Відкривайте файли ZEISS CZI у SlideScope на Windows або macOS без попереднього перетворення. Переглядайте збережені канали та виміри даних. Локальний перегляд не завантажує зображення на сервер.
Завантажте версію для свого комп’ютера Windows або Mac і встановіть її. Вбудована бібліотека зразків безкоштовна, з усіма інструментами; власні зображення відкриваються в безкоштовному пробному періоді, для якого під час оплати потрібне підтвердження через PayPal або картку.
Відкрийте SlideScope і перетягніть файл .czi у вікно перегляду.
Виберіть сцену або позицію, якщо вони є, та перегляньте доступні канали, Z-зрізи й часові точки.
Перед вимірюванням перевірте розмір пікселя в метаданих. Зберігайте вихідний файл під час експорту.
Багатосценові файли CZI: перегляд кожної сцени та експорт в OME-TIFF
Файл CZI може містити кілька сцен: лунки планшета, області мозаїки або області сканування препарату. SlideScope показує кожну сцену окремо або всі разом і експортує в OME-TIFF сцену, яку ви переглядаєте, або всі сцени. У відео та кроках нижче використано загальнодоступний приклад файлу з двома сценами.
Увесь процес на відео (1 хв 41 с)
Відкриття CZI з двома сценами, перемикання сцен, XY Overview, канали, Details, експорт однієї сцени та всіх сцен, повторне відкриття OME-TIFF. Озвучення англійською; субтитри всіма мовами сайту. Записано в SlideScope 1.8.56 у Windows; у версії для macOS ті самі елементи керування. Субтитри та розшифровку перекладено з англійського озвучення; професійну вичитку не проводили.Розшифровка
Файл CZI може містити кілька сцен: лунки планшета, області мозаїки або сканування. Ось як переглянути кожну з них і експортувати в OME-TIFF.
CZI з двома сценами, відкритий напряму. Без конвертації. Елемент Scene перемикає з однієї сцени на наступну. Сцена 2 — це лунка D7. Сцена 1 — лунка D6. XY Overview розміщує кожну сцену там, де її записано. Ці дві лунки розташовані на відстані 9 mm.
Поєднайте канали в одне зображення. Вимкніть канал, щоб побачити його внесок. Збільште масштаб. Масштабна лінійка лишається каліброваною. Details показує розмір пікселя, канали та параметри знімання.
Для експорту виберіть File, потім Export Current Image as TIFF. Поки ви переглядаєте одну сцену, експортується лише вона. Перед початком ви бачите розмір пікселя, канали та стиснення, які буде записано. Щоб експортувати всі сцени, спершу увімкніть XY Overview. Усі сцени потрапляють в один файл OME-TIFF. Кожна сцена — окреме зображення в ньому.
Відкрийте результат. Обидві сцени на місці: зображення 1 і зображення 2. Розмір пікселя та назви каналів збереглися.
Безкоштовний обліковий запис дає змогу відкривати й переглядати локальні зображення до пробного періоду. Для експорту потрібен 3-денний пробний період або передплата. Велике мозаїчне сканування експортується в оглядовій, а не повній роздільній здатності. Це той самий застосунок у macOS і Windows. Це відео записано у Windows.
Крок 1
Відкрийте файл CZI
Виберіть File › Open File… (Ctrl+O у Windows, ⌘O на Mac) або перетягніть файл .czi у вікно. Перша сцена з’являється одразу. Нічого не конвертується, і файл нікуди не завантажується.
Крок 2
Перемикайте сцени
Якщо у файлі кілька сцен, під зображенням з’являється елемент Scene. Натискайте − і + або введіть номер. Кожна сцена зберігає власний розмір і назву з файлу, наприклад лунка (D6, D7) або область мозаїки.
Крок 3
Усі сцени в XY Overview
Натисніть XY Overview поруч з елементом Scene або виберіть View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Кожну сцену відображено там, де її записано, разом із проміжками. Клацніть сцену, щоб вибрати її, і двічі клацніть, щоб відкрити. Віддалені сцени, наприклад лунки на відстані 9 mm одна від одної, спершу мають вигляд маленьких плиток: збільште масштаб, щоб їх роздивитися.
