SlideScope öffnet Zeiss-CZI-Dateien nativ unter macOS 14 oder neuer, auf Macs mit Apple Silicon und Intel: jede Szene, jeden Kanal, jede Z-Ebene und jeden Zeitpunkt, mit der in der Datei hinterlegten Pixelgröße. Es exportiert die gerade angezeigte Szene oder alle Szenen in eine OME-TIFF-Datei. ZEN lite, der kostenlose Viewer von ZEISS, läuft nur unter Windows. Sie nutzen Windows? Siehe so öffnen Sie CZI-Dateien unter Windows und Mac.
Szenen, Kanäle, Z und ZeitOME-TIFF-ExportApple Silicon und Intel
SlideScope auf Ihren Mac holen
Laden Sie die macOS-Version herunter, die zu Ihrem Mac passt: Apple Silicon (M-Serie) oder Intel. Die Download-Seite empfiehlt die richtige.
Öffnen Sie die DMG-Datei und ziehen Sie SlideScope in den Ordner „Programme“. Die Installationsanleitung für macOS zeigt jeden Schritt mit Screenshots, auch was zu tun ist, wenn macOS Sie beim ersten Öffnen um eine Bestätigung bittet.
Öffnen Sie ein Beispiel aus der mitgelieferten Bibliothek oder Ihr eigenes Präparat. Erkunden Sie die mitgelieferte Beispielbibliothek kostenlos und mit allen Werkzeugen. Zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement. Das Abonnement beginnt erst, wenn Sie es an der Kasse auswählen.
CZI-Dateien mit mehreren Szenen: jede Szene ansehen und als OME-TIFF exportieren
Eine CZI-Datei kann mehrere Szenen enthalten: die Wells einer Platte, Kachelregionen oder die Scanregionen eines Präparats. SlideScope zeigt jede Szene einzeln oder alle zusammen und exportiert die angezeigte Szene oder alle Szenen nach OME-TIFF. Das Video und die folgenden Schritte verwenden eine öffentliche Beispieldatei mit zwei Szenen.
Den gesamten Ablauf ansehen (1 min 41 s)
Eine CZI-Datei mit zwei Szenen öffnen, Szenen wechseln, XY Overview, Kanäle, Details, eine Szene und alle Szenen exportieren und das OME-TIFF wieder öffnen. Kommentar auf Englisch; Untertitel in allen Sprachen der Website. Aufgenommen mit SlideScope 1.8.56 unter Windows; die macOS-Version hat dieselben Bedienelemente. Seit der Aufnahme aktualisiert: Zum Öffnen und Exportieren Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie jetzt ein Abonnement. Die mitgelieferten Beispiele bleiben mit allen Werkzeugen kostenlos.Transkript
Eine CZI-Datei kann mehrere Szenen enthalten: Wells einer Platte, Kachelregionen oder Scanregionen. So sehen Sie jede davon an und exportieren sie als OME-TIFF.
Eine CZI-Datei mit zwei Szenen, direkt geöffnet. Ohne Konvertierung. Der Regler „Scene“ wechselt von einer Szene zur nächsten. Szene 2 ist Well D7. Szene 1 ist Well D6. Die XY Overview zeigt jede Szene an der Stelle, an der sie aufgenommen wurde. Diese beiden Wells liegen 9 mm auseinander.
Überlagern Sie die Kanäle in einer Ansicht. Schalten Sie einen Kanal aus, um zu sehen, was er beiträgt. Zoomen Sie hinein. Der Maßstabsbalken bleibt kalibriert. „Details“ führt Pixelgröße, Kanäle und Aufnahmeeinstellungen auf.
Zum Exportieren wählen Sie File und dann Export Current Image as TIFF. Solange Sie eine Szene ansehen, wird nur diese Szene exportiert. Bevor es losgeht, sehen Sie Pixelgröße, Kanäle und Kompression, die geschrieben werden. Um alle Szenen zu exportieren, schalten Sie zuerst XY Overview ein. Alle Szenen kommen in eine OME-TIFF-Datei. Jede Szene ist darin ein eigenes Bild.
