SlideScope otevírá soubory Zeiss CZI nativně v macOS 14 nebo novějším, na Macích s Apple Silicon i Intel: všechny scény, kanály, roviny Z a časové body, s velikostí pixelu, kterou soubor zaznamenává. Scénu, kterou právě prohlížíte, nebo všechny scény exportuje do jednoho souboru OME-TIFF. ZEN lite, bezplatný prohlížeč od ZEISS, běží pouze ve Windows. Používáte Windows? Viz jak otevřít soubory CZI ve Windows a na Macu.
Scény, kanály, Z a časExport do OME-TIFFApple Silicon i Intel
Instalace SlideScope na Mac
Stáhněte verzi pro macOS, která odpovídá vašemu Macu: Apple Silicon (řada M) nebo Intel. Stránka ke stažení doporučí tu správnou.
Otevřete DMG a přetáhněte SlideScope do složky Aplikace. Průvodce instalací v macOS ukazuje každý krok se snímky obrazovky, včetně toho, co dělat, když vás macOS požádá o potvrzení prvního otevření.
Otevřete ukázku z vestavěné knihovny nebo vlastní preparát. Vestavěnou knihovnu ukázek můžete zdarma prozkoumat se všemi nástroji. Otevírání vlastních snímků vyžaduje předplatné. Předplatné začne až tehdy, když si ho zvolíte při platbě.
Soubory CZI s více scénami: zobrazení všech scén a export do OME-TIFF
Soubor CZI může obsahovat několik scén: jamky destičky, oblasti dlaždic nebo naskenované oblasti preparátu. SlideScope zobrazí každou scénu samostatně nebo všechny dohromady a exportuje scénu, kterou prohlížíte, nebo všechny scény do OME-TIFF. Video i níže uvedené kroky používají veřejný ukázkový soubor se dvěma scénami.
Celý postup ve videu (1 min 41 s)
Otevření CZI se dvěma scénami, přepínání scén, XY Overview, kanály, Details, export jedné scény a všech scén a opětovné otevření OME-TIFF. Komentář v angličtině; titulky ve všech jazycích webu. Natočeno ve SlideScope 1.8.56 ve Windows; verze pro macOS má stejné ovládací prvky. Aktualizováno od natočení: otevírání a export vlastních snímků nyní vyžaduje předplatné. Vestavěné ukázky zůstávají zdarma se všemi nástroji.Přepis
Soubor CZI může obsahovat několik scén: jamky destičky, oblasti dlaždic nebo naskenované oblasti. Ukážeme si, jak každou z nich zobrazit a exportovat je jako OME-TIFF.
CZI se dvěma scénami, otevřený přímo. Bez převodu. Ovládací prvek Scene přepíná z jedné scény na další. Scéna 2 je jamka D7. Scéna 1 je jamka D6. XY Overview umístí každou scénu tam, kde byla zaznamenána. Tyto dvě jamky jsou od sebe 9 mm.
Spojte kanály do jednoho zobrazení. Vypněte kanál a uvidíte, čím přispívá. Přibližte. Měřítko zůstává kalibrované. Details uvádí velikost pixelu, kanály a nastavení akvizice.
Pro export zvolte File a pak Export Current Image as TIFF. Když prohlížíte jednu scénu, exportuje se jen tato scéna. Před zahájením uvidíte velikost pixelu, kanály a kompresi, které se zapíšou. Chcete-li exportovat všechny scény, nejprve zapněte XY Overview. Všechny scény jdou do jednoho souboru OME-TIFF. Každá scéna je v něm samostatným obrazem.
Otevřete výsledek. Obě scény jsou tam, jako obraz 1 a obraz 2. Velikost pixelu i názvy kanálů se přenesly.
Bezplatný účet vám umožní otevírat a prohlížet lokální snímky ještě před jakoukoli zkušební verzí. Export vyžaduje 3denní zkušební verzi nebo předplatné. Velký dlaždicový sken se exportuje v rozlišení přehledu, ne v plném rozlišení skenu. Na macOS i ve Windows jde o stejnou aplikaci. Tento záznam byl vytvořen ve Windows.
Krok 1
Otevřete soubor CZI
Zvolte File › Open File… (Ctrl+O ve Windows, ⌘O na Macu) nebo přetáhněte soubor .czi do okna. První scéna se zobrazí okamžitě. Nic se nepřevádí a soubor se nenahrává.
Krok 2
Procházejte scény
Soubor s několika scénami zobrazí pod obrazem ovládací prvek Scene. Použijte − a + nebo zadejte číslo. Každá scéna si zachovává vlastní velikost i název ze souboru, například jamku (D6, D7) nebo oblast dlaždic.
