Öffnen Sie ZEISS-CZI-Dateien in SlideScope unter Windows oder macOS ohne vorherige Konvertierung. Prüfen Sie die gespeicherten Kanäle und Bilddimensionen. Beim lokalen Betrachten wird das Bild nicht hochgeladen.
Laden Sie die passende Windows- oder Mac-Version herunter und installieren Sie sie. Die mitgelieferte Beispielbibliothek ist kostenlos und mit allen Werkzeugen nutzbar; eigene Bilder öffnen Sie mit dem kostenlosen Test, der beim Bezahlen eine Freigabe über PayPal oder Karte erfordert.
Öffnen Sie SlideScope und ziehen Sie die Datei .czi in den Viewer.
Wählen Sie gegebenenfalls Szene oder Position und prüfen Sie vorhandene Kanäle, Z-Ebenen und Zeitpunkte.
Prüfen Sie vor dem Messen die Pixelgröße in den Metadaten. Bewahren Sie beim Export die Originaldatei auf.
CZI-Dateien mit mehreren Szenen: jede Szene ansehen und als OME-TIFF exportieren
Eine CZI-Datei kann mehrere Szenen enthalten: die Wells einer Platte, Kachelregionen oder die Scanregionen eines Objektträgers. SlideScope zeigt jede Szene einzeln oder alle zusammen an und exportiert die angezeigte Szene oder alle Szenen als OME-TIFF. Das Video und die folgenden Schritte verwenden eine öffentliche Beispieldatei mit zwei Szenen.
Den gesamten Ablauf ansehen (1 min 41 s)
Öffnen einer CZI-Datei mit zwei Szenen, Wechseln der Szene, XY Overview, Kanäle, Details, Export einer Szene und aller Szenen sowie erneutes Öffnen der OME-TIFF-Datei. Sprecher auf Englisch; Untertitel in allen Sprachen der Website. Aufgenommen mit SlideScope 1.8.56 unter Windows; die macOS-Version hat dieselben Bedienelemente. Untertitel und Transkript wurden aus dem englischen Sprechertext übersetzt und nicht von einem professionellen Übersetzer geprüft.Transkript
Eine CZI-Datei kann mehrere Szenen enthalten: Wells einer Platte, Kachelregionen oder Scanregionen. So sehen Sie jede einzelne an und exportieren sie als OME-TIFF.
Eine CZI-Datei mit zwei Szenen, direkt geöffnet. Keine Konvertierung. Das Scene-Bedienelement wechselt von einer Szene zur nächsten. Szene 2 ist Well D7. Szene 1 ist Well D6. XY Overview platziert jede Szene dort, wo sie aufgenommen wurde. Diese beiden Wells liegen 9 mm auseinander.
Kombinieren Sie die Kanäle in einer Ansicht. Schalten Sie einen Kanal aus, um zu sehen, was er beiträgt. Vergrößern Sie. Der Maßstabsbalken bleibt kalibriert. Details zeigt Pixelgröße, Kanäle und Aufnahmeeinstellungen.
Zum Exportieren wählen Sie File und dann Export Current Image as TIFF. Während Sie eine Szene ansehen, wird nur diese Szene exportiert. Vor dem Start sehen Sie Pixelgröße, Kanäle und Komprimierung, die geschrieben werden. Um alle Szenen zu exportieren, aktivieren Sie zuerst XY Overview. Alle Szenen landen in einer einzigen OME-TIFF-Datei. Jede Szene ist darin ein eigenes Bild.
Öffnen Sie das Ergebnis. Beide Szenen sind vorhanden, als Bild 1 und Bild 2. Pixelgröße und Kanalnamen wurden übernommen.
Mit einem kostenlosen Konto können Sie lokale Bilder schon vor einer Testphase öffnen und ansehen. Für den Export benötigen Sie die 3-tägige Testphase oder ein Abonnement. Ein großer Kachelscan wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert, nicht als vollständiger Scan. Es ist dieselbe App unter macOS und Windows. Diese Aufnahmen entstanden unter Windows.
Schritt 1
Die CZI-Datei öffnen
Wählen Sie File › Open File… (Strg+O unter Windows, ⌘O auf dem Mac) oder ziehen Sie die .czi-Datei in das Fenster. Die erste Szene erscheint sofort. Es wird nichts konvertiert und die Datei wird nirgendwohin hochgeladen.
Schritt 2
Durch die Szenen blättern
Bei einer Datei mit mehreren Szenen erscheint unter dem Bild ein Scene-Bedienelement. Verwenden Sie − und + oder geben Sie eine Nummer ein. Jede Szene behält ihre eigene Größe und ihren Namen aus der Datei, etwa ein Well (D6, D7) oder eine Kachelregion.
Schritt 3
Alle Szenen in XY Overview sehen
Klicken Sie neben dem Scene-Bedienelement auf XY Overview oder wählen Sie View › XY Overview (Strg+Umschalt+X). Jede Szene wird dort dargestellt, wo sie aufgenommen wurde, einschließlich der Abstände. Klicken Sie auf eine Szene, um sie auszuwählen, und doppelklicken Sie, um sie zu öffnen. Weit auseinanderliegende Szenen, etwa Wells im Abstand von 9 mm, erscheinen zunächst als kleine Kacheln: Vergrößern Sie die Ansicht, um sie zu sehen.
