas: poços de uma placa, regiões de mosaico ou regiões digitalizadas.
Veja como visualizar cada uma e exportá-las como OME-TIFF.
Um CZI com duas cenas, aberto diretamente. Sem conversão.
O controlo Scene passa de uma cena para a seguinte.
A cena 2 é o poço D7. A cena 1 é o poço D6.
O XY Overview coloca cada cena no sítio onde foi registada.
Estes dois poços estão a 9 mm um do outro.
Combine os canais numa única vista (Blend channels into one view).
Desligue um canal para ver o que ele acrescenta.
Faça zoom. A barra de escala mantém-se calibrada.
O painel Details indica o tamanho de píxel, os canais e as definições de aquisição.
Para exportar, escolha File e depois Export Current Image as TIFF.
Enquanto visualiza uma cena, só essa cena é exportada.
Antes de começar, vê o tamanho de píxel, os canais e a compressão que serão gravados.
Para exportar todas as cenas, ative primeiro o XY Overview.
Todas as cenas vão para um único ficheiro OME-TIFF. Cada cena é uma imagem própria dentro dele.
Abra o resultado. As duas cenas estão lá, como imagem 1 e imagem 2.
O tamanho de píxel e os nomes dos canais foram preservados.
Uma conta gratuita permite abrir e visualizar imagens locais antes de qualquer avaliação.
A exportação precisa da avaliação de 3 dias ou de uma subscrição.
Uma digitalização em mosaico grande é exportada na resolução da vista geral, não na digitalização completa.
É a mesma aplicação no macOS e no Windows. Estas imagens foram geradas no Windows.