Крок 4
Перевірте канали, розмір пікселя та метадані
На панелі Display увімкніть Blend channels into one view, щоб отримати кольорове поєднане зображення, або вимкніть окремі канали. Details показує розмір пікселя, розміри, поточну сцену та її розмір. Яскравість, контраст і кольори змінюють лише те, що ви бачите, але ніколи не збережені пікселі.
Крок 5
Виберіть File › Export Current Image as TIFF
Виберіть File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Укажіть папку та назву; SlideScope пропонує назву, що закінчується на .ome.tif.
Крок 6
Експортуйте одну сцену або всі сцени
Поки на екрані одна сцена, експортується лише вона, з назвою на кшталт sample_scene-2.ome.tif. Щоб експортувати всі сцени, спершу увімкніть XY Overview: усі сцени потрапляють в один файл OME-TIFF, кожна як окреме зображення власного розміру. Перед записом вікно підтвердження показує розмір, розмір пікселя, канали та стиснення.
Крок 7
Відкрийте результат
Коли експорт завершиться, натисніть Open Exported TIFF. SlideScope показує кожну експортовану сцену як зображення; перемикайтеся між ними елементом Image. Програми читання OME-TIFF, що підтримують кілька зображень у файлі, наприклад Bio-Formats у Fiji, показують їх як окремі серії.
Що містить експортований OME-TIFF
Один файл. Експорт сцени на екрані записує одне зображення; експорт з XY Overview записує кожну сцену як окреме зображення в тому самому файлі, кожне власного розміру. Окремий файл для кожної сцени не створюється.
Пікселі записуються без змін, зі стисненням без втрат (Deflate). Яскравість, контраст і гамма — це налаштування відображення, і до експорту вони не застосовуються.
Розмір пікселя в мікрометрах, крок за Z за наявності Z-стека, назви каналів, записані в CZI, і кольори каналів, наразі задані в програмі. Файл без записаного розміру пікселя експортується без нього; SlideScope не вигадує калібрування.
Роздільна здатність: сцени, що вміщуються в пам’ять, експортуються в повній роздільній здатності. Велике мозаїчне сканування, наприклад область слайд-сканера, експортується в оглядовій роздільній здатності. У підтвердженні вказано співвідношення, наприклад 1:8, а записаний розмір пікселя масштабується відповідно. Сканування в повній роздільній здатності й надалі можна переглядати в SlideScope за областями.
Окреме експортоване зображення шириною або висотою понад 4096 пікселів також отримує рівні піраміди зниженої роздільної здатності. Файл із кількома зображеннями їх не отримує. Файли понад 2 GiB записуються як BigTIFF.
Не копіюються: решта метаданих знімання з CZI і положення сцен у вигляді координат столика. Зберігайте оригінальний CZI як архівний файл.
Що потрібно
Windows 10 або 11 чи macOS 14 або новіша на Apple Silicon або Intel. Досліджуйте вбудовану бібліотеку зразків безкоштовно, з усіма інструментами. Власні зображення відкриваються в безкоштовному пробному періоді на 3 дн. Для експорту потрібен пробний період (3 дн.) або передплата (25,00 USD на місяць після пробного періоду).
Якщо щось виглядає не так
Видно лише одну сцену
Перемикатися між сценами можна, якщо в них однаковий тип пікселя та ті самі канали, Z-площини й часові точки. Якщо ні, SlideScope показує першу сцену й пояснює причину в Details. Якщо ви очікували іншого, надішліть нам файл.
Кольори відрізняються від ZEN
Кольори каналів беруться з файлу, якщо він їх містить. Змініть їх у Display › Channel colour…; під час експорту записуються задані вами кольори.
Експорт менший за сканування
Велике мозаїчне сканування експортується в оглядовій роздільній здатності, і підтвердження повідомляє про це до початку запису. Сканування в повній роздільній здатності й надалі можна переглядати в SlideScope.
Для експорту пропонують почати пробний період
Перегляд доступний із безкоштовним обліковим записом. Для експорту потрібен безкоштовний пробний період або передплата.
Приклад у відео та на знімках екрана: S2_3x3_CH2.czi із прикладів даних czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), дві сцени мозаїки 3 × 3 з DAPI та EGFP. Дані клієнтів не використано.
