SlideScope ouvre nativement les fichiers Zeiss CZI sous macOS 14 ou ultérieur, sur les Mac Apple Silicon et Intel : chaque scène, canal, plan Z et point temporel, avec la taille de pixel enregistrée dans le fichier. Il exporte la scène affichée, ou toutes les scènes, dans un seul fichier OME-TIFF. ZEN lite, la visionneuse gratuite de ZEISS, ne fonctionne que sous Windows. Sous Windows ? Consultez comment ouvrir des fichiers CZI sous Windows et Mac.
Scènes, canaux, Z et tempsExport OME-TIFFApple Silicon et Intel
Installer SlideScope sur votre Mac
Téléchargez la version macOS adaptée à votre Mac : Apple Silicon (série M) ou Intel. La page de téléchargement recommande la bonne.
Ouvrez le DMG et faites glisser SlideScope dans Applications. Le guide d’installation macOS montre chaque étape avec des captures d’écran, y compris que faire si macOS vous demande de confirmer la première ouverture.
Ouvrez un échantillon de la bibliothèque intégrée, ou votre propre lame. Explorez gratuitement la bibliothèque d’échantillons intégrée, avec tous les outils. Pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. L’abonnement ne commence que lorsque vous le choisissez au moment du paiement.
Fichiers CZI multi-scènes : afficher chaque scène et exporter en OME-TIFF
Un CZI peut contenir plusieurs scènes : les puits d’une plaque, des régions de mosaïque ou les zones de numérisation d’une lame. SlideScope affiche chaque scène séparément ou toutes ensemble, et exporte en OME-TIFF la scène affichée ou toutes les scènes. La vidéo et les étapes ci-dessous utilisent un fichier d’échantillon public à deux scènes.
Regardez tout le déroulé (1 min 41 s)
Ouverture d’un CZI à deux scènes, changement de scène, XY Overview, canaux, Details, export d’une scène puis de toutes les scènes, et réouverture de l’OME-TIFF. Narration en anglais ; sous-titres dans toutes les langues du site. Rendu avec SlideScope 1.8.56 sous Windows ; la version macOS a les mêmes commandes. Mis à jour depuis l’enregistrement : ouvrir et exporter vos propres images nécessite désormais un abonnement. Les échantillons intégrés restent gratuits avec tous les outils.Transcription
Un fichier CZI peut contenir plusieurs scènes : les puits d’une plaque, des régions de mosaïque ou des zones de numérisation. Voici comment afficher chacune d’elles et les exporter en OME-TIFF.
Un CZI à deux scènes, ouvert directement. Sans conversion. La commande Scene passe d’une scène à la suivante. La scène 2 est le puits D7. La scène 1 est le puits D6. XY Overview place chaque scène à l’endroit où elle a été enregistrée. Ces deux puits sont à 9 mm l’un de l’autre.
Fusionnez les canaux en une seule vue. Désactivez un canal pour voir ce qu’il apporte. Zoomez. La barre d’échelle reste étalonnée. Details indique la taille de pixel, les canaux et les paramètres d’acquisition.
Pour exporter, choisissez File, puis Export Current Image as TIFF. Lorsque vous affichez une seule scène, seule cette scène est exportée. Avant le début de l’export, vous voyez la taille de pixel, les canaux et la compression qui seront écrits. Pour exporter toutes les scènes, activez d’abord XY Overview. Toutes les scènes sont placées dans un seul fichier OME-TIFF. Chaque scène y constitue une image distincte.
Ouvrez le résultat. Les deux scènes sont là, en tant qu’image 1 et image 2. La taille de pixel et les noms des canaux ont été conservés.
Un compte gratuit vous permet d’ouvrir et d’afficher des images locales avant tout essai. L’export nécessite l’essai de 3 jours ou un abonnement. Une grande numérisation en mosaïque est exportée à sa résolution de vue d’ensemble, pas en pleine résolution. C’est la même application sur macOS et Windows. Ces images ont été rendues sous Windows.
Étape 1
Ouvrir le fichier CZI
Choisissez File › Open File… (Ctrl+O sous Windows, ⌘O sur Mac) ou faites glisser le fichier .czi sur la fenêtre. La première scène s’affiche immédiatement. Rien n’est converti et le fichier n’est pas téléversé.
