Darum geht es in diesem Video
Eine ZEISS-.czi-Datei kann mehrere Szenen enthalten: die Wells einer Platte, Kachelbereiche oder die Scanbereiche eines Objektträgers. Diese Anleitung öffnet eine CZI mit zwei Szenen in SlideScope, geht jede Szene durch und zeigt mit XY Overview, wo jede aufgenommen wurde.
Anschließend prüft sie Kanäle und Pixelgröße, exportiert eine Szene oder alle Szenen als OME-TIFF und öffnet das Ergebnis erneut. Die exportierten Dateien behalten Pixelgröße und Kanalnamen, sodass Fiji, QuPath und andere Bio-Formats-Reader sie korrekt öffnen.
Lieber lesen? So öffnen Sie CZI-Dateien, auch solche mit mehreren Szenen.
Transkript
Seit der Aufnahme aktualisiert. Wo im Video eine Testversion für den Export erwähnt wird: Die im Video erwähnte Testversion wird neuen Anmeldungen nicht mehr angeboten, und die genannten Preise haben sich geändert: Die mitgelieferte Beispielbibliothek ist mit allen Werkzeugen kostenlos, und zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement, abgerechnet bei Abschluss per PayPal oder Karte. Die aktuellen Preise stehen auf der Preisseite. Siehe Preise.
Eine CZI-Datei kann mehrere Szenen enthalten: Wells einer Platte, Kachelbereiche oder Scanbereiche.
So sehen Sie jede davon an und exportieren sie als OME-TIFF.
Eine CZI mit zwei Szenen, direkt geöffnet. Ohne Konvertierung.
Das Scene-Steuerelement schaltet von einer Szene zur nächsten.
Szene 2 ist Well D7. Szene 1 ist Well D6.
XY Overview platziert jede Szene dort, wo sie aufgenommen wurde.
Diese beiden Wells liegen 9 mm auseinander.
Überlagern Sie die Kanäle in einer Ansicht.
Schalten Sie einen Kanal aus, um zu sehen, was er beiträgt.
Hineinzoomen. Der Maßstabsbalken bleibt kalibriert.
Details zeigt Pixelgröße, Kanäle und Aufnahmeeinstellungen.
Zum Exportieren wählen Sie File und dann Export Current Image as TIFF.
Solange Sie eine Szene ansehen, wird nur diese Szene exportiert.
Vor dem Start sehen Sie, welche Pixelgröße, Kanäle und Komprimierung geschrieben werden.
Um alle Szenen zu exportieren, schalten Sie zuerst XY Overview ein.
Alle Szenen landen in einer OME-TIFF-Datei. Jede Szene ist darin ein eigenes Bild.
Öffnen Sie das Ergebnis. Beide Szenen sind da, als Bild 1 und Bild 2.
Pixelgröße und Kanalnamen sind erhalten geblieben.
Mit einem kostenlosen Konto können Sie lokale Bilder vor jeder Testversion öffnen und ansehen.
Der Export erfordert die 3-tägige Testversion oder ein Abonnement.
Ein großer gekachelter Scan wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert, nicht als vollständiger Scan.
Es ist dieselbe App unter macOS und Windows. Diese Aufnahmen wurden unter Windows erstellt.