SlideScope の顕微鏡ファイル互換性

現在の互換性一覧表

この一覧表は、現在の SlideScope アプリケーションの振り分けとリーダーの動作に基づいています。一次スクリーニングの参考としてお使いいただき、そのうえで、チームが使っている顕微鏡、スキャナー、ソフトウェアのバージョン、圧縮設定そのもので作成した代表的なファイルでテストしてください。

形式ごとの詳細と信頼できる参考資料

CZI：ZEISS の認定を示唆することのない多次元レビュー

CZI には複数のシーン、チャンネル、Z プレーン、タイムポイント、撮影メタデータ、タイル化されたサブブロックが含まれることがあります。SlideScope は一般的なレビューに必要な次元とメタデータを読み込み、ファイル内のシーンを 1 つずつ切り替えるか、XY Overview でまとめて表示します。ピクセル型や軸が最初のシーンと異なるシーンは切り替えの対象にならず、最初のシーンがその理由を説明する通知とともに表示されます。エクスポートでは、可逆圧縮、ピクセルサイズ、チャンネル名を含む OME-TIFF を書き出します。XY Overview からエクスポートすると、すべてのシーンがそれぞれ別の画像として 1 つのファイルにまとめられ、大きなタイルスキャンは概観用の解像度でエクスポートされます。エクスポートした各シーンは撮影時のピクセルサイズを保持します（SlideScope 1.8.57 で修正。それ以前のバージョンでは、サイズの異なる非タイルのシーンでキャリブレーションが誤ることがありました）。CZI ファミリーは幅が広いため、実ファイルでのテストが重要です。マルチシーン CZI ガイドでは、シーンとエクスポートを手順を追って説明しています。ZEISS は公式の CZI 画像ファイル形式ページで、この形式とそのアプリケーションのエコシステムについて説明しています。この資料は元の形式を定義するものであり、SlideScope を推奨または認定するものではありません。

ND2：時間、Z、チャンネル、位置

SlideScope は ND2 の主要な軸をビューアの仕組みに対応付けます。バージョン 1.8.41 からは、複数位置の撮影データの位置を時間軸に畳み込まず独立した軸として保持し、XY Overview では各位置を記録されたステージ座標に配置します。ステージの向きは限られた機種でしか検証していないため、チームで標準化する前に代表的な複数位置の実験データで確認してください。Nikon の公式の NIS-Elements ソフトウェアリソースでは、Nikon の無料スタンドアロンビューア、多次元データセットの表示、Nikon 独自のエコシステムでの TIFF エクスポートについて説明しています。

SVS：全スライドピラミッドと圧縮方式

SVS ファイルは、ピラミッドレベルと Aperio のメタデータを持つ TIFF ベースの全スライド画像です。SlideScope は表示の精細さと利用可能なメモリのバランスが取れるレベルを選びます。オープンソースの OpenSlide プロジェクトは、タイル化された画像、ピラミッドレベル、付随画像、メタデータのプロパティを含む Aperio 形式の構造を文書化しています。

TIFF と OME-TIFF：単一の決まったレイアウトではなくコンテナ

.tif で終わるファイルは、単純な 2D 画像、RGB 画像、ImageJ スタック、OME-TIFF データセット、BigTIFF、あるいは異なる圧縮方式のピラミッド画像である可能性があります。SlideScope のリーダーは OME と ImageJ のメタデータがあれば認識しますが、すべてのバリエーションを同じものとして扱うべきではありません。OME-TIFF 仕様では、TIFF のプレーンと OME-XML メタデータがどのように次元とピラミッドを記述するかを説明しています。

DICOM：標準フレームとタイル化された全スライドピラミッド

現在一般公開されている Windows と macOS のインストーラーは、研究目的のレビュー向けに、蛍光の Z スタックやタイムラプス撮影を含む通常のシングルフレームおよびマルチフレームの DICOM に対応しています。VL Whole Slide Microscopy Image Storage SOP クラスのファイルは、DICOM のピラミッドとタイル構造を直接使う別の全スライド処理で読み込まれるため、タイル化された WSI DICOM も変換なしで開けます。圧縮された転送構文は、同梱の GDCM、openjpeg、imagecodecs プラグインでデコードされます。SlideScope は PACS ではなく、バリデーション済みの診断用ワークステーションとして提供されているものでもありません。DICOM 標準委員会の Supplement 145 は全スライド顕微鏡画像オブジェクトを定義しており、WSI が独立した互換性クラスである理由を理解する助けになります。

