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Un fichier ZEISS .czi ne s’ouvre pas sur un Mac par un double-clic, et ZEISS ZEN lite, la visionneuse gratuite du fabricant, ne fonctionne que sous Windows. Fiji ouvre le CZI via Bio-Formats sur toutes les plateformes, mais c’est une plateforme d’analyse. Cette vidéo compare les options, puis ouvre un vrai fichier CZI dans SlideScope.
Vous voyez la pyramide d’images se charger sans conversion du fichier, les canaux affichés séparément puis en composite couleur, une pile Z parcourue plan par plan, les métadonnées d’acquisition et une mesure en micromètres étalonnés.
Vous préférez lire ? Comment ouvrir des fichiers CZI : toutes les options comparées.
Transcription
Mis à jour depuis l’enregistrement. Là où la narration indique que SlideScope ne fait ni segmentation ni quantification par lots, c’est inexact : depuis la v1.8.5, Local Quantification segmente et compte les noyaux, les cellules ou les particules sur votre propre ordinateur et peut appliquer une recette enregistrée à tout un dossier. Il n’existe toujours pas de langage de script ni de macros. L’essai évoqué dans la narration n’est plus proposé aux nouveaux inscrits, et les prix cités ont changé : la bibliothèque d’échantillons intégrée est gratuite avec tous les outils, et pour ouvrir vos propres images il faut un abonnement, facturé dès la souscription par PayPal ou carte. Les prix actuels figurent sur la page des tarifs. Voir les tarifs.
Voici un fichier CZI issu d’un microscope Zeiss. Double-cliquez dessus sur un Mac : rien ne se passe.
ZEN lite est l’outil gratuit du fabricant, mais il ne fonctionne que sous Windows.
Fiji lit le CZI via Bio-Formats sur Mac, mais c’est une plateforme d’analyse pour une image à la fois.
Ouvrez le .czi directement. Sans étape d’importation, sans conversion.
L’application lit la pyramide d’images : elle zoome donc sans charger tout le fichier.
Déplacez-vous en pleine résolution. La barre d’échelle reste étalonnée.
Les canaux sont listés à gauche. Composite les fusionne en couleur.
Activez ou désactivez chaque canal indépendamment pour voir ce qu’il apporte.
Ce fichier est une pile Z. Le curseur parcourt les plans focaux.
Les métadonnées s’affichent à côté de l’image : objectif, taille de pixel, paramètres d’acquisition.
Comme l’application a lu la taille de pixel, les mesures s’affichent en micromètres.
Soyons clairs sur le périmètre : ceci est une visionneuse. Ni segmentation, ni quantification par lots, ni scripts.
Elle exporte en TIFF : transmettre la région se fait donc proprement.
Pour la recherche, l’enseignement et la relecture. Pas pour le diagnostic clinique.
La même application sous Windows 10 ou version ultérieure et macOS 14 ou version ultérieure, sur Apple Silicon ou Intel.
Les versions Windows sont signées numériquement via SSL.com.
Un essai de 3 jours avec accès complet, puis $25.00 par mois. Le lien est dans la description.