Otevírejte soubory ZEISS CZI v aplikaci SlideScope ve Windows nebo macOS bez předchozího převodu. Prohlížejte uložené kanály a rozměry obrazu. Místní prohlížení neodesílá obraz na server.
Stáhněte verzi pro svůj počítač Windows nebo Mac a nainstalujte ji. Vestavěná knihovna ukázek je zdarma, se všemi nástroji; vlastní snímky otevřete v bezplatném zkušebním období, které při placení vyžaduje schválení přes PayPal nebo kartu.
Otevřete SlideScope a přetáhněte soubor .czi do prohlížeče.
Pokud jsou k dispozici, vyberte scénu nebo pozici a prohlédněte kanály, řezy Z a časové body.
Před měřením zkontrolujte velikost pixelu v metadatech. Při exportu zachovejte původní soubor.
Soubory CZI s více scénami: zobrazení každé scény a export do OME-TIFF
Soubor CZI může obsahovat několik scén: jamky destičky, dlaždicové oblasti nebo oblasti skenování preparátu. SlideScope zobrazí každou scénu samostatně nebo všechny najednou a exportuje do OME-TIFF právě zobrazenou scénu nebo všechny scény. Video a následující kroky používají veřejný ukázkový soubor se dvěma scénami.
Celý postup na videu (1 min 41 s)
Otevření CZI se dvěma scénami, přepínání scén, XY Overview, kanály, Details, export jedné scény a všech scén a opětovné otevření OME-TIFF. Komentář v angličtině; titulky ve všech jazycích webu. Natočeno ve SlideScope 1.8.56 ve Windows; verze pro macOS má stejné ovládací prvky. Titulky a přepis byly přeloženy z anglického komentáře; neprošly profesionální kontrolou.Přepis
Soubor CZI může obsahovat několik scén: jamky destičky, dlaždicové či skenované oblasti. Takto si zobrazíte každou z nich a exportujete je jako OME-TIFF.
CZI se dvěma scénami, otevřený přímo. Bez převodu. Ovládací prvek Scene přepíná z jedné scény na další. Scéna 2 je jamka D7. Scéna 1 je jamka D6. XY Overview umístí každou scénu tam, kde byla zaznamenána. Tyto dvě jamky jsou od sebe 9 mm.
Spojte kanály do jednoho zobrazení. Vypněte kanál a uvidíte, čím přispívá. Přibližte. Měřítko zůstává kalibrované. Details uvádí velikost pixelu, kanály a nastavení akvizice.
Pro export zvolte File a potom Export Current Image as TIFF. Když prohlížíte jednu scénu, exportuje se jen ta. Před spuštěním uvidíte velikost pixelu, kanály a kompresi, které se zapíší. Chcete-li exportovat všechny scény, nejprve zapněte XY Overview. Všechny scény jdou do jednoho souboru OME-TIFF. Každá je v něm samostatným obrazem.
Otevřete výsledek. Obě scény jsou tam, jako obraz 1 a obraz 2. Velikost pixelu a názvy kanálů se zachovaly.
Bezplatný účet umožňuje otevírat a prohlížet místní snímky ještě před zkušebním obdobím. Export vyžaduje 3denní zkušební období nebo předplatné. Velký dlaždicový sken se exportuje v rozlišení přehledu, ne celý sken. V macOS i ve Windows je to stejná aplikace. Tento záznam vznikl ve Windows.
Krok 1
Otevřete soubor CZI
Zvolte File › Open File… (Ctrl+O ve Windows, ⌘O na Macu) nebo přetáhněte soubor .czi do okna. První scéna se zobrazí okamžitě. Nic se nepřevádí a soubor se nikam nenahrává.
Krok 2
Procházejte scény
Soubor s více scénami zobrazí pod obrazem ovládací prvek Scene. Použijte − a + nebo zadejte číslo. Každá scéna si zachovává vlastní velikost a název ze souboru, například jamku (D6, D7) nebo dlaždicovou oblast.
Krok 3
Zobrazte všechny scény v XY Overview
Klikněte na XY Overview vedle ovládacího prvku Scene nebo zvolte View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Každá scéna se vykreslí tam, kde byla zaznamenána, včetně mezer. Kliknutím scénu vyberete, dvojklikem ji otevřete. Scény daleko od sebe, například jamky vzdálené 9 mm, se nejprve zobrazí jako malé dlaždice: přibližte si je.