Krok 3
Všechny scény v XY Overview
Klikněte na XY Overview vedle ovládacího prvku Scene nebo zvolte View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Každá scéna se vykreslí tam, kde byla zaznamenána, včetně mezer. Kliknutím scénu vyberete, dvojklikem ji otevřete. Scény, které jsou od sebe daleko, například jamky vzdálené 9 mm, se nejprve zobrazí jako malé dlaždice: pro jejich zobrazení přibližte.
Krok 4
Zkontrolujte kanály, velikost pixelu a metadata
V panelu Display zaškrtněte Blend channels into one view pro barevný kompozit, nebo jednotlivé kanály vypněte. Details uvádí velikost pixelu, rozměry, aktuální scénu a její velikost. Jas, kontrast a barvy mění jen to, co vidíte, nikdy uložené pixely.
Krok 5
Zvolte File › Export Current Image as TIFF
Zvolte File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Vyberte složku a název; SlideScope navrhne název s koncovkou .ome.tif.
Krok 6
Exportujte jednu scénu, nebo všechny
Když je na obrazovce jediná scéna, exportuje se jen ona, s názvem například sample_scene-2.ome.tif. Chcete-li exportovat všechny scény, nejprve zapněte XY Overview: všechny scény se uloží do jednoho souboru OME-TIFF, každá jako samostatný obraz ve vlastní velikosti. Než se cokoli zapíše, potvrzení ukáže velikost, velikost pixelu, kanály a kompresi.
Krok 7
Otevřete výsledek
Po dokončení exportu klikněte na Open Exported TIFF. SlideScope zobrazí každou exportovanou scénu jako samostatný obraz; procházíte je ovládacím prvkem Image. Programy pro čtení OME-TIFF, které podporují více obrazů v jednom souboru, například Bio-Formats ve Fiji, je uvedou jako samostatné série.
Co exportovaný OME-TIFF obsahuje
Jeden soubor. Export scény na obrazovce zapíše jeden obraz; export z XY Overview zapíše každou scénu jako samostatný obraz uvnitř stejného souboru, každý ve vlastní velikosti. Nevytváří jeden soubor na scénu.
Pixely se zapisují beze změny, s bezeztrátovou kompresí (Deflate). Jas, kontrast a gama jsou nastavení zobrazení a na export se nepoužijí.
Velikost pixelu v mikrometrech, krok Z, pokud jde o Z-stack, názvy kanálů zaznamenané v CZI a barvy kanálů aktuálně nastavené v prohlížeči. Soubor bez zaznamenané velikosti pixelu se exportuje bez ní; SlideScope si kalibraci nevymýšlí.
Rozlišení: scény, které se vejdou do paměti, se exportují v plném rozlišení. Velký dlaždicový sken, například oblast ze skeneru preparátů, se exportuje v rozlišení přehledu. Potvrzení uvede poměr, například 1:8, a zaznamenaná velikost pixelu se odpovídajícím způsobem přepočítá. Sken v plném rozlišení zůstává ve SlideScope k prohlížení po jednotlivých oblastech.
Jeden exportovaný obraz širší nebo vyšší než 4 096 pixelů dostane navíc pyramidové úrovně se sníženým rozlišením. Soubor s několika obrazy je nedostane. Soubory nad 2 GiB se zapisují jako BigTIFF.
Nekopíruje se: zbytek metadat akvizice z CZI a pozice scén jako souřadnice stolku. Původní CZI si ponechte jako archivní soubor.
Co potřebujete
Windows 10 nebo 11, nebo macOS 14 či novější na Apple Silicon nebo Intel. Vestavěnou knihovnu ukázek můžete zdarma prozkoumat se všemi nástroji. Otevírání vlastních snímků vyžaduje předplatné. Předplatné stojí $35.00 měsíčně a zahrnuje export.
Když něco nevypadá správně
Zobrazí se jen jedna scéna
Scény lze procházet, když mají stejný typ pixelu a stejné kanály, roviny Z a časové body. Pokud tomu tak není, SlideScope zobrazí první scénu a důvod uvede v Details. Pokud to neodpovídá vašemu očekávání, pošlete nám soubor.
Barvy se liší od ZEN
Barvy kanálů se přebírají ze souboru, pokud je zaznamenává. Změníte je v Display › Channel colour…; export zaznamená barvy, které nastavíte.
Export je menší než sken
Velký dlaždicový sken se exportuje v rozlišení přehledu a potvrzení to uvede dřív, než se cokoli zapíše. Sken v plném rozlišení zůstává ve SlideScope k prohlížení.
Export vás vyzve k předplatnému
Na vestavěných ukázkách fungují všechny nástroje zdarma, včetně exportu. Export vlastních snímků vyžaduje předplatné.
