Naučte se SlideScope

Od instalace ke skutečným výsledkům

Každý návod níže je úloha, kterou někdo opravdu potřebuje dotáhnout, s poctivým odhadem času a třemi kroky. Začněte úvodní cestou, pokud je pro vás SlideScope nový, nebo jděte rovnou na práci, kterou máte před sebou.

Spustit zkušební obdobíStažení a zkušební období
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Začněte tady

Zhruba deset minut, jednou. Projděte je po pořádku a všechno ostatní na této stránce dá smysl.

  1. Nainstalujte a aktivujte

    Stáhněte podepsaný build pro Windows nebo macOS a přihlaste se účtem, který jste použili pro zkušební verzi nebo předplatné. Aktivace se váže ke stroji a jedno předplatné pokrývá dvě zařízení, takže notebook i pracovní stanice mohou zůstat přihlášené zároveň.

  2. Otevřete první preparát

    Přetáhněte soubor CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM nebo TIFF na okno. Není žádný krok importu ani převod: SlideScope čte pyramidu skeneru přímo, takže gigapixelový preparát se otevře i na běžném notebooku.

  3. Zorientujte se

    Kolečkem přibližujete, tažením posouváte a přehledovým navigátorem skáčete po preparátu, aniž byste ztratili místo. Podívejte se brzy do panelu metadat: velikost pixelu, která je tam zaznamenaná, dělá z každého dalšího měření kalibrované, ne přibližné.

Návody podle úlohy

Vyberte ten, který odpovídá tomu, co dnes potřebujete udělat.

Spočítat jádra ve fluorescenčním snímku

6 min
  1. Otevřete snímek a vyberte oblast, kterou chcete spočítat. Kvantifikovat oblast místo celého preparátu udrží běh svižný a výsledek na tkáni, o kterou vám jde.
  2. V panelu kvantifikace zvolte Jádra, jako engine nastavte InstanSeg a segmentační kanál nastavte na své DAPI či jaderné barvení. Při prvním běhu nechte pokročilá nastavení být.
  3. Spusťte a nejdřív si přečtěte překryv, teprve pak číslo. Klikněte na každý objekt, který vypadá špatně, a vylučte ho; potom exportujte CSV spolu se souhrnem metod.

Změřit strukturu v mikrometrech

4 min
  1. Ověřte, že panel metadat ukazuje velikost pixelu. Pokud ji skener zaznamenal, měření vycházejí ve skutečných mikrometrech; pokud ne, před jakýmkoli měřením zkalibrujte ručně.
  2. Zvolte měřicí nástroj a táhněte přes strukturu. Vzdálenosti a plochy se počítají v plném rozlišení preparátu, ne v úrovni přiblížení, na kterou se zrovna díváte.
  3. Měření uložte, aby zůstalo připojené k preparátu, a později exportujte tabulku jako CSV nebo oblasti jako GeoJSON, až je budete potřebovat jinde.

Porovnat HE s odpovídajícím IHC

5 min
  1. Otevřete první preparát a pak druhý vedle něj. Obě podokna zůstanou na stejném místě tkáně při stejném zvětšení.
  2. Měřítko se srovnává v mikrometrech, ne podle faktoru přiblížení, takže dva skeny v různém rozlišení si opravdu odpovídají. Posuňte nebo přibližte jedno podokno a druhé jde s ním.
  3. Anotujte v tom podokně, kde to dává smysl. Poznámky zůstávají u svého preparátu a u vašeho účtu, takže je uvidí i další, kdo bude preparát prohlížet.

Kvantifikovat celou složku v jednom běhu

8 min
  1. Nejdřív dolaďte jeden snímek. Nastavte typ objektu, engine, kanál a meze plochy na jednom reprezentativním snímku, dokud překryv nesedí.
  2. Uložte to nastavení jako recept a dejte mu jméno, které za tři měsíce poznáte.
  3. Zvolte dávku nad složkou, ukažte na adresář a nechte to běžet. Dostanete exporty po snímcích plus souhrnné CSV dávky, přičemž každý snímek byl analyzován stejným nastavením.

Sdílet přesně ten pohled, na který se díváte

3 min
  1. Přejděte na zorné pole, které má druhý člověk vidět, v přiblížení a rovině, ve kterých ho má vidět.
  2. Vytvořte odkaz na sdílený pohled. Nese preparát spolu s pozicí, přiblížením a rovinou, takže nikdo nemusí hledat v gigapixelovém skenu.
  3. Odešlete ho. Kdo má SlideScope nainstalovaný, otevře jej jedním kliknutím přes schéma slidescope://; kdo ne, uvidí nejdřív na webu, kam odkaz míří.

Odkazy

Nechte si tohle otevřené v panelu, když pracujete.

Kvantifikacepodporované formáty souborůDůvěra a zpracování datKontaktPoznámky k vydáním

Časté otázky

Jsem úplný začátečník. Kde mám začít?

Projděte tři úvodní kroky po pořádku a pak návod na měření. Tyhle čtyři věci pokryjí většinu toho, co nový uživatel potřebuje v prvním týdnu. Návod na počítání se vyplatí udělat hned poté, i když si zatím nemyslíte, že kvantifikaci potřebujete — je to nejrychlejší způsob, jak pochopit, jak SlideScope zachází s kalibrací.

Musím se učit programovat?

Ne. Nic na této stránce nevyžaduje skript, makro, plugin ani prostředí Pythonu. Kvantifikaci řídí uložené recepty místo kódu: to je ta výměna — méně pružné než programovatelná platforma, výrazně rychlejší k výsledku.

Jak zaškolím zbytek laboratoře?

Pošlete jim odkaz na sdílený pohled mířící na skutečný preparát z vaší vlastní práce, spolu s touto stránkou. Otevřít něco známého je lepší než umělý cvičný soubor a odkaz zajistí, že uvidí stejné zorné pole jako vy, ne jiný roh skenu.

Naučte se to na vlastních snímcích

Čtrnáctidenní zkušební verze je s plným přístupem. Projděte tyhle návody na preparátech, se kterými vaše laboratoř opravdu pracuje, ne na ukázkovém souboru.

Spustit zkušební období
podporované formáty souborůPoznámky k vydánímAlternativyDůvěra a zpracování dat