Schritt 4
Kanäle, Pixelgröße und Metadaten prüfen
Aktivieren Sie in Display die Option Blend channels into one view für ein Farbkomposit, oder schalten Sie einzelne Kanäle aus. Details zeigt die Pixelgröße, die Abmessungen, die aktuelle Szene und deren Größe. Helligkeit, Kontrast und Farben ändern nur die Darstellung, nie die gespeicherten Pixel.
Schritt 5
File › Export Current Image as TIFF wählen
Wählen Sie File › Export Current Image as TIFF… (Strg+Umschalt+C). Wählen Sie einen Ordner und einen Namen; SlideScope schlägt einen Namen vor, der auf .ome.tif endet.
Schritt 6
Eine Szene oder alle Szenen exportieren
Solange eine einzelne Szene angezeigt wird, wird nur diese Szene exportiert, mit einem Namen wie sample_scene-2.ome.tif. Um alle Szenen zu exportieren, aktivieren Sie zuerst XY Overview: Alle Szenen landen in einer einzigen OME-TIFF-Datei, jede als eigenes Bild in ihrer eigenen Größe. Bevor etwas geschrieben wird, zeigt eine Bestätigung die Größe, die Pixelgröße, die Kanäle und die Komprimierung.
Schritt 7
Das Ergebnis öffnen
Klicken Sie nach Abschluss des Exports auf Open Exported TIFF. SlideScope zeigt jede exportierte Szene als Bild an; blättern Sie mit dem Image-Bedienelement durch die Bilder. OME-TIFF-Reader, die mehrere Bilder pro Datei unterstützen, etwa Bio-Formats in Fiji, listen sie als separate Serien auf.
Was das exportierte OME-TIFF enthält
Eine Datei. Der Export der angezeigten Szene schreibt ein Bild; der Export aus XY Overview schreibt jede Szene als separates Bild in dieselbe Datei, jedes in seiner eigenen Größe. Es wird nicht eine Datei pro Szene erstellt.
Die Pixel werden unverändert geschrieben, mit verlustfreier Komprimierung (Deflate). Helligkeit, Kontrast und Gamma sind Anzeigeeinstellungen und werden beim Export nicht angewendet.
Die Pixelgröße in Mikrometern, der Z-Abstand bei einem Z-Stapel, die in der CZI-Datei gespeicherten Kanalnamen und die aktuell im Viewer eingestellten Kanalfarben. Eine Datei ohne gespeicherte Pixelgröße wird ohne Pixelgröße exportiert; SlideScope erfindet keine Kalibrierung.
Auflösung: Szenen, die in den Arbeitsspeicher passen, werden in voller Auflösung exportiert. Ein großer Kachelscan, etwa eine Region eines Objektträgerscanners, wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert. Die Bestätigung nennt das Verhältnis, zum Beispiel 1:8, und die gespeicherte Pixelgröße wird entsprechend skaliert. Der Scan in voller Auflösung bleibt in SlideScope Region für Region einsehbar.
Ein einzelnes exportiertes Bild, das breiter oder höher als 4.096 Pixel ist, erhält zusätzlich Pyramidenebenen mit reduzierter Auflösung. Eine Datei mit mehreren Bildern erhält keine. Dateien über 2 GiB werden als BigTIFF geschrieben.
Nicht übernommen werden: die übrigen Aufnahmemetadaten der CZI-Datei sowie die Szenenpositionen als Tischkoordinaten. Bewahren Sie die ursprüngliche CZI-Datei als Archivdatei auf.
Was Sie brauchen
Windows 10 oder 11 oder macOS 14 oder neuer auf Apple Silicon oder Intel. Entdecken Sie die mitgelieferte Beispielbibliothek kostenlos, mit allen Werkzeugen. Eigene Bilder öffnen Sie mit einem kostenlosen Testzeitraum von 3 Tagen. Für den Export benötigen Sie die 3-tägige Testphase oder ein Abonnement (25,00 $ pro Monat nach der Testphase).
Wenn etwas nicht stimmt
Nur eine Szene wird angezeigt
Zwischen Szenen kann geblättert werden, wenn sie denselben Pixeltyp und dieselben Kanäle, Z-Ebenen und Zeitpunkte haben. Andernfalls zeigt SlideScope die erste Szene an und nennt den Grund in Details. Wenn das nicht Ihren Erwartungen entspricht, senden Sie uns die Datei.
Die Farben weichen von ZEN ab
Die Kanalfarben stammen aus der Datei, sofern sie dort gespeichert sind. Ändern Sie sie unter Display › Channel colour…; der Export übernimmt die von Ihnen eingestellten Farben.
Der Export ist kleiner als der Scan
Ein großer Kachelscan wird in seiner Übersichtsauflösung exportiert, und die Bestätigung weist darauf hin, bevor etwas geschrieben wird. Der Scan in voller Auflösung bleibt in SlideScope einsehbar.
