O que este vídeo aborda
Um arquivo ZEISS .czi não abre no Mac com um clique duplo, e o ZEISS ZEN lite, o visualizador gratuito do fabricante, roda somente no Windows. O Fiji abre CZI pelo Bio-Formats em qualquer plataforma, mas é uma plataforma de análise. Este vídeo compara as opções e depois abre um CZI real no SlideScope.
Você vê a pirâmide de imagem carregar sem converter o arquivo, os canais exibidos separadamente e como composição colorida, uma pilha Z percorrida plano a plano, os metadados de aquisição e uma medição em micrômetros calibrados.
Prefere ler? Como abrir arquivos CZI: todas as opções comparadas.
Transcrição
Atualizado desde a gravação. Onde a narração diz que o SlideScope não faz segmentação nem quantificação em lote, isso não está correto: desde a v1.8.5, a Local Quantification segmenta e conta núcleos, células ou partículas no seu próprio computador e pode executar uma receita salva em uma pasta inteira. Ainda não há linguagem de scripts nem de macros. O teste citado na narração não é mais oferecido a novos cadastros, e os preços mencionados mudaram: a biblioteca de amostras incluída é gratuita, com todas as ferramentas, e para abrir suas próprias imagens é preciso uma assinatura, cobrada no momento da assinatura, com PayPal ou cartão. Os preços atuais estão na página de planos e preços. Veja planos e preços.
Este é um arquivo CZI de um microscópio Zeiss. Dê um clique duplo nele em um Mac e nada acontece.
O ZEN lite é a ferramenta gratuita do fabricante, mas é somente para Windows.
O Fiji lê CZI pelo Bio-Formats no Mac, mas é uma plataforma de análise para uma imagem por vez.
Abra o .czi diretamente. Sem etapa de importação, sem conversão.
Ele lê a pirâmide de imagem, então aplica zoom sem carregar o arquivo inteiro.
Desloque-se pela imagem em resolução máxima. A barra de escala continua calibrada.
Os canais ficam listados à esquerda. O modo Composite os combina em cores.
Ative e desative cada canal separadamente para ver o que ele contribui.
Este arquivo é uma pilha Z. O controle deslizante percorre os planos focais.
Os metadados ficam ao lado da imagem: objetiva, tamanho do pixel, configurações de aquisição.
Como ele leu o tamanho do pixel, as medições saem em micrômetros.
Sendo direto sobre o escopo: isto é um visualizador. Sem segmentação, quantificação em lote nem scripts.
Ele exporta TIFF, então passar a região adiante é simples.
Para pesquisa, ensino e revisão. Não para diagnóstico clínico.
O mesmo aplicativo no Windows 10 ou posterior e no macOS 14 ou posterior, Apple Silicon ou Intel.
As versões para Windows têm assinatura de código pela SSL.com.
Um teste de 3 dias com acesso completo e depois $25.00 por mês. O link está na descrição.