Чим відкрити файли CZI
Програма
Вартість
Платформи
Підходить для
ZEISS ZEN lite
Безкоштовно (для завантаження потрібен ZEISS ID)
Windows
Власна програма виробника, найближча до ПЗ для зйомки
Fiji / ImageJ з Bio-Formats
Безкоштовно, відкритий код
Windows, macOS, Linux
Аналіз із плагінами та макросами; кожна сцена імпортується як окрема серія
QuPath
Безкоштовно, відкритий код
Windows, macOS, Linux
Проєкти аналізу повнослайдових зображень і написання скриптів
SlideScope
Безкоштовні зразки з усіма інструментами, безкоштовний пробний період (3 дн.) для власних зображень, далі передплата від $25 на місяць
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon та Intel)
Перегляд, вимірювання та анотування файлів CZI поряд із CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM і TIFF; файли залишаються на вашому комп’ютері
Файли ZEISS CZI можна відкрити в ZEN lite — безкоштовній програмі перегляду від ZEISS для Windows; у Fiji або QuPath, які безкоштовні та читають CZI через Bio-Formats у Windows, на Mac і в Linux; або в SlideScope — настільній програмі перегляду для Windows і Mac із безкоштовним пробним періодом. На Mac з Apple silicon Bio-Formats не може читати файли CZI зі стисненням JPEG-XR. У кроках нижче використано SlideScope.
Файл CZI не відкривається у Fiji чи QuPath на Mac?
У документації QuPath зазначено, що Bio-Formats наразі не підтримує стиснення JPEG-XR на Apple silicon, а багато файлів CZI стиснуті саме в JPEG-XR. Як обхідні шляхи там пропонують конвертувати файл на іншому комп’ютері або перейти на версію QuPath для Intel. SlideScope не використовує Bio-Formats для CZI: він читає CZI власним вбудованим декодером JPEG XR як у версії для Windows, так і у версії для Mac.
Рецензентам потрібен настільний інтерфейс без скриптів і плагінів.
Перемикайтеся між каналами, Z-площинами, часовими точками й сценами, якщо вони є у файлі, перевірте розмір пікселя в Details і вимірюйте в каліброваних одиницях.
Вимірювання, нотатки й області лишаються прив’язаними до препарату та експортуються в GeoJSON або CSV.
Вибір за робочим процесом
Оцініть SlideScope, якщо вам потрібна одна настільна програма, яка відкриває різні формати та рахує стандартні об’єкти на вашому власному комп’ютері. Залишайте оригінальний інструмент для керування мікроскопом, програмованої обробки, скриптових конвеєрів аналізу або інституційного керування зображеннями.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Розширювана обробка, макроси, плагіни, скрипти, сегментація, аналіз патології та наукові процеси Python.
OMERO: Централізовані сховища зображень, дозволи, співпраця та інституційне керування даними.
Запитання про файли CZI
Чи можна відкрити файли CZI безкоштовно?
Так. ZEN lite (Windows), а також Fiji або QuPath з Bio-Formats безкоштовні. SlideScope можна завантажити безкоштовно: вбудована бібліотека зразків доступна безкоштовно, з усіма інструментами, а власні зображення відкриваються в безкоштовному пробному періоді (3 дн.; потрібен PayPal або картка); після пробного періоду програма працює за передплатою.
Відкриття CZI на Mac
Використовуйте macOS 14 або новішу. Виберіть версію Apple Silicon або Intel для свого Mac і скопіюйте файл на локальний диск перед відкриттям.
Якщо файл не відкривається
Переконайтеся, що копіювання завершене. Якщо помилка залишається, повідомте підтримці версію застосунку, формат файлу та текст помилки.
Для кого призначено SlideScope?
Для дослідних лабораторій, центрів мікроскопії, викладачів, студентів і команд, які переглядають патологічні зображення.
SlideScope є незалежним продуктом і не пов’язаний з Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari або OMERO. Назви використано лише для фактичного порівняння.
Завантажити SlideScope
Досліджуйте цілі препарати, канали флуоресценції та стеки зображень в одному зручному робочому просторі для Windows і macOS.