Étape 2
Parcourir les scènes
Un fichier comportant plusieurs scènes affiche une commande Scene sous l’image. Utilisez − et + ou saisissez un numéro. Chaque scène conserve sa propre taille et son nom issu du fichier, par exemple un puits (D6, D7) ou une région de mosaïque.
Étape 3
Voir toutes les scènes dans XY Overview
Cliquez sur XY Overview à côté de la commande Scene, ou choisissez View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Chaque scène est dessinée à l’endroit où elle a été enregistrée, espaces compris. Cliquez sur une scène pour la sélectionner et double-cliquez pour l’ouvrir. Les scènes très éloignées, comme des puits distants de 9 mm, apparaissent d’abord comme de petites vignettes : zoomez pour les voir.
Étape 4
Vérifier les canaux, la taille de pixel et les métadonnées
Dans Display, cochez Blend channels into one view pour obtenir un composite en couleurs, ou désactivez des canaux individuels. Details indique la taille de pixel, les dimensions, la scène actuelle et sa taille. La luminosité, le contraste et les couleurs ne modifient que l’affichage, jamais les pixels enregistrés.
Étape 5
Choisir File › Export Current Image as TIFF
Choisissez File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Choisissez un dossier et un nom ; SlideScope en propose un qui se termine par .ome.tif.
Étape 6
Exporter une scène, ou toutes les scènes
Lorsqu’une seule scène est à l’écran, seule cette scène est exportée, avec un nom comme sample_scene-2.ome.tif. Pour exporter toutes les scènes, activez d’abord XY Overview : toutes les scènes sont placées dans un seul fichier OME-TIFF, chacune comme une image distincte à sa propre taille. Avant toute écriture, une confirmation indique la taille, la taille de pixel, les canaux et la compression.
Étape 7
Ouvrir le résultat
Cliquez sur Open Exported TIFF à la fin de l’export. SlideScope affiche chaque scène exportée comme une image ; parcourez-les avec la commande Image. Les lecteurs OME-TIFF qui prennent en charge plusieurs images par fichier, comme Bio-Formats dans Fiji, les listent comme des séries distinctes.
Ce que contient l’OME-TIFF exporté
Un seul fichier. Exporter la scène affichée écrit une image ; exporter depuis XY Overview écrit chaque scène comme une image distincte dans le même fichier, chacune à sa propre taille. Cela ne crée pas un fichier par scène.
Les pixels sont écrits sans modification, avec une compression sans perte (Deflate). La luminosité, le contraste et le gamma sont des réglages d’affichage et ne sont pas appliqués à l’export.
La taille de pixel en micromètres, le pas en Z lorsqu’il y a une pile Z, les noms des canaux enregistrés dans le CZI et les couleurs des canaux actuellement définies dans la visionneuse. Un fichier sans taille de pixel enregistrée est exporté sans taille de pixel ; SlideScope n’invente pas d’étalonnage.
Résolution : les scènes qui tiennent en mémoire sont exportées en pleine résolution. Une grande numérisation en mosaïque, comme une région de scanner de lames, est exportée à sa résolution de vue d’ensemble. La confirmation indique le rapport, par exemple 1:8, et la taille de pixel enregistrée est ajustée en conséquence. La numérisation en pleine résolution reste consultable région par région dans SlideScope.
Une image exportée unique de plus de 4096 pixels de large ou de haut reçoit aussi des niveaux pyramidaux de résolution réduite. Un fichier contenant plusieurs images n’en reçoit pas. Les fichiers de plus de 2 Gio sont écrits au format BigTIFF.
Non copiés : le reste des métadonnées d’acquisition du CZI, et les positions des scènes en coordonnées de platine. Conservez le CZI d’origine comme fichier d’archive.
Ce qu’il vous faut
Windows 10 ou 11, ou macOS 14 ou ultérieur sur Apple Silicon ou Intel. Explorez gratuitement la bibliothèque d’échantillons intégrée, avec tous les outils. Pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. L’abonnement coûte $35.00 par mois et inclut l’export.