Öffnen Sie das Ergebnis. Beide Szenen sind da, als Bild 1 und Bild 2. Pixelgröße und Kanalnamen sind erhalten geblieben.
Mit einem kostenlosen Konto können Sie lokale Bilder vor jeder Testphase öffnen und ansehen. Für den Export brauchen Sie die 3-tägige Testversion oder ein Abonnement. Ein großer gekachelter Scan wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert, nicht als vollständiger Scan. Unter macOS und Windows ist es dieselbe App. Diese Aufnahmen wurden unter Windows erstellt.
Schritt 1
Die CZI-Datei öffnen
Wählen Sie File › Open File… (Strg+O unter Windows, ⌘O auf dem Mac) oder ziehen Sie die .czi-Datei auf das Fenster. Die erste Szene erscheint sofort. Es wird nichts konvertiert, und die Datei wird nicht hochgeladen.
Schritt 2
Durch die Szenen wechseln
Bei einer Datei mit mehreren Szenen erscheint unter dem Bild ein Regler Scene. Verwenden Sie − und + oder geben Sie eine Zahl ein. Jede Szene behält ihre eigene Größe und ihren Namen aus der Datei, etwa ein Well (D6, D7) oder eine Kachelregion.
Schritt 3
Alle Szenen in der XY Overview sehen
Klicken Sie neben dem Scene-Regler auf XY Overview oder wählen Sie View › XY Overview (Strg+Umschalt+X). Jede Szene wird an der Stelle gezeichnet, an der sie aufgenommen wurde, einschließlich der Lücken. Klicken Sie auf eine Szene, um sie auszuwählen, und doppelklicken Sie, um sie zu öffnen. Szenen, die weit auseinanderliegen, etwa Wells im Abstand von 9 mm, erscheinen zunächst als kleine Kacheln: Zoomen Sie hinein, um sie zu sehen.
Schritt 4
Kanäle, Pixelgröße und Metadaten prüfen
Aktivieren Sie unter Display die Option Blend channels into one view für ein Farbkomposit, oder schalten Sie einzelne Kanäle aus. Details führt Pixelgröße, Abmessungen, die aktuelle Szene und deren Größe auf. Helligkeit, Kontrast und Farben ändern nur, was Sie sehen, nie die gespeicherten Pixel.
Schritt 5
File › Export Current Image as TIFF wählen
Wählen Sie File › Export Current Image as TIFF… (Strg+Umschalt+C). Wählen Sie einen Ordner und einen Namen; SlideScope schlägt einen Namen vor, der auf .ome.tif endet.
Schritt 6
Eine Szene oder alle Szenen exportieren
Solange eine einzelne Szene auf dem Bildschirm ist, wird nur diese Szene exportiert, mit einem Namen wie sample_scene-2.ome.tif. Um alle Szenen zu exportieren, schalten Sie zuerst XY Overview ein: Alle Szenen kommen in eine OME-TIFF-Datei, jede als eigenes Bild in ihrer eigenen Größe. Bevor etwas geschrieben wird, zeigt eine Bestätigung Größe, Pixelgröße, Kanäle und Kompression.
Schritt 7
Das Ergebnis öffnen
Klicken Sie nach Abschluss des Exports auf Open Exported TIFF. SlideScope zeigt jede exportierte Szene als Bild; mit dem Regler Image wechseln Sie zwischen ihnen. OME-TIFF-Reader, die mehrere Bilder pro Datei unterstützen, wie Bio-Formats in Fiji, führen sie als separate Serien auf.
Was das exportierte OME-TIFF enthält
Eine Datei. Der Export der angezeigten Szene schreibt ein Bild; der Export aus der XY Overview schreibt jede Szene als separates Bild in dieselbe Datei, jedes in seiner eigenen Größe. Es wird nicht eine Datei pro Szene erstellt.
Die Pixel werden unverändert geschrieben, mit verlustfreier Kompression (Deflate). Helligkeit, Kontrast und Gamma sind Anzeigeeinstellungen und werden nicht auf den Export angewendet.
