O czym jest to wideo
Plik ZEISS .czi może zawierać kilka scen: dołki płytki, regiony kafelkowe lub obszary skanowania preparatu. W tym przewodniku otwieramy w SlideScope plik CZI z dwiema scenami, przechodzimy przez każdą z nich i pokazujemy w XY Overview, gdzie każda została zarejestrowana.
Następnie sprawdzamy kanały i rozmiar piksela, eksportujemy jedną scenę lub wszystkie sceny do OME-TIFF i ponownie otwieramy wynik. Wyeksportowane pliki zachowują rozmiar piksela i nazwy kanałów, więc Fiji, QuPath i inne czytniki Bio-Formats otwierają je poprawnie.
Wolisz czytać? Jak otworzyć pliki CZI, w tym pliki wieloscenowe.
Transkrypcja
Zaktualizowano od czasu nagrania. Tam, gdzie narracja wspomina o okresie próbnym na eksport: okres próbny z narracji nie jest już oferowany nowym użytkownikom, a podane ceny się zmieniły: wbudowana biblioteka przykładów jest bezpłatna ze wszystkimi narzędziami, a do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja, płatna w chwili jej wykupienia przez PayPal lub kartą. Aktualne ceny są na stronie z cennikiem. Zobacz plany i ceny.
Plik CZI może zawierać kilka scen: dołki płytki, regiony kafelkowe lub obszary skanowania.
Oto jak obejrzeć każdą z nich i wyeksportować je jako OME-TIFF.
Plik CZI z dwiema scenami, otwarty bezpośrednio. Bez konwersji.
Kontrolka Scene przełącza z jednej sceny na następną.
Scena 2 to dołek D7. Scena 1 to dołek D6.
XY Overview umieszcza każdą scenę tam, gdzie została zarejestrowana.
Te dwa dołki dzieli 9 mm.
Połącz kanały w jeden widok.
Wyłącz kanał, aby zobaczyć, co wnosi.
Powiększ. Pasek skali pozostaje skalibrowany.
Details pokazuje rozmiar piksela, kanały i ustawienia akwizycji.
Aby wyeksportować, wybierz File, a potem Export Current Image as TIFF.
Gdy oglądasz jedną scenę, eksportowana jest tylko ta scena.
Przed rozpoczęciem widzisz rozmiar piksela, kanały i kompresję, które zostaną zapisane.
Aby wyeksportować wszystkie sceny, najpierw włącz XY Overview.
Wszystkie sceny trafiają do jednego pliku OME-TIFF. Każda scena jest w nim osobnym obrazem.
Otwórz wynik. Obie sceny są na miejscu, jako obraz 1 i obraz 2.
Rozmiar piksela i nazwy kanałów zostały zachowane.
Bezpłatne konto pozwala otwierać i oglądać lokalne obrazy przed rozpoczęciem okresu próbnego.
Eksport wymaga 3-dniowego okresu próbnego lub subskrypcji.
Duży skan kafelkowy eksportuje się w rozdzielczości podglądu, a nie pełnego skanu.
To ta sama aplikacja na macOS i Windows. To nagranie wyrenderowano na Windows.