Contenu de cette vidéo
Un fichier ZEISS .czi peut contenir plusieurs scènes : les puits d’une plaque, des régions de mosaïque ou les zones de numérisation d’une lame. Cette démonstration ouvre un CZI à deux scènes dans SlideScope, passe d’une scène à l’autre et montre avec XY Overview où chacune a été enregistrée.
Elle vérifie ensuite les canaux et la taille de pixel, exporte une scène ou toutes les scènes en OME-TIFF, puis rouvre le résultat. Les fichiers exportés conservent la taille de pixel et les noms des canaux : Fiji, QuPath et les autres lecteurs Bio-Formats les ouvrent donc correctement.
Vous préférez lire ? Comment ouvrir des fichiers CZI, y compris multi-scènes.
Transcription
Mis à jour depuis l’enregistrement. Là où la narration mentionne un essai pour l’export : l’essai évoqué dans la narration n’est plus proposé aux nouveaux inscrits, et les prix cités ont changé : la bibliothèque d’échantillons intégrée est gratuite avec tous les outils, et pour ouvrir vos propres images il faut un abonnement, facturé dès la souscription par PayPal ou carte. Les prix actuels figurent sur la page des tarifs. Voir les tarifs.
Un fichier CZI peut contenir plusieurs scènes : les puits d’une plaque, des régions de mosaïque ou des zones de numérisation.
Voici comment afficher chacune d’elles et les exporter en OME-TIFF.
Un CZI à deux scènes, ouvert directement. Sans conversion.
La commande Scene passe d’une scène à la suivante.
La scène 2 est le puits D7. La scène 1 est le puits D6.
XY Overview place chaque scène à l’endroit où elle a été enregistrée.
Ces deux puits sont à 9 mm l’un de l’autre.
Fusionnez les canaux en une seule vue.
Désactivez un canal pour voir ce qu’il apporte.
Zoomez. La barre d’échelle reste étalonnée.
Details indique la taille de pixel, les canaux et les paramètres d’acquisition.
Pour exporter, choisissez File, puis Export Current Image as TIFF.
Lorsque vous affichez une seule scène, seule cette scène est exportée.
Avant le début de l’export, vous voyez la taille de pixel, les canaux et la compression qui seront écrits.
Pour exporter toutes les scènes, activez d’abord XY Overview.
Toutes les scènes sont placées dans un seul fichier OME-TIFF. Chaque scène y constitue une image distincte.
Ouvrez le résultat. Les deux scènes sont là, en tant qu’image 1 et image 2.
La taille de pixel et les noms des canaux ont été conservés.
Un compte gratuit vous permet d’ouvrir et d’afficher des images locales avant tout essai.
L’export nécessite l’essai de 3 jours ou un abonnement.
Une grande numérisation en mosaïque est exportée à sa résolution de vue d’ensemble, pas en pleine résolution.
C’est la même application sur macOS et Windows. Ces images ont été rendues sous Windows.