Pixelgröße in Mikrometern, die Z-Schrittweite bei einem Z-Stapel, die in der CZI-Datei hinterlegten Kanalnamen und die aktuell im Viewer eingestellten Kanalfarben. Eine Datei ohne hinterlegte Pixelgröße wird ohne Pixelgröße exportiert; SlideScope erfindet keine Kalibrierung.
Auflösung: Szenen, die in den Arbeitsspeicher passen, werden in voller Auflösung exportiert. Ein großer gekachelter Scan, etwa die Region eines Slide-Scanners, wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert. Die Bestätigung nennt das Verhältnis, zum Beispiel 1:8, und die hinterlegte Pixelgröße wird entsprechend skaliert. Der Scan in voller Auflösung bleibt in SlideScope Region für Region einsehbar.
Ein einzelnes exportiertes Bild, das breiter oder höher als 4.096 Pixel ist, erhält zusätzlich Pyramidenebenen mit reduzierter Auflösung. Eine Datei mit mehreren Bildern nicht. Dateien über 2 GiB werden als BigTIFF geschrieben.
Nicht übernommen werden: die übrigen Aufnahme-Metadaten der CZI-Datei und die Szenenpositionen als Tischkoordinaten. Bewahren Sie die Original-CZI-Datei als Archivdatei auf.
Was Sie brauchen
Windows 10 oder 11 oder macOS 14 oder neuer auf Apple Silicon oder Intel. Erkunden Sie die mitgelieferte Beispielbibliothek kostenlos und mit allen Werkzeugen. Zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement. Das Abonnement kostet $35.00 pro Monat und schließt den Export ein.
Wenn etwas nicht stimmt
Es erscheint nur eine Szene
Szenen lassen sich durchschalten, wenn sie denselben Pixeltyp und dieselben Kanäle, Z-Ebenen und Zeitpunkte haben. Ist das nicht der Fall, zeigt SlideScope die erste Szene und erklärt unter Details, warum. Wenn das nicht Ihren Erwartungen entspricht, senden Sie uns die Datei.
Die Farben weichen von ZEN ab
Die Kanalfarben stammen aus der Datei, sofern sie dort hinterlegt sind. Ändern Sie sie unter Display › Channel colour…; der Export übernimmt die von Ihnen eingestellten Farben.
Der Export ist kleiner als der Scan
Ein großer gekachelter Scan wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert, und die Bestätigung weist darauf hin, bevor etwas geschrieben wird. Der Scan in voller Auflösung bleibt in SlideScope einsehbar.
Der Export fordert Sie zum Abonnieren auf
Mit den mitgelieferten Beispielen funktioniert jedes Werkzeug kostenlos, einschließlich Export. Für den Export Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement.
Beispiel in Video und Screenshots: S2_3x3_CH2.czi aus den Beispieldaten von czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), zwei Szenen eines 3 × 3-Mosaiks mit DAPI und EGFP. Keine Kundendaten.
Wie gründlich die CZI-Unterstützung getestet ist
In unserem veröffentlichten Formattest vom 2026-09-18 ließen sich alle 48 von 48 CZI-Dateien öffnen, mit bis zu 8 Kanälen, 56 Z-Ebenen und 10 Zeitpunkten; die größte hatte 4,5 GB. Es ist unser eigener Test der ausgelieferten Loader, veröffentlicht mit seinen Rohdaten, keine unabhängige Zertifizierung, und die Beispieldateien decken nicht jede gebräuchliche CZI-Variante ab. Öffentliche Testdateien umfassen Wellplatten und Kachelregionen mit mehreren Szenen, aber keine Slide-Scanner-CZI mit mehreren Szenen, sodass dieser Fall weniger abgedeckt ist. Siehe den Format-Benchmark und die Kompatibilitätsübersicht.
Weitere Möglichkeiten, CZI auf dem Mac zu öffnen
Werkzeug
Geeignet für
Zu beachten
SlideScope
CZI-Dateien auf dem Mac öffnen, durchsehen, messen und exportieren, neben ND2, SVS und anderen Formaten.
