Apprendre SlideScope

De l’installation aux résultats réels

Chaque guide ci-dessous correspond à une tâche que quelqu’un doit vraiment mener à bien, avec une estimation de temps honnête et trois étapes. Commencez par le parcours d’entrée si SlideScope vous est nouveau, ou allez droit au travail qui vous attend.

Démarrer l’essaiTéléchargement et essai
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Commencer ici

Une dizaine de minutes, une seule fois. Faites-les dans l’ordre et tout le reste de cette page prendra son sens.

  1. Installer et activer

    Téléchargez la version signée pour Windows ou macOS et connectez-vous avec le compte utilisé pour l’essai ou l’abonnement. L’activation est liée à la machine, et un abonnement couvre deux appareils : votre portable et votre station de travail peuvent rester connectés tous les deux.

  2. Ouvrir votre première lame

    Faites glisser un fichier CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM ou TIFF sur la fenêtre. Il n’y a ni étape d’importation ni conversion : SlideScope lit directement la pyramide du scanner, si bien qu’une lame gigapixel s’ouvre sur un portable ordinaire.

  3. Vous repérer

    Molette pour zoomer, glisser pour déplacer, et le navigateur d’aperçu pour sauter d’un bout à l’autre de la lame sans perdre votre place. Regardez tôt le panneau de métadonnées : la taille de pixel qui y est enregistrée est ce qui rend chaque mesure ultérieure étalonnée plutôt qu’approximative.

Guides par tâche

Choisissez celui qui correspond à ce que vous cherchez à faire aujourd’hui.

Compter des noyaux sur une image de fluorescence

6 min
  1. Ouvrez l’image et sélectionnez la région à compter. Quantifier une région plutôt qu’une lame entière garde le traitement rapide et le résultat sur le tissu qui vous intéresse.
  2. Dans le panneau de quantification, choisissez Noyaux, prenez InstanSeg comme moteur et réglez le canal de segmentation sur votre DAPI ou marquage nucléaire. Laissez les réglages avancés tels quels au premier essai.
  3. Lancez, puis lisez la surcouche avant de lire le chiffre. Cliquez sur tout objet qui semble faux pour l’exclure, puis exportez ensemble le CSV et le résumé de méthodes.

Mesurer une structure en micromètres

4 min
  1. Vérifiez que le panneau de métadonnées affiche une taille de pixel. Si le scanner l’a enregistrée, les mesures sortent en micromètres réels ; sinon, étalonnez manuellement avant de mesurer quoi que ce soit.
  2. Choisissez l’outil de mesure et tracez sur la structure. Distances et surfaces sont calculées à la résolution complète de la lame, pas au niveau de zoom auquel vous regardez.
  3. Enregistrez la mesure pour qu’elle reste attachée à la lame, puis exportez le tableau en CSV ou les régions en GeoJSON quand vous en avez besoin ailleurs.

Comparer une HE et son IHC

5 min
  1. Ouvrez la première lame, puis la seconde à côté. Les deux volets se calent sur la même zone de tissu au même grossissement.
  2. L’échelle est alignée en micromètres et non par facteur de zoom : deux numérisations de résolutions différentes se correspondent réellement. Déplacez ou zoomez un volet, l’autre suit.
  3. Annotez dans le volet qui convient. Les notes restent attachées à leur propre lame et à votre compte, si bien que le relecteur suivant les voit.

Quantifier un dossier entier en une passe

8 min
  1. Réussissez d’abord une image. Réglez type d’objet, moteur, canal et bornes de surface sur une seule image représentative jusqu’à ce que la surcouche soit correcte.
  2. Enregistrez ces réglages en recette et donnez-lui un nom que vous reconnaîtrez dans trois mois.
  3. Choisissez le traitement par dossier, pointez-le sur le répertoire et laissez tourner. Vous obtenez des exports par image plus un CSV de synthèse du lot, chaque image ayant été analysée avec des réglages identiques.

Partager la vue exacte que vous regardez

3 min
  1. Placez-vous sur le champ que vous voulez montrer, au zoom et au plan auxquels vous voulez qu’on le voie.
  2. Créez un lien de vue partagée. Il embarque la lame avec la position, le zoom et le plan, pour éviter à votre correspondant de chercher dans une numérisation gigapixel.
  3. Envoyez-le. Qui a SlideScope installé l’ouvre en un clic via le schéma slidescope:// ; qui ne l’a pas voit d’abord sur le site ce que le lien désigne.

Référence

Gardez ceci ouvert dans un onglet pendant que vous travaillez.

Quantifierformats de fichiers pris en chargeConfiance et donnéesContactNotes de version

Questions fréquentes

Je débute complètement. Par où commencer ?

Faites les trois étapes d’entrée dans l’ordre, puis le guide de mesure. Ces quatre choses couvrent l’essentiel de ce dont un nouvel utilisateur a besoin la première semaine. Le guide de comptage vaut le détour ensuite même si vous ne pensez pas encore avoir besoin de quantification : c’est le moyen le plus rapide de comprendre comment SlideScope traite l’étalonnage.

Dois-je apprendre à programmer ?

Non. Rien sur cette page ne demande de script, de macro, de module ni d’environnement Python. La quantification s’appuie sur des recettes enregistrées plutôt que sur du code : c’est le compromis, moins souple qu’une plateforme programmable, bien plus rapide pour obtenir un résultat.

Comment former le reste du laboratoire ?

Envoyez-leur un lien de vue partagée pointant vers une vraie lame issue de votre propre travail, avec cette page. Ouvrir quelque chose de familier vaut mieux qu’un fichier de démonstration artificiel, et le lien garantit qu’ils voient le même champ que vous plutôt qu’un autre coin de la numérisation.

Apprenez sur vos propres images

L’essai de 14 jours donne un accès complet. Parcourez ces guides avec les lames que votre laboratoire manipule réellement, pas un fichier d’exemple.

Démarrer l’essai
formats de fichiers pris en chargeNotes de versionAlternativesConfiance et données