Contenu de cette vidéo
Un fichier Nikon .nd2 contient rarement une seule image : il peut regrouper des points temporels, des plans focaux, des canaux et des positions de platine dans un même fichier. Cette vidéo explique ce que contient un ND2 et en ouvre un dans SlideScope sur Mac ou Windows.
Vous voyez les commandes de temps, de profondeur et de canaux, les métadonnées d’acquisition et une mesure étalonnée, suivies d’une liste honnête de ce qu’une visionneuse ne fait pas par rapport à NIS-Elements ou Fiji.
Vous préférez lire ? Comment ouvrir des fichiers ND2 : toutes les options comparées.
Transcription
Mis à jour depuis l’enregistrement. Là où la narration indique que SlideScope ne fait ni segmentation ni quantification par lots, c’est inexact : depuis la v1.8.5, Local Quantification segmente et compte les noyaux, les cellules ou les particules sur votre propre ordinateur et peut appliquer une recette enregistrée à tout un dossier. Il n’existe toujours pas de langage de script ni de macros. L’essai évoqué dans la narration n’est plus proposé aux nouveaux inscrits, et les prix cités ont changé : la bibliothèque d’échantillons intégrée est gratuite avec tous les outils, et pour ouvrir vos propres images il faut un abonnement, facturé dès la souscription par PayPal ou carte. Les prix actuels figurent sur la page des tarifs. Voir les tarifs.
ND2 est le format de Nikon. Il sort de NIS-Elements, et presque rien d’autre ne l’ouvre.
Les fichiers ND2 contiennent rarement une seule image.
Ce sont des séries temporelles, des piles Z et des canaux multiples, souvent tout à la fois.
Ouvrez le .nd2 directement. Sans étape de conversion.
Celui-ci est un time-lapse. Parcourez les points temporels.
Un curseur distinct parcourt la profondeur - ce fichier compte onze plans Z.
Fusionnez les canaux en une seule vue.
Activez ou désactivez chaque canal indépendamment pour voir ce qu’il apporte.
Métadonnées d’acquisition : objectif, taille de pixel, intervalle.
C’est grâce à cette taille de pixel que la mesure s’affiche en micromètres.
Ceci est une visionneuse. Elle n’exécutera pas vos routines d’analyse NIS-Elements.
Elle ne pilote pas le microscope et ne fait pas de quantification par lots.
Elle exporte en TIFF : le travail passe donc proprement vers Fiji ou CellProfiler.
Mac et Windows, la même application. Un essai de 3 jours avec accès complet, puis $25.00 par mois.