Ein Viewer und Werkzeug zur Durchsicht. Keine Skripte und keine eigenen Analyse-Pipelines.
Fiji / ImageJ mit Bio-Formats
Kostenlose Open-Source-Analyse mit Plugins und Makros; liest CZI unter macOS.
Eine Analyseplattform; jede Szene wird über einen Importdialog als Serie importiert.
QuPath
Kostenlose Whole-Slide-Analyse; liest CZI über Bio-Formats.
Ausgelegt auf Analyseprojekte für Präparate statt auf die schnelle Durchsicht mehrdimensionaler Stapel.
ZEISS ZEN lite
Der kostenlose Viewer des Herstellers, am nächsten an der Aufnahmesoftware.
Nur Windows, daher auf einem Mac ohne Windows keine Option.
Fragen
Kann ich CZI-Dateien auf dem Mac öffnen?
Ja. SlideScope öffnet CZI-Dateien nativ unter macOS 14 oder neuer, auf Macs mit Apple Silicon und Intel, auch Dateien mit mehreren Szenen, Kanälen, Z-Ebenen und Zeitpunkten. Auch Fiji mit Bio-Formats öffnet CZI auf dem Mac. ZEN lite, der kostenlose Viewer von ZEISS, ist eine Windows-Anwendung.
Wie sehe ich alle Szenen einer CZI-Datei?
Wechseln Sie mit dem Scene-Regler unter dem Bild von Szene zu Szene, oder schalten Sie XY Overview ein, um jede Szene an ihrer aufgenommenen Position zu sehen. Jede Szene behält ihre eigene Größe und ihren Namen.
Kann ich eine CZI-Szene nach OME-TIFF exportieren?
Ja. File › Export Current Image as TIFF exportiert die angezeigte Szene oder, wenn XY Overview eingeschaltet ist, alle Szenen. Jede Szene wird zu einem eigenen Bild in einer OME-TIFF-Datei, mit verlustfreier Kompression, Pixelgröße und Kanalnamen. Für den Export Ihrer eigenen Dateien benötigen Sie ein Abonnement; die mitgelieferten Beispiele lassen sich kostenlos exportieren.
Steht SlideScope in Verbindung mit ZEISS?
Nein. SlideScope ist unabhängig und steht in keiner Verbindung zu ZEISS. Produktnamen werden nur verwendet, um Dateiformate und Vergleiche zu beschreiben.
SlideScope steht in keiner Verbindung zu ZEISS. ZEISS, ZEN und CZI werden genannt, um die Dateikompatibilität zu beschreiben. SlideScope ist für Forschung, Lehre und Durchsicht gedacht, nicht für die Diagnose.
Wann SlideScope die richtige Wahl ist
Wählen Sie SlideScope, wenn Sie eine einzige native Desktop-App für Mac oder Windows-PC suchen, die Präparate und Mikroskopiedateien vieler Hersteller öffnet (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM und mehr), in kalibrierten Einheiten misst und Zellkerne und Zellen ohne Programmierung zählt – und dabei jede Datei auf Ihrem eigenen Computer behält.
Es ist eine kostenpflichtige App mit kostenloser Beispielbibliothek: Alle Werkzeuge funktionieren mit den mitgelieferten Beispielen, für Ihre eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement (PayPal oder Karte). Wenn Sie unter Windows nur das Format eines einzigen Herstellers öffnen, genügt Ihnen vielleicht schon dessen kostenloser Viewer; für skriptgesteuerte Analysen sind QuPath und Fiji kostenlos und Open Source.
Probieren Sie es mit Ihrer eigenen CZI-Datei
Erkunden Sie die mitgelieferte Beispielbibliothek kostenlos und mit allen Werkzeugen. Zum Öffnen Ihrer eigenen Bilder benötigen Sie ein Abonnement. Das Abonnement kostet $35.00 pro Monat, abgerechnet bei Abschluss (PayPal oder Karte). Jederzeit in Ihrem Konto kündbar.
