WindowsまたはmacOSのSlideScopeで、ZEISSのCZIファイルを事前変換せずに開けます。保存されたチャンネルと画像の次元を確認できます。ローカル表示では画像をアップロードしません。
CZI ファイルには複数のシーンを含めることができます。プレートのウェル、タイル領域、スライドのスキャン領域などです。SlideScope は各シーンを個別に、またはすべてまとめて表示し、表示中のシーンまたはすべてのシーンを OME-TIFF にエクスポートします。以下の動画と手順では、公開されている 2 シーンのサンプルファイルを使用しています。
CZI には複数のシーンを含められます：ウェル、タイル領域、スキャン領域。 各シーンを表示し、OME-TIFF にエクスポートする方法です。
2 シーンの CZI を直接開きます。変換は不要です。 Scene コントロールでシーンを順に切り替えます。 シーン 2 はウェル D7、シーン 1 はウェル D6。 XY Overview は各シーンを記録位置に配置します。 この 2 つのウェルは 9 mm 離れています。
チャンネルを 1 つのビューに合成します。 チャンネルをオフにして、その寄与を確認します。 拡大しても、スケールバーは校正されたままです。 Details にはピクセルサイズ、チャンネル、取得設定が表示されます。
エクスポートは File › Export Current Image as TIFF。 1 シーンの表示中は、そのシーンだけがエクスポートされます。 開始前に、書き込むピクセルサイズ、チャンネル、圧縮方式が表示されます。 全シーンをエクスポートするには、先に XY Overview をオンに。 全シーンが 1 つの OME-TIFF に入り、各シーンが個別の画像になります。
結果を開くと、両シーンが画像 1 と画像 2 として入っています。 ピクセルサイズとチャンネル名も引き継がれています。
無料アカウントで、トライアル前にローカル画像を開いて表示できます。 エクスポートには 3 日間のトライアルかサブスクリプションが必要です。 大きなタイルスキャンはフルではなくオーバービュー解像度で出力されます。 macOS と Windows で同じアプリ。映像は Windows でレンダリング。
File › Open File… を選択する（Windows では Ctrl+O、Mac では ⌘O）か、.czi ファイルをウィンドウにドラッグします。最初のシーンがすぐに表示されます。変換は行われず、ファイルがアップロードされることもありません。
複数のシーンを含むファイルでは、画像の下に Scene コントロールが表示されます。− と + を使うか、番号を入力します。各シーンは固有のサイズと、ウェル（D6、D7）やタイル領域などファイル内の名前を保持します。
Scene コントロールの横にある XY Overview をクリックするか、View › XY Overview（Ctrl+Shift+X）を選択します。各シーンは記録された位置に、間の隙間も含めて描画されます。シーンをクリックすると選択、ダブルクリックすると開きます。9 mm 離れたウェルのように遠く離れたシーンは、最初は小さなタイルとして表示されるので、拡大して確認してください。
Display で Blend channels into one view にチェックを入れるとカラー合成になり、個々のチャンネルをオフにすることもできます。Details にはピクセルサイズ、次元、現在のシーンとそのサイズが表示されます。明るさ、コントラスト、色は表示のみを変更し、保存されたピクセルは一切変更しません。
File › Export Current Image as TIFF…（Ctrl+Shift+C）を選択します。フォルダと名前を指定します。SlideScope は .ome.tif で終わる名前を提案します。
1 つのシーンを表示している間は、そのシーンだけが sample_scene-2.ome.tif のような名前でエクスポートされます。すべてのシーンをエクスポートするには、先に XY Overview をオンにします。すべてのシーンが 1 つの OME-TIFF ファイルにまとめられ、各シーンがそれぞれのサイズで個別の画像になります。書き込み前に、サイズ、ピクセルサイズ、チャンネル、圧縮方式を示す確認画面が表示されます。
エクスポートが完了したら Open Exported TIFF をクリックします。SlideScope はエクスポートされた各シーンを画像として表示するので、Image コントロールで順に切り替えます。Fiji の Bio-Formats など、1 ファイルに複数の画像を扱える OME-TIFF リーダーでは、それぞれ別のシリーズとして一覧表示されます。
Windows 10 または 11、あるいは Apple Silicon または Intel 搭載の macOS 14 以降。内蔵のサンプルライブラリは、すべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像は3日間の無料トライアルで開けます。 エクスポートには 3 日間のトライアルまたはサブスクリプションが必要です（トライアル後は月額 $25.00）。
シーンを切り替えられるのは、ピクセルタイプが同じで、チャンネル、Z平面、タイムポイントが同じ場合です。そうでない場合、SlideScope は最初のシーンを表示し、その理由を Details に示します。想定と異なる場合は、ファイルをお送りください。
