Co toto video pokrývá
Soubor ZEISS .czi se na Macu dvojklikem neotevře a ZEISS ZEN lite, bezplatný prohlížeč od výrobce, běží pouze ve Windows. Fiji otevírá CZI přes Bio-Formats na jakékoli platformě, je to ale platforma pro analýzu. Toto video porovnává jednotlivé možnosti a pak otevírá skutečný soubor CZI ve SlideScope.
Uvidíte, jak se načte obrazová pyramida bez převodu souboru, kanály zobrazené samostatně i jako barevný kompozit, Z-stack procházený rovinu po rovině, metadata akvizice a měření v kalibrovaných mikrometrech.
Raději čtete? Jak otevřít soubory CZI: srovnání všech možností.
Přepis
Aktualizováno od natočení. Tam, kde komentář říká, že SlideScope neprovádí segmentaci ani dávkovou kvantifikaci, to neplatí: od verze 1.8.5 funkce Local Quantification segmentuje a počítá jádra, buňky nebo částice přímo ve vašem počítači a uložený postup umí spustit na celou složku. Skriptovací ani makro jazyk stále chybí. Zkušební verze z komentáře se novým registracím již nenabízí a uvedené ceny se změnily: vestavěná knihovna ukázek je zdarma se všemi nástroji a pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné, účtované při předplacení přes PayPal nebo kartou. Aktuální ceny najdete na stránce s cenami. Viz ceny.
Tohle je soubor CZI z mikroskopu Zeiss. Poklepejte na něj na Macu a nic se nestane.
ZEN lite je bezplatný nástroj od výrobce, ale jen pro Windows.
Fiji na Macu čte CZI přes Bio-Formats, jde ale o analytickou platformu pro jeden obraz.
Otevřete soubor .czi přímo. Žádný import, žádný převod.
Načítá obrazovou pyramidu, takže přibližuje, aniž by načítal celý soubor.
Posouvejte se po snímku v plném rozlišení. Měřítko zůstává kalibrované.
Kanály jsou uvedeny vlevo. Composite je barevně spojí.
Zapínejte a vypínejte jednotlivé kanály a uvidíte, čím každý přispívá.
Tento soubor je Z-stack. Posuvník prochází ohniskovými rovinami.
Metadata jsou vedle obrazu: objektiv, velikost pixelu, nastavení akvizice.
Protože načetl velikost pixelu, měření vycházejí v mikrometrech.
Abychom byli k rozsahu upřímní: je to prohlížeč. Žádná segmentace, dávková kvantifikace ani skriptování.
Exportuje TIFF, takže předání oblasti dál je bezproblémové.
Pro výzkum, výuku a revizi. Ne pro klinickou diagnostiku.
Stejná aplikace ve Windows 10 a novějších i v macOS 14 a novějších, na Apple Silicon i Intelu.
Sestavení pro Windows jsou podepsána certifikátem od SSL.com.
Třídenní zkušební verze s plným přístupem, poté $25.00 měsíčně. Odkaz najdete v popisu.