Otwieraj pliki ZEISS CZI w SlideScope w Windows lub macOS bez wcześniejszej konwersji. Przeglądaj zapisane kanały i wymiary obrazu. Lokalne wyświetlanie nie przesyła obrazu na serwer.
Pobierz wersję dla swojego komputera Windows lub Mac i zainstaluj ją. Wbudowana biblioteka przykładów jest bezpłatna, ze wszystkimi narzędziami; własne obrazy otworzysz w ramach bezpłatnego okresu próbnego, który wymaga zatwierdzenia przez PayPal lub kartę przy płatności.
Otwórz SlideScope i przeciągnij plik .czi do przeglądarki.
Wybierz scenę lub pozycję, jeśli występuje, a następnie przejrzyj dostępne kanały, przekroje Z i punkty czasowe.
Przed pomiarem sprawdź rozmiar piksela w metadanych. Zachowaj plik źródłowy podczas eksportu.
Wielosceniczne pliki CZI: wyświetlanie każdej sceny i eksport do OME-TIFF
Plik CZI może zawierać kilka scen: dołki płytki, regiony kafelków lub regiony skanowania preparatu. SlideScope pokazuje każdą scenę osobno lub wszystkie razem i eksportuje do OME-TIFF oglądaną scenę albo wszystkie sceny. Film i poniższe kroki wykorzystują publiczny przykładowy plik z dwiema scenami.
Obejrzyj cały proces (1 min 41 s)
Otwieranie pliku CZI z dwiema scenami, przełączanie scen, XY Overview, kanały, Details, eksport jednej sceny i wszystkich scen oraz ponowne otwarcie pliku OME-TIFF. Narracja po angielsku; napisy we wszystkich językach witryny. Nagrano w SlideScope 1.8.56 w systemie Windows; wersja dla macOS ma te same elementy sterujące. Napisy i transkrypcję przetłumaczono z angielskiej narracji; nie zostały zweryfikowane przez profesjonalnego tłumacza.Transkrypcja
Plik CZI może zawierać kilka scen: dołki płytki, regiony kafelków lub skanowania. Oto jak obejrzeć każdą z nich i wyeksportować je jako OME-TIFF.
Plik CZI z dwiema scenami, otwarty bezpośrednio. Bez konwersji. Kontrolka Scene przechodzi od jednej sceny do następnej. Scena 2 to dołek D7. Scena 1 to dołek D6. XY Overview umieszcza każdą scenę tam, gdzie została zarejestrowana. Te dwa dołki dzieli 9 mm.
Połącz kanały w jeden widok. Wyłącz kanał, aby zobaczyć, co wnosi. Powiększ. Podziałka pozostaje skalibrowana. Details podaje rozmiar piksela, kanały i ustawienia akwizycji.
Aby wyeksportować, wybierz File, a potem Export Current Image as TIFF. Gdy oglądasz jedną scenę, eksportowana jest tylko ona. Przed startem widzisz rozmiar piksela, kanały i kompresję, które zostaną zapisane. Aby wyeksportować wszystkie sceny, najpierw włącz XY Overview. Wszystkie sceny trafiają do jednego pliku OME-TIFF. Każda jest w nim osobnym obrazem.
Otwórz wynik. Obie sceny są na miejscu, jako obraz 1 i obraz 2. Rozmiar piksela i nazwy kanałów zostały zachowane.
Bezpłatne konto pozwala otwierać i oglądać lokalne obrazy przed okresem próbnym. Eksport wymaga 3-dniowego okresu próbnego lub subskrypcji. Duży skan kafelkowy eksportuje się w rozdzielczości przeglądowej, nie w pełnej. To ta sama aplikacja w macOS i Windows. To nagranie powstało w systemie Windows.
Krok 1
Otwórz plik CZI
Wybierz File › Open File… (Ctrl+O w systemie Windows, ⌘O na Macu) lub przeciągnij plik .czi na okno. Pierwsza scena pojawia się od razu. Nic nie jest konwertowane, a plik nie jest nigdzie przesyłany.
Krok 2
Przechodź między scenami
Plik z kilkoma scenami pokazuje pod obrazem kontrolkę Scene. Użyj − i + lub wpisz numer. Każda scena zachowuje własny rozmiar i nazwę z pliku, np. dołka (D6, D7) lub regionu kafelków.
Krok 3
Zobacz wszystkie sceny w XY Overview
Kliknij XY Overview obok kontrolki Scene lub wybierz View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Każda scena jest rysowana tam, gdzie została zarejestrowana, łącznie z odstępami. Kliknij scenę, aby ją zaznaczyć, lub kliknij dwukrotnie, aby ją otworzyć. Sceny położone daleko od siebie, np. dołki oddalone o 9 mm, początkowo są małymi kafelkami: powiększ widok, aby je zobaczyć.
