Опануйте SlideScope

Від встановлення до справжніх результатів

Кожен посібник нижче — це завдання, яке комусь справді треба довести до кінця, з чесною оцінкою часу і трьома кроками. Почніть зі стартового шляху, якщо SlideScope для вас новий, або одразу переходьте до роботи, що перед вами.

Почати пробний періодЗавантаження і пробний період
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Почніть звідси

Близько десяти хвилин, один раз. Пройдіть по порядку — і решта цієї сторінки стане на свої місця.

  1. Встановіть і активуйте

    Завантажте підписану збірку для Windows або macOS і увійдіть тим обліковим записом, який використовували для пробного періоду чи передплати. Активація прив’язується до пристрою, а одна передплата покриває два пристрої, тож ноутбук і робоча станція можуть залишатися в системі водночас.

  2. Відкрийте перший препарат

    Перетягніть файл CZI, ND2, SVS, NDPI, DICOM або TIFF у вікно. Немає ні кроку імпорту, ні конвертації: SlideScope читає піраміду сканера напряму, тож гігапіксельний препарат відкривається на звичайному ноутбуці.

  3. Зорієнтуйтеся

    Прокручування — масштаб, перетягування — переміщення, а оглядовий навігатор дає змогу стрибати по препарату, не гублячи місце. Загляньте в панель метаданих раніше: записаний там розмір пікселя і робить кожне подальше вимірювання каліброваним, а не приблизним.

Посібники за завданнями

Оберіть той, що збігається з тим, що ви намагаєтеся зробити сьогодні.

Порахувати ядра на флуоресцентному зображенні

6 хв
  1. Відкрийте зображення та виділіть ділянку для підрахунку. Рахувати ділянку, а не весь препарат, швидше, і результат лишається на тій тканині, яка вам важлива.
  2. У панелі кількісного аналізу оберіть «Ядра», рушій InstanSeg і вкажіть каналом сегментації ваш DAPI або ядерне забарвлення. На першому проході не чіпайте розширені налаштування.
  3. Запустіть і спершу прочитайте накладення, а вже потім число. Клацніть на будь-якому об’єкті, що виглядає хибно, і виключіть його, потім вивантажте CSV разом зі зведенням методів.

Виміряти структуру в мікрометрах

4 хв
  1. Переконайтеся, що панель метаданих показує розмір пікселя. Якщо сканер його записав, вимірювання виходять у справжніх мікрометрах; якщо ні — відкалібруйте вручну, перш ніж щось міряти.
  2. Оберіть інструмент вимірювання та проведіть по структурі. Відстані й площі рахуються в повній роздільності препарату, а не на тому масштабі, на якому ви дивитесь.
  3. Збережіть вимірювання, щоб воно лишилося прив’язаним до препарату, а згодом вивантажте таблицю в CSV або ділянки в GeoJSON, коли вони знадобляться деінде.

Порівняти ГЕ з відповідним ІГХ

5 хв
  1. Відкрийте перший препарат, потім другий поруч. Обидві панелі тримаються тієї самої ділянки тканини за однакового збільшення.
  2. Масштаб зводиться в мікрометрах, а не за коефіцієнтом масштабування, тож два скани з різною роздільністю справді відповідають один одному. Зсуньте або наблизьте одну панель — друга піде слідом.
  3. Анотуйте там, де це має сенс. Нотатки лишаються при своєму препараті та при вашому обліковому записі, тож наступний рецензент їх побачить.

Порахувати цілу теку за один прохід

8 хв
  1. Спершу доведіть до ладу одне зображення. Налаштуйте тип об’єктів, рушій, канал і межі площі на одному показовому зображенні, доки накладення не стане правильним.
  2. Збережіть ці налаштування як рецепт і дайте назву, яку впізнаєте за три місяці.
  3. Оберіть пакет за текою, вкажіть каталог і дайте відпрацювати. Ви отримаєте вивантаження для кожного зображення плюс зведений CSV по пакету, причому всі зображення оброблено однаковими налаштуваннями.

Поділитися саме тим виглядом, який ви бачите

3 хв
  1. Перейдіть до того поля зору, яке має побачити співрозмовник, за того збільшення й плану, за яких ви хочете це показати.
  2. Створіть посилання на спільний вигляд. Воно несе препарат разом із позицією, масштабом і планом, тож шукати по гігапіксельному скану нікому не доведеться.
  3. Надішліть його. У кого встановлено SlideScope, відкриє одним клацанням через схему slidescope://; у кого немає — спершу побачить на сайті, на що посилання вказує.

Довідка

Тримайте це відкритим у вкладці під час роботи.

Кількісний аналізпідтримувані формати файлівДовіра та обробка данихКонтактиПримітки до випусків

Поширені запитання

Я цілком новачок. З чого почати?

Пройдіть три стартові кроки по порядку, потім посібник із вимірювання. Ці чотири речі покривають більшість того, що потрібно новому користувачеві в перший тиждень. Посібник із підрахунку варто пройти наступним, навіть якщо здається, що кількісний аналіз поки не потрібен: це найшвидший спосіб зрозуміти, як SlideScope поводиться з калібруванням.

Чи треба вчитися програмувати?

Ні. Ніщо на цій сторінці не потребує скрипта, макроса, плагіна чи середовища Python. Кількісний аналіз ведеться збереженими рецептами, а не кодом: це і є компроміс — гнучкості менше, ніж у програмованої платформи, зате до результату значно швидше.

Як навчити решту лабораторії?

Надішліть їм посилання на спільний вигляд, що вказує на справжній препарат із вашої власної роботи, разом із цією сторінкою. Відкрити знайоме краще за штучний навчальний файл, а посилання гарантує, що вони побачать те саме поле зору, що й ви, а не інший куток скана.

Навчайтеся на власних зображеннях

14-денна пробна версія дає повний доступ. Пройдіть ці посібники на тих препаратах, з якими ваша лабораторія справді має справу, а не на демонстраційному файлі.

Почати пробний період
підтримувані формати файлівПримітки до випусківАльтернативиДовіра та обробка даних