Krok 4
Zkontrolujte kanály, velikost pixelu a metadata
V panelu Display zaškrtněte Blend channels into one view pro barevný složený obraz, nebo jednotlivé kanály vypněte. Details uvádí velikost pixelu, rozměry, aktuální scénu a její velikost. Jas, kontrast a barvy mění jen to, co vidíte, nikdy uložené pixely.
Krok 5
Zvolte File › Export Current Image as TIFF
Zvolte File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Vyberte složku a název; SlideScope navrhne název končící na .ome.tif.
Krok 6
Exportujte jednu scénu nebo všechny scény
Když je na obrazovce jediná scéna, exportuje se jen ta, s názvem například sample_scene-2.ome.tif. Chcete-li exportovat všechny scény, nejprve zapněte XY Overview: všechny scény se uloží do jednoho souboru OME-TIFF, každá jako samostatný obraz ve vlastní velikosti. Než se cokoli zapíše, potvrzovací okno zobrazí velikost, velikost pixelu, kanály a kompresi.
Krok 7
Otevřete výsledek
Po dokončení exportu klikněte na Open Exported TIFF. SlideScope zobrazí každou exportovanou scénu jako obraz; procházejte je ovládacím prvkem Image. Čtečky OME-TIFF, které podporují více obrazů v jednom souboru, například Bio-Formats ve Fiji, je uvádějí jako samostatné série.
Co obsahuje exportovaný OME-TIFF
Jeden soubor. Export scény na obrazovce zapíše jeden obraz; export z XY Overview zapíše každou scénu jako samostatný obraz do téhož souboru, každý ve vlastní velikosti. Nevytváří se jeden soubor pro každou scénu.
Pixely se zapisují beze změny, s bezeztrátovou kompresí (Deflate). Jas, kontrast a gama jsou nastavení zobrazení a na export se nepoužijí.
Velikost pixelu v mikrometrech, krok Z, pokud jde o Z-stack, názvy kanálů zaznamenané v CZI a barvy kanálů aktuálně nastavené v prohlížeči. Soubor bez zaznamenané velikosti pixelu se exportuje bez ní; SlideScope si kalibraci nevymýšlí.
Rozlišení: scény, které se vejdou do paměti, se exportují v plném rozlišení. Velký dlaždicový sken, například oblast ze skeneru preparátů, se exportuje v rozlišení přehledu. Potvrzení uvádí poměr, například 1:8, a zaznamenaná velikost pixelu se odpovídajícím způsobem přepočítá. Sken v plném rozlišení zůstává ve SlideScope k prohlížení po oblastech.
Jediný exportovaný obraz širší nebo vyšší než 4 096 pixelů dostane také úrovně pyramidy se sníženým rozlišením. Soubor s více obrazy je nedostane. Soubory větší než 2 GiB se zapisují jako BigTIFF.
Nekopíruje se: zbytek metadat akvizice z CZI a polohy scén jako souřadnice stolku. Původní CZI si ponechte jako archivní soubor.
Co potřebujete
Windows 10 nebo 11, nebo macOS 14 či novější na Apple Silicon nebo Intel. Prozkoumejte vestavěnou knihovnu ukázek zdarma, se všemi nástroji. Vlastní snímky otevřete s bezplatným zkušebním obdobím na 3 dny. Export vyžaduje zkušební období (3 dny) nebo předplatné (25,00 US$ měsíčně po skončení zkušebního období).
Když něco nevypadá správně
Zobrazuje se jen jedna scéna
Scény lze procházet, pokud mají stejný typ pixelu a stejné kanály, roviny Z a časové body. Pokud ne, SlideScope zobrazí první scénu a v Details uvede proč. Pokud jste čekali něco jiného, pošlete nám soubor.
Barvy se liší od ZEN
Barvy kanálů se přebírají ze souboru, pokud je obsahuje. Změňte je v Display › Channel colour…; export zaznamená barvy, které nastavíte.
Export je menší než sken
Velký dlaždicový sken se exportuje v rozlišení přehledu a potvrzení to uvede dřív, než se cokoli zapíše. Sken v plném rozlišení zůstává ve SlideScope k prohlížení.
Export vás žádá o zahájení zkušebního období
Prohlížení funguje s bezplatným účtem. Export vyžaduje bezplatné zkušební období nebo předplatné.
Ukázka ve videu a na snímcích obrazovky: S2_3x3_CH2.czi z ukázkových dat czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), dvě scény mozaiky 3 × 3 s DAPI a EGFP. Žádná data zákazníků.