チャンネルの色は、ファイルに記録されている場合はファイルから取得されます。Display › Channel colour… で変更でき、エクスポートには設定した色が記録されます。
大きなタイルスキャンはオーバービュー解像度でエクスポートされ、書き込み前に確認画面でその旨が示されます。フル解像度のスキャンは SlideScope で引き続き表示できます。
表示は無料アカウントで利用できます。エクスポートには無料トライアルまたはサブスクリプションが必要です。
動画とスクリーンショットのサンプル：czitools のサンプルデータに含まれる S2_3x3_CH2.czi（Sebastian Rhode / ZEISS、GPL-3.0）。DAPI と EGFP を含む 3 × 3 モザイクの 2 シーンです。顧客データは含まれていません。
| ツール | 費用 | 対応 OS | 主な用途 |
|---|---|---|---|
| ZEISS ZEN lite | 無料（ダウンロードに ZEISS ID が必要） | Windows | メーカー純正のビューアで、画像取得ソフトウェアに最も近い |
| Fiji / ImageJ と Bio-Formats | 無料・オープンソース | Windows、macOS、Linux | プラグインやマクロを使った解析。各シーンはシリーズとして読み込まれる |
| QuPath | 無料・オープンソース | Windows、macOS、Linux | ホールスライドイメージの解析プロジェクトとスクリプト処理 |
| SlideScope | サンプルは全ツール付きで無料、ご自身の画像は 3 日間の無料トライアルで、その後は月額 $25 からのサブスクリプション | Windows 10+、macOS 14+（Apple シリコンおよび Intel） | CZI、ND2、SVS、NDPI、MRXS、DICOM、TIFF とあわせて CZI を表示・計測・アノテーションでき、ファイルはお使いのコンピューター内に保持されます |
ZEISS CZI ファイルは、ZEISS の Windows 向け無料ビューア ZEN lite、Bio-Formats を介して Windows・Mac・Linux で CZI を読み込める無料の Fiji や QuPath、または無料トライアル付きの Windows・Mac 向けデスクトップビューア SlideScope で開けます。Apple シリコン搭載の Mac では、Bio-Formats は JPEG-XR 圧縮の CZI ファイルを読み込めません。以下の手順では SlideScope を使用します。
QuPath のドキュメントによると、Bio-Formats は現在 Apple シリコン上で JPEG-XR 圧縮に対応しておらず、多くの CZI ファイルは JPEG-XR で圧縮されています。回避策として、別のコンピューターでファイルを変換するか、Intel 版の QuPath に切り替える方法が案内されています。SlideScope は CZI の読み込みに Bio-Formats を使用せず、Windows 版・Mac 版ともに独自に同梱した JPEG XR デコーダーで CZI を読み込みます。
複数形式の顕微鏡画像を一つのデスクトップ環境で開き、標準的な対象を自分のマシン上で定量したい場合はSlideScopeをご検討ください。顕微鏡制御、プログラム可能な画像処理、スクリプトによる解析パイプライン、組織全体の画像管理が必要な場合は、各専用製品が適します。
Fiji/ImageJ、QuPath、napari: 拡張可能な処理、マクロ、プラグイン、スクリプト、セグメンテーション、病理解析、Python科学計算。
OMERO: 画像の一元保管、権限管理、共同作業、組織的なデータ管理。
はい。ZEN lite（Windows）と、Bio-Formats を使う Fiji または QuPath は無料です。 SlideScope は無料でダウンロードでき、内蔵のサンプルライブラリはすべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像は 3 日間の無料トライアル（PayPal またはカードの登録が必要）で開けます。トライアル終了後はサブスクリプションになります。
macOS 14以降を使用してください。Macに合うApple Silicon版またはIntel版を選び、ファイルをローカルストレージにコピーしてから開きます。
ファイルのコピーが完了しているか確認します。問題が続く場合は、アプリのバージョン、ファイル形式、エラーメッセージをサポートにお知らせください。
研究室、顕微鏡コア施設、教育現場、学生、病理レビューのチーム向けです。
形式の原典ドキュメントをご覧ください。
SlideScopeは独立した製品であり、Leica Biosystems、ZEISS、Nikon、ImageJ、Fiji、QuPath、napari、OMEROとは提携していません。製品名は客観的な比較のためにのみ使用しています。
全スライド画像、蛍光チャンネル、画像スタックを、WindowsとmacOSの一つの作業空間でじっくり確認できます。
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