Poznaj SlideScope

Od instalacji do prawdziwych wyników

Każdy przewodnik poniżej to zadanie, które ktoś naprawdę musi wykonać, z uczciwą oceną czasu i trzema krokami. Zacznij od ścieżki wprowadzającej, jeśli SlideScope jest dla ciebie nowy, albo przejdź wprost do zadania, które masz przed sobą.

Rozpocznij okres próbnyPobieranie i okres próbny
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Zacznij tutaj

Około dziesięciu minut, jednorazowo. Zrób to po kolei, a reszta tej strony nabierze sensu.

  1. Zainstaluj i aktywuj

    Pobierz podpisaną wersję dla Windows lub macOS i zaloguj się kontem użytym do okresu próbnego lub subskrypcji. Aktywacja jest przypisana do komputera, a jedna subskrypcja obejmuje dwa urządzenia, więc laptop i stacja robocza mogą pozostać zalogowane jednocześnie.

  2. Otwórz pierwszy preparat

    Przeciągnij plik CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM lub TIFF na okno. Nie ma kroku importu ani konwersji: SlideScope czyta piramidę skanera bezpośrednio, więc preparat gigapikselowy otworzy się na zwykłym laptopie.

  3. Rozejrzyj się

    Przewijaj, aby przybliżać, przeciągaj, aby przesuwać, a nawigator poglądowy pozwala skakać po preparacie bez gubienia miejsca. Wcześnie zajrzyj do panelu metadanych: zapisany tam rozmiar piksela sprawia, że każdy późniejszy pomiar jest skalibrowany, a nie przybliżony.

Przewodniki według zadania

Wybierz ten, który odpowiada temu, co próbujesz dziś zrobić.

Policzyć jądra na obrazie fluorescencyjnym

6 min
  1. Otwórz obraz i zaznacz obszar do policzenia. Kwantyfikacja obszaru zamiast całego preparatu utrzymuje szybkość przebiegu i zostawia wynik na tkance, która cię interesuje.
  2. W panelu kwantyfikacji wybierz Jądra, ustaw InstanSeg jako silnik i wskaż kanał segmentacji na swoim DAPI lub barwieniu jądrowym. Przy pierwszym przebiegu zostaw ustawienia zaawansowane w spokoju.
  3. Uruchom, a potem przeczytaj nakładkę, zanim przeczytasz liczbę. Kliknij każdy obiekt, który wygląda źle, i wyklucz go, następnie wyeksportuj razem CSV i podsumowanie metod.

Zmierzyć strukturę w mikrometrach

4 min
  1. Sprawdź, czy panel metadanych pokazuje rozmiar piksela. Jeśli skaner go zapisał, pomiary wychodzą w rzeczywistych mikrometrach; jeśli nie, skalibruj ręcznie przed jakimkolwiek pomiarem.
  2. Wybierz narzędzie pomiaru i przeciągnij po strukturze. Odległości i pola liczone są w pełnej rozdzielczości preparatu, a nie na poziomie powiększenia, na którym akurat patrzysz.
  3. Zapisz pomiar, aby pozostał przypięty do preparatu, a później wyeksportuj tabelę jako CSV lub obszary jako GeoJSON, gdy będą potrzebne gdzie indziej.

Porównać HE z odpowiadającym IHC

5 min
  1. Otwórz pierwszy preparat, a potem drugi obok. Oba panele trzymają się tego samego fragmentu tkanki przy tym samym powiększeniu.
  2. Skala jest zrównywana w mikrometrach, a nie współczynnikiem powiększenia, więc skany o różnych rozdzielczościach naprawdę sobie odpowiadają. Przesuń lub przybliż jeden panel, a drugi podąży.
  3. Adnotuj w tym panelu, w którym ma to sens. Notatki zostają przy swoim preparacie i przy twoim koncie, więc kolejna osoba je zobaczy.

Zmierzyć cały folder w jednym przebiegu

8 min
  1. Najpierw dopracuj jeden obraz. Ustaw typ obiektu, silnik, kanał i granice powierzchni na jednym reprezentatywnym obrazie, aż nakładka będzie poprawna.
  2. Zapisz te ustawienia jako recepturę i nadaj jej nazwę, którą rozpoznasz za trzy miesiące.
  3. Wybierz przetwarzanie wsadowe folderu, wskaż katalog i pozwól mu działać. Dostaniesz eksporty dla każdego obrazu plus zbiorczy CSV podsumowania wsadu, przy czym każdy obraz przeanalizowano identycznymi ustawieniami.

Udostępnić dokładnie ten widok, na który patrzysz

3 min
  1. Ustaw się na polu widzenia, które druga osoba ma zobaczyć, w powiększeniu i płaszczyźnie, w jakich ma je zobaczyć.
  2. Utwórz link udostępnionego widoku. Niesie preparat wraz z pozycją, powiększeniem i płaszczyzną, więc odbiorca nie musi szukać po gigapikselowym skanie.
  3. Wyślij go. Kto ma zainstalowany SlideScope, otworzy go jednym kliknięciem przez schemat slidescope://; kto nie ma, zobaczy najpierw na stronie, na co link wskazuje.

Materiały

Trzymaj to otwarte w karcie podczas pracy.

Kwantyfikacjaobsługiwane formaty plikówZaufanie i przetwarzanie danychKontaktInformacje o wydaniach

Częste pytania

Jestem zupełnie początkujący. Od czego zacząć?

Przejdź trzy kroki wprowadzające po kolei, a potem przewodnik po pomiarach. Te cztery rzeczy pokrywają większość tego, czego nowy użytkownik potrzebuje w pierwszym tygodniu. Przewodnik po liczeniu warto zrobić następny, nawet jeśli nie sądzisz, że potrzebujesz kwantyfikacji, bo to najszybszy sposób, by zrozumieć, jak SlideScope traktuje kalibrację.

Czy muszę nauczyć się programować?

Nie. Nic na tej stronie nie wymaga skryptu, makra, wtyczki ani środowiska Pythona. Kwantyfikacja opiera się na zapisanych recepturach zamiast na kodzie: to kompromis — mniej elastyczny niż platforma programowalna, znacznie szybszy w dojściu do wyniku.

Jak przeszkolić resztę laboratorium?

Wyślij im link udostępnionego widoku wskazujący na prawdziwy preparat z twojej własnej pracy, razem z tą stroną. Otwarcie czegoś znajomego działa lepiej niż sztuczny plik szkoleniowy, a link sprawia, że zobaczą to samo pole widzenia co ty, a nie inny róg skanu.

Ucz się na własnych obrazach

Czternastodniowy okres próbny to pełny dostęp. Przejdź te przewodniki na preparatach, z którymi twoje laboratorium naprawdę pracuje, a nie na pliku przykładowym.

Rozpocznij okres próbny
obsługiwane formaty plikówInformacje o wydaniachAlternatywyZaufanie i przetwarzanie danych