Aprenda o SlideScope

Da instalação a resultados reais

Cada guia abaixo é uma tarefa que alguém precisa mesmo de concluir, com uma estimativa de tempo honesta e três passos. Comece pelo percurso inicial se o SlideScope for novo para si, ou vá direto ao trabalho que tem à frente.

Iniciar período experimentalTransferência e período experimental
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Comece por aqui

Cerca de dez minutos, uma só vez. Faça-os por ordem e tudo o resto nesta página fará sentido.

  1. Instale e ative

    Descarregue a compilação assinada para Windows ou macOS e inicie sessão com a conta que usou na avaliação ou na subscrição. A ativação fica ligada à máquina, e uma subscrição cobre dois dispositivos, pelo que o portátil e a estação de trabalho podem estar ambos com sessão iniciada.

  2. Abra a primeira lâmina

    Arraste um ficheiro CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM ou TIFF para a janela. Não há passo de importação nem conversão: o SlideScope lê diretamente a pirâmide do scanner, pelo que uma lâmina de gigapíxeis abre num portátil comum.

  3. Oriente-se

    Role para ampliar, arraste para deslocar e use o navegador de vista geral para saltar pela lâmina sem perder o sítio. Veja cedo o painel de metadados: o tamanho de píxel aí registado é o que torna cada medição seguinte calibrada em vez de aproximada.

Guias por tarefa

Escolha o que corresponde ao que está a tentar fazer hoje.

Contar núcleos numa imagem de fluorescência

6 min
  1. Abra a imagem e selecione a região que quer contar. Quantificar uma região em vez da lâmina inteira mantém a execução rápida e deixa o resultado sobre o tecido que lhe interessa.
  2. No painel de quantificação escolha Núcleos, selecione o InstanSeg como motor e defina o canal de segmentação para o seu DAPI ou coloração nuclear. Deixe as definições avançadas como estão na primeira execução.
  3. Execute e leia a sobreposição antes do número. Clique em qualquer objeto que pareça errado e exclua-o; depois exporte em conjunto o CSV e o resumo de métodos.

Medir uma estrutura em micrómetros

4 min
  1. Confirme que o painel de metadados mostra um tamanho de píxel. Se o scanner o registou, as medições saem em micrómetros reais; se não, calibre manualmente antes de medir seja o que for.
  2. Escolha a ferramenta de medição e trace sobre a estrutura. Distâncias e áreas são calculadas à resolução total da lâmina, não ao nível de zoom em que está a ver.
  3. Guarde a medição para ficar ligada à lâmina e exporte depois a tabela em CSV ou as regiões em GeoJSON quando precisar delas noutro sítio.

Comparar HE com a sua IHQ

5 min
  1. Abra a primeira lâmina e depois a segunda ao lado. Ambos os painéis ficam fixos na mesma zona do tecido com a mesma ampliação.
  2. A escala é igualada em micrómetros e não pelo fator de zoom, pelo que duas digitalizações com resoluções diferentes correspondem realmente. Desloque ou amplie um painel e o outro acompanha.
  3. Anote no painel que fizer sentido. As notas ficam ligadas à respetiva lâmina e à sua conta, por isso o revisor seguinte vê-as.

Quantificar uma pasta inteira de uma vez

8 min
  1. Acerte primeiro numa imagem. Ajuste tipo de objeto, motor, canal e limites de área numa única imagem representativa até a sobreposição ficar correta.
  2. Guarde essas definições como receita e dê-lhe um nome que reconheça daqui a três meses.
  3. Escolha o lote por pasta, aponte-o ao diretório e deixe correr. Obtém exportações por imagem e um CSV de resumo do lote, com todas as imagens analisadas com definições idênticas.

Partilhar a vista exata que está a ver

3 min
  1. Coloque-se no campo de visão que quer que a outra pessoa veja, com a ampliação e o plano que quer que ela veja.
  2. Crie uma ligação de vista partilhada. Leva a lâmina juntamente com a posição, a ampliação e o plano, pelo que não terá de procurar numa digitalização de gigapíxeis.
  3. Envie-a. Quem tiver o SlideScope instalado abre-a com um clique através do esquema slidescope://; quem não tiver vê primeiro no site para onde a ligação aponta.

Referência

Mantenha isto aberto num separador enquanto trabalha.

Quantificarformatos de ficheiro suportadosConfiança e tratamento de dadosContactoNotas de versão

Perguntas frequentes

Sou completamente novo nisto. Por onde começo?

Faça os três passos iniciais por ordem e depois o guia de medição. Essas quatro coisas cobrem quase tudo o que um utilizador novo precisa na primeira semana. O guia de contagem vale a pena a seguir mesmo que ainda não pense precisar de quantificação, porque é a forma mais rápida de perceber como o SlideScope trata a calibração.

Preciso de aprender a programar?

Não. Nada nesta página exige um script, uma macro, um plugin ou um ambiente Python. A quantificação é conduzida por receitas guardadas em vez de código: menos flexível do que uma plataforma programável, muito mais rápida a dar um resultado.

Como formo o resto do laboratório?

Envie-lhes uma ligação de vista partilhada apontada a uma lâmina real do seu próprio trabalho, juntamente com esta página. Abrir algo familiar funciona melhor do que um ficheiro de tutorial artificial, e a ligação garante que veem o mesmo campo de visão que viu e não outro canto da digitalização.

Aprenda com as suas próprias imagens

A avaliação de 14 dias dá acesso completo. Percorra estes guias com as lâminas com que o seu laboratório lida de facto, não com um ficheiro de exemplo.

Iniciar período experimental
formatos de ficheiro suportadosNotas de versãoAlternativasConfiança e tratamento de dados