Der Export fordert Sie auf, eine Testphase zu starten
Das Ansehen funktioniert mit einem kostenlosen Konto. Für den Export benötigen Sie die kostenlose Testphase oder ein Abonnement.
Beispiel in Video und Screenshots: S2_3x3_CH2.czi aus den czitools-Beispieldaten (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), zwei Szenen eines 3 × 3-Mosaiks mit DAPI und EGFP. Keine Kundendaten.
Möglichkeiten, CZI-Dateien zu öffnen
Tool
Kosten
Plattformen
Geeignet für
ZEISS ZEN lite
Kostenlos (Download erfordert eine ZEISS ID)
Windows
Der Viewer des Herstellers, am nächsten an der Aufnahmesoftware
Fiji / ImageJ mit Bio-Formats
Kostenlos, Open Source
Windows, macOS, Linux
Analyse mit Plugins und Makros; jede Szene wird als eigene Serie importiert
QuPath
Kostenlos, Open Source
Windows, macOS, Linux
Whole-Slide-Analyseprojekte und Skripting
SlideScope
Beispielbilder kostenlos mit allen Werkzeugen, eigene Bilder 3 Tage kostenlos testen, danach Abonnement ab $25/Monat
Windows 10+, macOS 14+ (Apple silicon und Intel)
CZI ansehen, vermessen und annotieren – neben CZI, ND2, SVS, NDPI, MRXS, DICOM und TIFF, wobei die Dateien auf Ihrem Computer bleiben
Sie können ZEISS-CZI-Dateien mit ZEN lite öffnen, dem kostenlosen Viewer von ZEISS für Windows; mit Fiji oder QuPath, die kostenlos sind und CZI über Bio-Formats unter Windows, Mac und Linux lesen; oder mit SlideScope, einem Desktop-Viewer für Windows und Mac mit kostenloser Testphase. Auf Macs mit Apple silicon kann Bio-Formats keine JPEG-XR-komprimierten CZI-Dateien lesen. Die folgenden Schritte verwenden SlideScope.
CZI-Datei lässt sich auf dem Mac nicht in Fiji oder QuPath öffnen?
Laut der QuPath-Dokumentation unterstützt Bio-Formats derzeit keine JPEG-XR-Komprimierung auf Apple silicon, und viele CZI-Dateien sind JPEG-XR-komprimiert. Als Abhilfe wird empfohlen, die Datei auf einem anderen Computer zu konvertieren oder auf die Intel-Version von QuPath umzusteigen. SlideScope verwendet für CZI kein Bio-Formats: Es liest CZI mit einem eigenen, mitgelieferten JPEG-XR-Decoder – in der Windows- wie in der Mac-Version.
Prüfende benötigen eine Desktop-Oberfläche ohne Skripte oder Plugin-Einrichtung.
Blättern Sie durch Kanäle, Z-Ebenen, Zeitpunkte und Szenen, sofern die Datei sie enthält, prüfen Sie die Pixelgröße in Details und messen Sie in kalibrierten Einheiten.
Messungen, Notizen und Regionen bleiben mit dem Objektträger verknüpft und lassen sich als GeoJSON oder CSV exportieren.
Auswahl nach Arbeitsablauf
Prüfen Sie SlideScope, wenn Sie eine Desktop-Anwendung brauchen, die gemischte Mikroskopieformate öffnet und Standardobjekte auf dem eigenen Rechner quantifiziert. Nutzen Sie das Originalwerkzeug weiter, wenn Mikroskopsteuerung, programmierbare Bildverarbeitung, skriptgesteuerte Auswertungspipelines oder institutionelles Bildmanagement erforderlich sind.
OMERO: Zentrale Bildarchive, Zugriffsrechte, Zusammenarbeit und institutionelles Datenmanagement.
Fragen zu CZI-Dateien
Gibt es eine kostenlose Möglichkeit, CZI-Dateien zu öffnen?
Ja. ZEN lite (Windows) sowie Fiji oder QuPath mit Bio-Formats sind kostenlos. SlideScope lässt sich kostenlos herunterladen – die mitgelieferte Beispielbibliothek ist mit allen Werkzeugen kostenlos, und Ihre eigenen Bilder öffnen Sie mit einer 3-tägigen kostenlosen Testphase (PayPal oder Karte erforderlich); nach der Testphase ist SlideScope ein Abonnement.
CZI auf einem Mac öffnen
Verwenden Sie macOS 14 oder neuer. Wählen Sie den passenden Download für Apple Silicon oder Intel und kopieren Sie die Datei vor dem Öffnen auf einen lokalen Datenträger.
Wenn sich die Datei nicht öffnen lässt
Prüfen Sie, ob der Kopiervorgang abgeschlossen ist. Besteht das Problem weiter, senden Sie dem Support App-Version, Dateiformat und Fehlermeldung.
Für wen ist es gedacht?
Für Forschungslabore, Mikroskopie-Core-Facilities, Lehrende, Studierende und Pathologie-Review-Teams.
SlideScope ist unabhängig und nicht mit Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari oder OMERO verbunden. Produktnamen dienen nur dem sachlichen Vergleich.
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