Impara SlideScope

Dall’installazione a risultati veri

Ogni guida qui sotto è un compito che qualcuno deve davvero portare a termine, con una stima onesta dei tempi e tre passaggi. Parti dal percorso iniziale se SlideScope è nuovo per te, oppure vai dritto al lavoro che hai davanti.

Avvia provaDownload e prova
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Comincia da qui

Dieci minuti circa, una volta sola. Falli in ordine e tutto il resto di questa pagina avrà senso.

  1. Installa e attiva

    Scarica la build firmata per Windows o macOS e accedi con l’account usato per la prova o l’abbonamento. L’attivazione è legata alla macchina e un abbonamento copre due dispositivi, quindi portatile e postazione fissa possono restare entrambi collegati.

  2. Apri il primo vetrino

    Trascina un file CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM o TIFF sulla finestra. Non c’è passaggio di importazione né conversione: SlideScope legge direttamente la piramide dello scanner, così un vetrino da gigapixel si apre su un portatile qualunque.

  3. Orientati

    Scorri per zoomare, trascina per spostarti e usa il navigatore panoramico per saltare lungo il vetrino senza perdere il punto. Guarda presto il pannello dei metadati: la dimensione del pixel registrata lì è ciò che rende calibrata, e non approssimativa, ogni misura successiva.

Guide per attività

Scegli quella che corrisponde a ciò che stai cercando di fare oggi.

Contare i nuclei in un’immagine di fluorescenza

6 min
  1. Apri l’immagine e seleziona la regione da contare. Quantificare una regione anziché l’intero vetrino tiene veloce l’esecuzione e mantiene il risultato sul tessuto che ti interessa.
  2. Nel pannello di quantificazione scegli Nuclei, imposta InstanSeg come motore e porta il canale di segmentazione sul tuo DAPI o colorante nucleare. Al primo giro lascia stare le impostazioni avanzate.
  3. Esegui, poi leggi la sovrapposizione prima del numero. Clicca su qualsiasi oggetto che sembri sbagliato ed escludilo, quindi esporta insieme il CSV e il riepilogo dei metodi.

Misurare una struttura in micrometri

4 min
  1. Verifica che il pannello dei metadati mostri una dimensione del pixel. Se lo scanner l’ha registrata, le misure escono in micrometri reali; altrimenti calibra manualmente prima di misurare qualsiasi cosa.
  2. Scegli lo strumento di misura e traccia sulla struttura. Distanze e aree si calcolano alla risoluzione piena del vetrino, non al livello di zoom in cui stai guardando.
  3. Salva la misura perché resti agganciata al vetrino, poi esporta la tabella in CSV o le regioni in GeoJSON quando ti servono altrove.

Confrontare un’EE con la sua IIC

5 min
  1. Apri il primo vetrino, poi il secondo accanto. Entrambi i riquadri si agganciano alla stessa zona di tessuto allo stesso ingrandimento.
  2. La scala è allineata in micrometri e non per fattore di zoom, così due scansioni a risoluzioni diverse si corrispondono davvero. Sposta o zooma un riquadro e l’altro segue.
  3. Annota nel riquadro che ha senso. Le note restano legate al proprio vetrino e al tuo account, così chi rivede dopo di te le vede.

Quantificare un’intera cartella in una passata

8 min
  1. Prima fai quadrare un’immagine. Regola tipo di oggetto, motore, canale e limiti di area su una sola immagine rappresentativa finché la sovrapposizione non è corretta.
  2. Salva quelle impostazioni come ricetta e dalle un nome che riconoscerai fra tre mesi.
  3. Scegli il lotto per cartella, puntalo alla directory e lascia andare. Ottieni export per singola immagine più un CSV di riepilogo del lotto, con ogni immagine analizzata con impostazioni identiche.

Condividere la vista esatta che stai guardando

3 min
  1. Portati sul campo visivo che vuoi far vedere, allo zoom e sul piano in cui vuoi che venga visto.
  2. Crea un link di vista condivisa. Porta con sé il vetrino insieme a posizione, zoom e piano, così chi lo riceve non deve cercare dentro una scansione da gigapixel.
  3. Invialo. Chi ha SlideScope installato lo apre con un clic tramite lo schema slidescope://; chi non ce l’ha vede prima sul sito a cosa punta il link.

Riferimenti

Tieni questo aperto in una scheda mentre lavori.

Quantificareformati di file supportatiFiducia e datiContattiNote di rilascio

Domande frequenti

Sono completamente alle prime armi. Da dove parto?

Fai i tre passaggi iniziali in ordine, poi la guida sulla misura. Quelle quattro cose coprono gran parte di ciò che serve a un utente nuovo nella prima settimana. La guida sul conteggio vale la pena subito dopo anche se non pensi ancora di aver bisogno di quantificazione, perché è il modo più rapido di capire come SlideScope tratta la calibrazione.

Devo imparare a programmare?

No. Niente in questa pagina richiede uno script, una macro, un plugin o un ambiente Python. La quantificazione è guidata da ricette salvate invece che da codice: è il compromesso, meno flessibile di una piattaforma programmabile, molto più rapido per arrivare a un risultato.

Come formo il resto del laboratorio?

Manda loro un link di vista condivisa che punti a un vetrino vero del tuo lavoro, insieme a questa pagina. Aprire qualcosa di familiare batte un file di esercitazione artificiale, e il link garantisce che vedano lo stesso campo visivo che hai visto tu e non un altro angolo della scansione.

Imparalo sulle tue immagini

La prova di 14 giorni è ad accesso completo. Percorri queste guide con i vetrini che il tuo laboratorio tratta davvero, non con un file di esempio.

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