Naučte se SlideScope

Od instalace ke skutečným výsledkům

Každý návod níže je úloha, kterou někdo opravdu potřebuje dotáhnout, s poctivým odhadem času a třemi kroky. Začněte úvodní cestou, pokud je pro vás SlideScope nový, nebo jděte rovnou na práci, kterou máte před sebou.

Vyzkoušet zdarmaStažení a zkušební verze
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.49

Začněte tady

Zhruba deset minut, jednou. Projděte je po pořádku a všechno ostatní na této stránce dá smysl.

  1. Nainstalujte a aktivujte

    Stáhněte podepsaný build pro Windows nebo macOS a přihlaste se účtem, který jste použili pro předplatné. Aktivace se váže ke stroji a jedno předplatné pokrývá dvě zařízení, takže notebook i pracovní stanice mohou zůstat přihlášené zároveň.

  2. Otevřete první preparát

    Přetáhněte soubor CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM nebo TIFF na okno. Není žádný krok importu ani převod: SlideScope čte pyramidu skeneru přímo, takže gigapixelový preparát se otevře i na běžném notebooku.

  3. Zorientujte se

    Kolečkem přibližujete, tažením posouváte a přehledovým navigátorem skáčete po preparátu, aniž byste ztratili místo. Podívejte se brzy do panelu metadat: velikost pixelu, která je tam zaznamenaná, dělá z každého dalšího měření kalibrované, ne přibližné.

Návody podle úlohy

Vyberte ten, který odpovídá tomu, co dnes potřebujete udělat.

Spočítat jádra ve fluorescenčním snímku

6 min
  1. Otevřete snímek a vyberte oblast, kterou chcete spočítat. Kvantifikovat oblast místo celého preparátu udrží běh svižný a výsledek na tkáni, o kterou vám jde.
  2. V panelu kvantifikace zvolte Jádra, jako engine nastavte InstanSeg a segmentační kanál nastavte na své DAPI či jaderné barvení. Při prvním běhu nechte pokročilá nastavení být.
  3. Spusťte a nejdřív si přečtěte překryv, teprve pak číslo. Klikněte na každý objekt, který vypadá špatně, a vylučte ho; potom exportujte CSV spolu se souhrnem metod.

Změřit strukturu v mikrometrech

4 min
  1. Ověřte, že panel metadat ukazuje velikost pixelu. Pokud ji skener zaznamenal, měření vycházejí ve skutečných mikrometrech; pokud ne, před jakýmkoli měřením zkalibrujte ručně.
  2. Zvolte měřicí nástroj a táhněte přes strukturu. Vzdálenosti a plochy se počítají v plném rozlišení preparátu, ne v úrovni přiblížení, na kterou se zrovna díváte.
  3. Měření uložte, aby zůstalo připojené k preparátu, a později exportujte tabulku jako CSV nebo oblasti jako GeoJSON, až je budete potřebovat jinde.

Porovnat HE s odpovídajícím IHC

5 min
  1. Otevřete první preparát a pak druhý vedle něj. Obě podokna zůstanou na stejném místě tkáně při stejném zvětšení.
  2. Měřítko se srovnává v mikrometrech, ne podle faktoru přiblížení, takže dva skeny v různém rozlišení si opravdu odpovídají. Posuňte nebo přibližte jedno podokno a druhé jde s ním.
  3. Anotujte v tom podokně, kde to dává smysl. Poznámky zůstávají u svého preparátu a u vašeho účtu, takže je uvidí i další, kdo bude preparát prohlížet.

Kvantifikovat celou složku v jednom běhu

8 min
  1. Nejdřív dolaďte jeden snímek. Nastavte typ objektu, engine, kanál a meze plochy na jednom reprezentativním snímku, dokud překryv nesedí.
  2. Uložte to nastavení jako recept a dejte mu jméno, které za tři měsíce poznáte.
  3. Zvolte dávku nad složkou, ukažte na adresář a nechte to běžet. Dostanete exporty po snímcích plus souhrnné CSV dávky, přičemž každý snímek byl analyzován stejným nastavením.

Sdílet přesně ten pohled, na který se díváte

3 min
  1. Přejděte na zorné pole, které má druhý člověk vidět, v přiblížení a rovině, ve kterých ho má vidět.
  2. Vytvořte odkaz na sdílený pohled. Nese preparát spolu s pozicí, přiblížením a rovinou, takže nikdo nemusí hledat v gigapixelovém skenu.
  3. Odešlete ho. Kdo má SlideScope nainstalovaný, otevře jej jedním kliknutím přes schéma slidescope://; kdo ne, uvidí nejdřív na webu, kam odkaz míří.

Odkazy

Nechte si tohle otevřené v panelu, když pracujete.

Kvantifikacepodporované formáty souborůDůvěra a zpracování datKontaktPoznámky k vydáním

Časté otázky

Jsem úplný začátečník. Kde mám začít?

Projděte tři úvodní kroky po pořádku a pak návod na měření. Tyhle čtyři věci pokryjí většinu toho, co nový uživatel potřebuje v prvním týdnu. Návod na počítání se vyplatí udělat hned poté, i když si zatím nemyslíte, že kvantifikaci potřebujete — je to nejrychlejší způsob, jak pochopit, jak SlideScope zachází s kalibrací.

Musím se učit programovat?

Ne. Nic na této stránce nevyžaduje skript, makro, plugin ani prostředí Pythonu. Kvantifikaci řídí uložené recepty místo kódu: to je ta výměna — méně pružné než programovatelná platforma, výrazně rychlejší k výsledku.

Jak zaškolím zbytek laboratoře?

Pošlete jim odkaz na sdílený pohled mířící na skutečný preparát z vaší vlastní práce, spolu s touto stránkou. Otevřít něco známého je lepší než umělý cvičný soubor a odkaz zajistí, že uvidí stejné zorné pole jako vy, ne jiný roh skenu.

Naučte se to na vlastních snímcích

Předplatné má plný přístup od okamžiku objednání. Projděte tyhle návody na preparátech, se kterými vaše laboratoř opravdu pracuje, ne na ukázkovém souboru.

Vyzkoušet zdarma
podporované formáty souborůPoznámky k vydánímAlternativyDůvěra a zpracování dat