Krok 4
Sprawdź kanały, rozmiar piksela i metadane
W panelu Display zaznacz Blend channels into one view, aby uzyskać kolorowy obraz złożony, lub wyłącz pojedyncze kanały. Details podaje rozmiar piksela, wymiary, bieżącą scenę i jej rozmiar. Jasność, kontrast i kolory zmieniają tylko to, co widzisz, nigdy zapisanych pikseli.
Krok 5
Wybierz File › Export Current Image as TIFF
Wybierz File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Wskaż folder i nazwę; SlideScope proponuje nazwę kończącą się na .ome.tif.
Krok 6
Eksportuj jedną scenę lub wszystkie sceny
Gdy na ekranie jest pojedyncza scena, eksportowana jest tylko ona, pod nazwą np. sample_scene-2.ome.tif. Aby wyeksportować wszystkie sceny, najpierw włącz XY Overview: wszystkie sceny trafiają do jednego pliku OME-TIFF, każda jako osobny obraz we własnym rozmiarze. Zanim cokolwiek zostanie zapisane, okno potwierdzenia pokazuje rozmiar, rozmiar piksela, kanały i kompresję.
Krok 7
Otwórz wynik
Po zakończeniu eksportu kliknij Open Exported TIFF. SlideScope pokazuje każdą wyeksportowaną scenę jako obraz; przechodź między nimi kontrolką Image. Czytniki OME-TIFF obsługujące kilka obrazów w jednym pliku, np. Bio-Formats w Fiji, wyświetlają je jako osobne serie.
Co zawiera wyeksportowany plik OME-TIFF
Jeden plik. Eksport sceny widocznej na ekranie zapisuje jeden obraz; eksport z XY Overview zapisuje każdą scenę jako osobny obraz w tym samym pliku, każdy we własnym rozmiarze. Nie powstaje osobny plik dla każdej sceny.
Piksele są zapisywane bez zmian, z kompresją bezstratną (Deflate). Jasność, kontrast i gamma to ustawienia wyświetlania i nie są stosowane w eksporcie.
Rozmiar piksela w mikrometrach, krok Z, gdy jest stos Z, nazwy kanałów zapisane w CZI oraz kolory kanałów aktualnie ustawione w przeglądarce. Plik bez zapisanego rozmiaru piksela jest eksportowany bez niego; SlideScope nie wymyśla kalibracji.
Rozdzielczość: sceny mieszczące się w pamięci są eksportowane w pełnej rozdzielczości. Duży skan kafelkowy, np. region ze skanera preparatów, jest eksportowany w rozdzielczości przeglądowej. Potwierdzenie podaje proporcję, np. 1:8, a zapisany rozmiar piksela jest odpowiednio przeskalowany. Skan w pełnej rozdzielczości nadal można oglądać w SlideScope region po regionie.
Pojedynczy wyeksportowany obraz szerszy lub wyższy niż 4096 pikseli otrzymuje także poziomy piramidy o obniżonej rozdzielczości. Plik z kilkoma obrazami ich nie otrzymuje. Pliki większe niż 2 GiB są zapisywane jako BigTIFF.
Nie są kopiowane: pozostałe metadane akwizycji z CZI ani pozycje scen jako współrzędne stolika. Zachowaj oryginalny plik CZI jako plik archiwalny.
Czego potrzebujesz
Windows 10 lub 11 albo macOS 14 lub nowszy na Apple Silicon lub Intel. Przeglądaj bezpłatnie wbudowaną bibliotekę przykładów, ze wszystkimi narzędziami. Własne obrazy otworzysz w ramach bezpłatnego okresu próbnego (3 dni). Eksport wymaga 3-dniowego okresu próbnego lub subskrypcji (25,00 USD miesięcznie po okresie próbnym).
Jeśli coś wygląda nie tak
Widoczna jest tylko jedna scena
Między scenami można przechodzić, gdy mają ten sam typ piksela oraz te same kanały, płaszczyzny Z i punkty czasowe. Jeśli tak nie jest, SlideScope pokazuje pierwszą scenę i podaje przyczynę w Details. Jeśli nie tego się spodziewasz, wyślij nam plik.
Kolory różnią się od ZEN
Kolory kanałów pochodzą z pliku, jeśli są w nim zapisane. Zmień je w Display › Channel colour…; eksport zapisuje ustawione przez Ciebie kolory.
Eksport jest mniejszy niż skan
Duży skan kafelkowy jest eksportowany w rozdzielczości przeglądowej, a potwierdzenie informuje o tym, zanim cokolwiek zostanie zapisane. Skan w pełnej rozdzielczości nadal można oglądać w SlideScope.
Eksport prosi o rozpoczęcie okresu próbnego
Przeglądanie działa z bezpłatnym kontem. Eksport wymaga bezpłatnego okresu próbnego lub subskrypcji.