Ukázka ve videu a na snímcích obrazovky: S2_3x3_CH2.czi z ukázkových dat czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), dvě scény mozaiky 3 × 3 s DAPI a EGFP. Žádná data zákazníků.
Jak důkladně je podpora CZI otestovaná
V našem zveřejněném testu formátů z 18. 9. 2026 se otevřelo všech 48 ze 48 souborů CZI, s až 8 kanály, 56 rovinami Z a 10 časovými body; největší měl 4,5 GB. Jde o náš vlastní test dodávaných načítacích modulů, zveřejněný i s nezpracovanými daty, nikoli o nezávislou certifikaci, a ukázkové soubory nepokrývají všechny používané varianty CZI. Veřejné testovací soubory zahrnují destičky s více scénami a oblasti dlaždic, ale žádný CZI s více scénami ze skeneru preparátů, takže tento případ je pokrytý méně. Viz benchmark formátů a přehled kompatibility.
Další způsoby, jak otevřít CZI na Macu
Nástroj
Vhodné pro
Na co pamatovat
SlideScope
Otevírání, prohlížení, měření a export souborů CZI na Macu, vedle ND2, SVS a dalších formátů.
Prohlížeč a nástroj pro kontrolu. Žádné skriptování ani vlastní analytické pipeline.
Fiji / ImageJ s Bio-Formats
Bezplatná open-source analýza s pluginy a makry; čte CZI v macOS.
Analytická platforma; každá scéna se importuje jako série přes importní dialog.
QuPath
Bezplatná analýza celoplošných snímků; čte CZI přes Bio-Formats.
Je postavená kolem projektů analýzy preparátů, ne kolem rychlé kontroly vícerozměrných stacků.
ZEISS ZEN lite
Bezplatný prohlížeč od výrobce, nejblíže akvizičnímu softwaru.
Pouze Windows, takže na Macu bez Windows nepřichází v úvahu.
Otázky
Mohu otevřít soubory CZI na Macu?
Ano. SlideScope otevírá soubory CZI nativně v macOS 14 nebo novějším, na Macích s Apple Silicon i Intel, včetně souborů s několika scénami, kanály, rovinami Z a časovými body. Na Macu otevře CZI také Fiji s Bio-Formats. ZEN lite, bezplatný prohlížeč od ZEISS, je aplikace pro Windows.
Jak zobrazit všechny scény souboru CZI?
Ovládacím prvkem Scene pod obrazem přecházejte ze scény na scénu, nebo zapněte XY Overview a uvidíte všechny scény na jejich zaznamenaných pozicích. Každá scéna si zachovává vlastní velikost a název.
Mohu exportovat scénu z CZI do OME-TIFF?
Ano. File › Export Current Image as TIFF exportuje scénu na obrazovce, nebo všechny scény, když je zapnutý XY Overview. Každá scéna se stane samostatným obrazem uvnitř jednoho souboru OME-TIFF, s bezeztrátovou kompresí, velikostí pixelu a názvy kanálů. Export vlastních souborů vyžaduje předplatné; vestavěné ukázky se exportují zdarma.
Je SlideScope spojen se společností ZEISS?
Ne. SlideScope je nezávislý a není nijak spojen se společností ZEISS. Názvy produktů slouží pouze k popisu formátu souborů a srovnání.
SlideScope není nijak spojen se společností ZEISS. ZEISS, ZEN a CZI jsou uvedeny k popisu kompatibility souborů. SlideScope slouží k výzkumu, výuce a kontrole, nikoli k diagnostice.
Kdy je SlideScope správná volba
Zvolte SlideScope, pokud chcete jednu nativní desktopovou aplikaci pro Mac nebo počítač s Windows, která otevře preparáty a mikroskopické soubory od mnoha výrobců (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM a další), měří v kalibrovaných jednotkách a počítá jádra a buňky bez psaní kódu, přičemž všechny soubory zůstávají ve vašem počítači.
Je to placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek: všechny nástroje fungují na vestavěných ukázkách a otevírání vlastních snímků vyžaduje předplatné (PayPal nebo karta). Pokud otevíráte jen formát jednoho výrobce ve Windows, může vám stačit bezplatný prohlížeč tohoto výrobce; pro skriptovanou analýzu jsou QuPath a Fiji zdarma a open source.
Vyzkoušejte to na vlastním souboru CZI
Vestavěnou knihovnu ukázek můžete zdarma prozkoumat se všemi nástroji. Otevírání vlastních snímků vyžaduje předplatné. Předplatné stojí $35.00 měsíčně a účtuje se při předplacení (PayPal nebo karta). Zrušit ho můžete kdykoli ve svém účtu.