1.10.0 で追加された装置形式：Details パネルに表示される内容

SlideScope 1.10.0 で追加された各形式は、Windows と macOS で開き、メタデータが Details パネルに表示されます。ファイルに記録されている内容に応じて、対物レンズ（名称、倍率、開口数、液浸）、レーザーと光源、検出器とゲイン、露光、フィルター、ピンホール、実際のチャンネル名とチャンネルの色、撮影日、実時間（秒）のタイムポイント、µm 単位の焦点面、プレートのウェルと視野、保存された表示ウィンドウが含まれます。タイルスキャンと複数のステージ位置は位置として開き、XY Overview で記録されたステージ座標に配置されます。手順ガイド：VSI、OIB と OIR、ZVI、LSM、LOF と XLEF、DeltaVision、MetaMorph STK と ND、OME-Zarr、NDPIS。

1.20.0 で追加された形式

SlideScope 1.20.0 では、Philips iSyntax と KFBio KFB の全スライドスキャン、ICS/IDS 画像、Gatan DM3 と DM4 の電子顕微鏡画像、Olympus SIS 画像が追加され、いずれもスケールと記録されたメタデータとともに開けます。それぞれで開けるものと開けないものは上の一覧表に記載しています。手順ガイド：iSyntax、KFB、ICS と IDS、DM3 と DM4、SIS。

対応している拡張子でも開けないことがある理由

導入前の実践的なテスト

1. チームが実際に使っているすべての顕微鏡やスキャナーの機種からファイルを選びます。
2. 小さなファイル、典型的なファイル、日常的に扱う最大のファイル、古いアーカイブのファイルを 1 つずつ含めます。
3. チャンネルの色、タイムポイント、Z プレーン、位置、ピラミッドの精細さ、空間キャリブレーションを確認します。
4. 主要なメタデータを、撮影ソフトウェアや信頼できる別のリーダーと比較します。
5. TIFF エクスポートをテストし、後工程のワークフローがどの次元とメタデータを想定しているかを確認します。
6. アプリケーションのバージョン、OS、ハードウェア、元のソフトウェア、結果を記録します。

これにより、ラボが後から見直せる記録が残り、同じ拡張子のファイルはすべて同じだと仮定するよりも確実です。

対応形式と非対応形式

NDPI、MRXS、SCN、BIF、VMS、VMU、SVSLIDE、QPTIFF、AVS のスキャナースライドは OpenSlide バックエンドで対応し、Leica LIF には専用のリーダーがあります。VSI、OIB、OIF、OIR、ZVI、LSM、LOF、XLEF、DeltaVision、MetaMorph、NDPIS、OME-Zarr、一般的な画像ファイルにはバージョン 1.10.0 から、Philips iSyntax、KFBio KFB、ICS/IDS、Gatan DM3/DM4、Olympus SIS にはバージョン 1.20.0 から対応しています。いずれも上の互換性一覧表に掲載しています。対応ファイルの .zip も開けます。SlideScope は中身を表示し、アーカイブの横に展開してから開きます。SlideScope は、SQRAY SDPC、Motic MDSX、UNIC TMAP、Leica LEI、SlideBook SLD、MRC の各ファイル、KFBio KFBF 蛍光スライド、Gatan の 1D スペクトルや 4D-STEM データセット、リモートの https リンクからの OME-Zarr、NIfTI、一般的な動画形式は開けません。これらのファイルの名前を対応する拡張子に変えないでください。これらの形式がワークフローで重要な場合は、ご購入前に形式名と撮影ソフトウェアを添えてサポートにお問い合わせください。

対応しているファイルでも開けない場合、アプリ内のサポート機能で機密性のないスライド情報を送れます。組織の承認がない限り、患者を特定できるデータや社外秘のファイルは送らないでください。

互換性に関するよくある質問