Що охоплює це відео
Файл ZEISS .czi може містити кілька сцен: лунки планшета, ділянки мозаїки або ділянки сканування слайда. У цьому покроковому відео багатосценний CZI із двома сценами відкривається в SlideScope, ми переходимо між сценами й за допомогою XY Overview показуємо, де було записано кожну з них.
Потім перевіряємо канали й розмір пікселя, експортуємо одну сцену або всі сцени в OME-TIFF і знову відкриваємо результат. Експортовані файли зберігають розмір пікселя й назви каналів, тож Fiji, QuPath та інші програми з Bio-Formats відкривають їх правильно.
Вам зручніше читати? Як відкрити файли CZI, зокрема багатосценні.
Транскрипт
Оновлено після запису. Там, де в озвученні згадується пробний період для експорту: пробний період з озвучення більше не пропонується новим користувачам, а названі ціни змінилися: вбудована бібліотека зразків безкоштовна з усіма інструментами, а щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата, оплата стягується під час оформлення передплати через PayPal або картку. Актуальні ціни наведено на сторінці цін. Див. ціни.
Файл CZI може містити кілька сцен: лунки планшета, ділянки мозаїки або ділянки сканування.
Ось як переглянути кожну з них і експортувати їх як OME-TIFF.
CZI із двома сценами, відкритий напряму. Без конвертування.
Елемент керування Scene переходить від однієї сцени до наступної.
Сцена 2 — це лунка D7. Сцена 1 — лунка D6.
XY Overview розміщує кожну сцену там, де її було записано.
Ці дві лунки розташовані на відстані 9 mm одна від одної.
Змішайте канали в одне зображення (Blend channels into one view).
Вимкніть канал, щоб побачити, що він додає.
Збільшіть масштаб. Масштабна лінійка залишається каліброваною.
Details показує розмір пікселя, канали й параметри отримання зображення.
Щоб експортувати, виберіть File, а потім Export Current Image as TIFF.
Поки ви переглядаєте одну сцену, експортується лише вона.
Перед початком ви бачите розмір пікселя, канали та стиснення, які буде записано.
Щоб експортувати всі сцени, спершу ввімкніть XY Overview.
Усі сцени потрапляють в один файл OME-TIFF. Кожна сцена — окреме зображення в ньому.
Відкрийте результат. Обидві сцени на місці, як зображення 1 і зображення 2.
Розмір пікселя й назви каналів збереглися.
Безкоштовний обліковий запис дає змогу відкривати й переглядати локальні зображення ще до будь-якого пробного періоду.
Для експорту потрібен 3-денний пробний період або передплата.
Велике мозаїчне сканування експортується з роздільною здатністю огляду, а не як повне сканування.
Це та сама програма в macOS і Windows. Це відео записано у Windows.