SlideScope lernen

Von der Installation zu belastbaren Ergebnissen

Jede Anleitung unten ist eine Aufgabe, die jemand wirklich erledigen muss — mit einer ehrlichen Zeitangabe und drei Schritten. Beginnen Sie mit dem Einstiegspfad, wenn SlideScope neu für Sie ist, oder springen Sie direkt zu der Aufgabe, die vor Ihnen liegt.

Testversion startenDownload und Testversion
CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Hier anfangen

Etwa zehn Minuten, einmalig. Arbeiten Sie diese Schritte der Reihe nach ab, dann ergibt alles Weitere auf dieser Seite Sinn.

  1. Installieren und aktivieren

    Laden Sie den signierten Build für Windows oder macOS herunter und melden Sie sich mit dem Konto an, das Sie für Test oder Abonnement verwendet haben. Die Aktivierung ist an das Gerät gebunden, und ein Abonnement deckt zwei Geräte ab — Notebook und Arbeitsplatzrechner können also beide angemeldet bleiben.

  2. Erstes Präparat öffnen

    Ziehen Sie eine CZI-, ND2-, SVS-, NDPI-, DICOM- oder TIFF-Datei auf das Fenster. Es gibt keinen Importschritt und keine Konvertierung: SlideScope liest die Scanner-Pyramide direkt, sodass ein Gigapixel-Präparat auf einem gewöhnlichen Notebook öffnet.

  3. Orientierung finden

    Scrollen zum Zoomen, Ziehen zum Verschieben, und mit der Übersichtsnavigation springen Sie über das Präparat, ohne die Stelle zu verlieren. Sehen Sie früh in das Metadatenfeld: Die dort hinterlegte Pixelgröße ist es, die jede spätere Messung kalibriert statt bloß ungefähr macht.

Anleitungen nach Aufgabe

Wählen Sie die, die zu dem passt, was Sie heute vorhaben.

Zellkerne in einem Fluoreszenzbild zählen

6 Min.
  1. Öffnen Sie das Bild und wählen Sie die Region aus, die gezählt werden soll. Eine Region statt eines ganzen Präparats zu quantifizieren hält den Durchlauf schnell und das Ergebnis auf dem Gewebe, um das es Ihnen geht.
  2. Wählen Sie im Quantifizierungsbereich Zellkerne, als Verfahren InstanSeg, und stellen Sie den Segmentierungskanal auf Ihren DAPI- oder Kernfarbstoff. Lassen Sie die erweiterten Einstellungen beim ersten Durchlauf unangetastet.
  3. Starten Sie, und lesen Sie das Overlay, bevor Sie die Zahl lesen. Klicken Sie auf jedes Objekt, das falsch aussieht, und schließen Sie es aus; exportieren Sie danach CSV und Methodenzusammenfassung gemeinsam.

Eine Struktur in Mikrometern messen

4 Min.
  1. Prüfen Sie, ob das Metadatenfeld eine Pixelgröße zeigt. Hat der Scanner eine hinterlegt, kommen Messungen in echten Mikrometern heraus; wenn nicht, kalibrieren Sie manuell, bevor Sie irgendetwas messen.
  2. Wählen Sie das Messwerkzeug und ziehen Sie über die Struktur. Strecken und Flächen werden in voller Präparatauflösung berechnet, nicht auf der Zoomstufe, die Sie gerade betrachten.
  3. Speichern Sie die Messung, damit sie am Präparat hängen bleibt, und exportieren Sie später die Tabelle als CSV oder die Regionen als GeoJSON, wenn Sie sie anderswo brauchen.

HE gegen die zugehörige IHC vergleichen

5 Min.
  1. Öffnen Sie das erste Präparat und dann das zweite daneben. Beide Fenster bleiben auf derselben Gewebestelle bei derselben Vergrößerung.
  2. Der Maßstab wird in Mikrometern angeglichen, nicht über den Zoomfaktor — zwei Scans unterschiedlicher Auflösung entsprechen sich also tatsächlich. Verschieben oder zoomen Sie eines der Fenster, das andere folgt.
  3. Annotieren Sie in dem Fenster, in dem es sinnvoll ist. Notizen bleiben an ihrem eigenen Präparat und an Ihrem Konto, sodass die nächste Person sie sieht.

Einen ganzen Ordner in einem Durchgang quantifizieren

8 Min.
  1. Bringen Sie zuerst ein Bild in Ordnung. Stellen Sie Objekttyp, Verfahren, Kanal und Flächengrenzen an einem einzigen repräsentativen Bild ein, bis das Overlay stimmt.
  2. Speichern Sie diese Einstellungen als Rezept und geben Sie ihm einen Namen, den Sie in drei Monaten wiedererkennen.
  3. Wählen Sie den Ordner-Stapellauf, zeigen Sie auf das Verzeichnis und lassen Sie es laufen. Sie erhalten Exporte je Bild plus eine gemeinsame Stapelzusammenfassung als CSV, wobei jedes Bild mit identischen Einstellungen ausgewertet wurde.

Genau die Ansicht teilen, die Sie gerade sehen

3 Min.
  1. Navigieren Sie zu dem Bildausschnitt, den die andere Person sehen soll, in der Vergrößerung und Ebene, in der sie ihn sehen soll.
  2. Erzeugen Sie einen Link zur geteilten Ansicht. Er trägt das Präparat samt Position, Zoom und Ebene, sodass niemand einen Gigapixel-Scan absuchen muss.
  3. Verschicken Sie ihn. Wer SlideScope installiert hat, öffnet ihn mit einem Klick über das slidescope://-Schema; wer nicht, sieht zuerst auf der Website, worauf der Link zeigt.

Nachschlagen

Halten Sie das beim Arbeiten in einem Tab offen.

Quantifizierenunterstützte DateiformateVertrauen und DatenKontaktVersionshinweise

Häufige Fragen

Ich bin völlig neu. Womit fange ich an?

Arbeiten Sie die drei Einstiegsschritte der Reihe nach ab und machen Sie dann die Mess-Anleitung. Diese vier Dinge decken das meiste ab, was neue Nutzerinnen und Nutzer in der ersten Woche brauchen. Die Zähl-Anleitung lohnt sich als Nächstes, selbst wenn Sie noch keinen Quantifizierungsbedarf sehen — sie ist der schnellste Weg zu verstehen, wie SlideScope mit Kalibrierung umgeht.

Muss ich programmieren lernen?

Nein. Nichts auf dieser Seite verlangt ein Skript, ein Makro, ein Plug-in oder eine Python-Umgebung. Die Quantifizierung läuft über gespeicherte Rezepte statt über Code — das ist der Handel: weniger flexibel als eine programmierbare Plattform, deutlich schneller zu einem Ergebnis.

Wie schule ich andere im Labor?

Schicken Sie ihnen einen Link zur geteilten Ansicht auf ein echtes Präparat aus Ihrer eigenen Arbeit, zusammen mit dieser Seite. Etwas Vertrautes zu öffnen schlägt eine künstliche Übungsdatei, und der Link sorgt dafür, dass sie denselben Ausschnitt sehen wie Sie und nicht eine andere Ecke des Scans.

Lernen Sie es an Ihren eigenen Bildern

Die 14-tägige Testphase bietet vollen Zugriff. Arbeiten Sie diese Anleitungen mit den Präparaten durch, mit denen Ihr Labor tatsächlich zu tun hat, nicht mit einer Beispieldatei.

Testversion starten
unterstützte DateiformateVersionshinweiseAlternativenVertrauen und Daten