Przykład w filmie i na zrzutach ekranu: S2_3x3_CH2.czi z przykładowych danych czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), dwie sceny mozaiki 3 × 3 z DAPI i EGFP. Bez danych klientów.
Jak otworzyć pliki CZI
Narzędzie
Koszt
Platformy
Najlepsze do
ZEISS ZEN lite
Bezpłatny (do pobrania wymagany ZEISS ID)
Windows
Przeglądarka samego producenta, najbliższa oprogramowaniu akwizycyjnemu
Fiji / ImageJ z Bio-Formats
Bezpłatny, open source
Windows, macOS, Linux
Analiza z wtyczkami i makrami; każda scena jest importowana jako osobna seria
QuPath
Bezpłatny, open source
Windows, macOS, Linux
Projekty analizy obrazów całych preparatów (WSI) i skrypty
SlideScope
Bezpłatne przykłady ze wszystkimi narzędziami, 3-dniowy bezpłatny okres próbny dla własnych obrazów, potem subskrypcja od $25 miesięcznie
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon i Intel)
Przeglądanie, pomiary i adnotacje plików CZI obok CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM i TIFF, a pliki pozostają na Twoim komputerze
Pliki ZEISS CZI otworzysz w ZEN lite, bezpłatnej przeglądarce firmy ZEISS dla Windows; w Fiji lub QuPath, które są bezpłatne i odczytują CZI za pomocą Bio-Formats w systemach Windows, Mac i Linux; albo w SlideScope, przeglądarce desktopowej dla Windows i Maca z bezpłatnym okresem próbnym. Na Macach z Apple silicon Bio-Formats nie odczyta plików CZI skompresowanych w JPEG-XR. Poniższe kroki dotyczą SlideScope.
Plik CZI nie otwiera się w Fiji ani QuPath na Macu?
Według dokumentacji QuPath Bio-Formats obecnie nie obsługuje kompresji JPEG-XR na Apple silicon, a wiele plików CZI jest skompresowanych właśnie w JPEG-XR. Proponowane obejścia to konwersja pliku na innym komputerze lub przejście na wersję QuPath dla procesorów Intel. SlideScope nie korzysta z Bio-Formats przy plikach CZI: odczytuje je własnym, wbudowanym dekoderem JPEG XR zarówno w wersji dla Windows, jak i dla Maca.
Osoby oceniające potrzebują interfejsu desktopowego bez skryptów i konfiguracji wtyczek.
Przechodź między kanałami, płaszczyznami Z, punktami czasowymi i scenami, jeśli plik je zawiera, sprawdź rozmiar piksela w Details i mierz w skalibrowanych jednostkach.
Pomiary, notatki i regiony pozostają powiązane z preparatem i można je wyeksportować jako GeoJSON lub CSV.
Wybór według przepływu pracy
Rozważ SlideScope, gdy potrzebujesz jednej aplikacji desktopowej, która otwiera różne formaty mikroskopowe i mierzy standardowe obiekty na twoim własnym komputerze. Pozostań przy narzędziu źródłowym, jeśli potrzebujesz sterowania mikroskopem, programowalnego przetwarzania, skryptowanych potoków analizy lub instytucjonalnego zarządzania obrazami.
OMERO: Centralne repozytoria obrazów, uprawnienia, współpraca i zarządzanie danymi instytucji.
Pytania o pliki CZI
Czy można bezpłatnie otworzyć pliki CZI?
Tak. ZEN lite (Windows) oraz Fiji lub QuPath z Bio-Formats są bezpłatne. SlideScope można pobrać bezpłatnie. Wbudowana biblioteka przykładów jest bezpłatna i działa ze wszystkimi narzędziami, a własne obrazy otworzysz w ramach 3-dniowego bezpłatnego okresu próbnego (wymagany PayPal lub karta); po zakończeniu okresu próbnego korzystanie wymaga subskrypcji.
Otwieranie CZI na Macu
Używaj macOS 14 lub nowszego. Wybierz wersję Apple Silicon lub Intel odpowiednią dla Maca i przed otwarciem skopiuj plik na dysk lokalny.
Gdy plik się nie otwiera
Sprawdź, czy kopiowanie zostało zakończone. Jeśli problem trwa, podaj pomocy technicznej wersję aplikacji, format pliku i komunikat błędu.
Dla kogo jest przeznaczony?
Dla laboratoriów badawczych, pracowni mikroskopowych, dydaktyków, studentów i zespołów przeglądających obrazy patologiczne.
SlideScope jest niezależny i nie jest powiązany z Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari ani OMERO. Nazwy służą wyłącznie rzetelnemu porównaniu.
Pobierz SlideScope
Przeglądaj całe preparaty, kanały fluorescencji i stosy obrazów w jednym przejrzystym środowisku pracy dla Windows i macOS.