Jak otevřít soubory CZI
Nástroj
Cena
Platformy
Vhodné pro
ZEISS ZEN lite
Zdarma (ke stažení je potřeba ZEISS ID)
Windows
Vlastní prohlížeč výrobce, nejblíže akvizičnímu softwaru
Fiji / ImageJ s Bio-Formats
Zdarma, open source
Windows, macOS, Linux
Analýza s pluginy a makry; každá scéna se importuje jako samostatná série
QuPath
Zdarma, open source
Windows, macOS, Linux
Projekty analýzy celých skenů preparátů (WSI) a skriptování
SlideScope
Ukázky zdarma se všemi nástroji, 3denní bezplatná zkušební doba pro vlastní snímky, poté předplatné od $25 měsíčně
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon i Intel)
Prohlížení, měření a anotace souborů CZI vedle CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM a TIFF, přičemž soubory zůstávají ve vašem počítači
Soubory ZEISS CZI otevřete v ZEN lite, bezplatném prohlížeči společnosti ZEISS pro Windows; ve Fiji nebo QuPath, které jsou zdarma a čtou CZI pomocí Bio-Formats ve Windows, na Macu i v Linuxu; nebo ve SlideScope, desktopovém prohlížeči pro Windows a Mac s bezplatnou zkušební dobou. Na Macích s Apple silicon Bio-Formats neumí číst soubory CZI komprimované pomocí JPEG-XR. Následující kroky používají SlideScope.
Soubor CZI se na Macu neotevře ve Fiji ani v QuPath?
Podle dokumentace QuPath Bio-Formats v současnosti nepodporuje kompresi JPEG-XR na Apple silicon, a mnoho souborů CZI je komprimováno právě pomocí JPEG-XR. Navrhovaná řešení jsou převést soubor na jiném počítači, nebo přejít na verzi QuPath pro Intel. SlideScope pro CZI Bio-Formats nepoužívá: čte CZI vlastním přibaleným dekodérem JPEG XR ve verzi pro Windows i pro Mac.
Hodnotitelé potřebují desktopové rozhraní bez skriptů a nastavování pluginů.
Procházejte kanály, roviny Z, časové body a scény, pokud je soubor obsahuje, zkontrolujte velikost pixelu v Details a měřte v kalibrovaných jednotkách.
Měření, poznámky a oblasti zůstávají připojené k preparátu a exportují se jako GeoJSON nebo CSV.
Výběr podle pracovního postupu
Zvažte SlideScope, pokud potřebujete jednu desktopovou aplikaci, která otevře různé mikroskopické formáty a spočítá standardní objekty přímo na vašem počítači. Původní nástroj použijte pro ovládání mikroskopu, programovatelné zpracování, skriptované analytické pipeline nebo institucionální správu snímků.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Rozšiřitelné zpracování, makra, pluginy, skripty, segmentace, patologická analýza a vědecké postupy Python.
OMERO: Centrální úložiště snímků, oprávnění, spolupráce a institucionální správa dat.
Otázky k souborům CZI
Dají se soubory CZI otevřít zdarma?
Ano. ZEN lite (Windows) a Fiji nebo QuPath s Bio-Formats jsou zdarma. SlideScope si můžete zdarma stáhnout. Vestavěná knihovna ukázek je zdarma, se všemi nástroji, a vlastní snímky otevřete s 3denní bezplatnou zkušební dobou (vyžaduje PayPal nebo kartu); po skončení zkušební doby funguje na předplatné.
Otevření CZI na Macu
Použijte macOS 14 nebo novější. Vyberte verzi Apple Silicon nebo Intel pro svůj Mac a před otevřením zkopírujte soubor na místní úložiště.
Pokud soubor nelze otevřít
Ověřte, že kopírování skončilo. Pokud problém trvá, sdělte podpoře verzi aplikace, formát souboru a chybovou zprávu.
Pro koho je určen?
Pro výzkumné laboratoře, mikroskopická pracoviště, pedagogy, studenty a týmy hodnotící patologické snímky.
SlideScope je nezávislý a není spojen se společnostmi či projekty Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari ani OMERO. Názvy slouží pouze k věcnému srovnání.
Stáhnout SlideScope
Prozkoumejte celé preparáty, fluorescenční kanály a sady obrazových řezů v jednom přehledném pracovním prostředí pro Windows a macOS.