Si quelque chose semble anormal
Une seule scène apparaît
Les scènes deviennent navigables lorsqu’elles partagent un type de pixel et les mêmes canaux, plans Z et points temporels. Sinon, SlideScope affiche la première scène et en indique la raison dans Details. Si ce n’est pas ce que vous attendez, envoyez-nous le fichier.
Les couleurs diffèrent de celles de ZEN
Les couleurs des canaux proviennent du fichier lorsqu’il les enregistre. Modifiez-les dans Display › Channel colour… ; l’export enregistre les couleurs que vous définissez.
L’export est plus petit que la numérisation
Une grande numérisation en mosaïque est exportée à sa résolution de vue d’ensemble, et la confirmation l’indique avant toute écriture. La numérisation en pleine résolution reste consultable dans SlideScope.
L’export vous demande de vous abonner
Sur les échantillons intégrés, tous les outils fonctionnent gratuitement, export compris. L’export de vos propres images nécessite un abonnement.
Échantillon utilisé dans la vidéo et les captures d’écran : S2_3x3_CH2.czi, issu des données d’exemple de czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), deux scènes d’une mosaïque 3 × 3 avec DAPI et EGFP. Aucune donnée client.
Dans quelle mesure la prise en charge des CZI est testée
Dans notre test de formats publié, réalisé le 2026-09-18, les 48 fichiers CZI se sont tous ouverts, avec jusqu’à 8 canaux, 56 plans Z et 10 points temporels ; le plus volumineux faisait 4,5 Go. Il s’agit de notre propre test des chargeurs livrés, publié avec ses données brutes, et non d’une certification indépendante ; les fichiers d’échantillon ne couvrent pas toutes les variantes de CZI en circulation. Les fichiers de test publics comprennent des plaques multi-puits multi-scènes et des régions de mosaïque, mais aucun CZI multi-scènes de scanner de lames : ce cas est donc moins bien couvert. Voir le banc d’essai des formats et la référence de compatibilité.
Autres façons d’ouvrir des CZI sur un Mac
Outil
Idéal pour
À garder à l’esprit
SlideScope
Ouvrir, examiner, mesurer et exporter des fichiers CZI sur un Mac, en plus des ND2, SVS et autres formats.
Une visionneuse et un outil d’examen. Pas de scripts ni de pipelines d’analyse personnalisés.
Fiji / ImageJ avec Bio-Formats
Analyse gratuite et open source avec plugins et macros ; lit les CZI sous macOS.
Une plateforme d’analyse ; chaque scène est importée comme une série via une boîte de dialogue d’import.
QuPath
Analyse gratuite de lames entières ; lit les CZI via Bio-Formats.
Conçu autour de projets d’analyse de lames plutôt que pour l’examen rapide de piles multidimensionnelles.
ZEISS ZEN lite
La visionneuse gratuite du fabricant, la plus proche du logiciel d’acquisition.
Windows uniquement : ce n’est donc pas une option sur un Mac sans Windows.
Questions
Puis-je ouvrir des fichiers CZI sur un Mac ?
Oui. SlideScope ouvre nativement les fichiers CZI sous macOS 14 ou ultérieur, sur les Mac Apple Silicon et Intel, y compris les fichiers comportant plusieurs scènes, canaux, plans Z et points temporels. Fiji avec Bio-Formats ouvre aussi les CZI sur Mac. ZEN lite, la visionneuse gratuite de ZEISS, est une application Windows.
Comment voir toutes les scènes d’un fichier CZI ?
Utilisez la commande Scene sous l’image pour passer d’une scène à l’autre, ou activez XY Overview pour voir chaque scène à sa position enregistrée. Chaque scène conserve sa propre taille et son nom.
Puis-je exporter une scène CZI en OME-TIFF ?
Oui. File › Export Current Image as TIFF exporte la scène affichée, ou toutes les scènes lorsque XY Overview est activé. Chaque scène devient une image distincte dans un seul fichier OME-TIFF, avec compression sans perte, taille de pixel et noms des canaux. L’export de vos propres fichiers nécessite un abonnement ; les échantillons intégrés s’exportent gratuitement.
SlideScope est-il affilié à ZEISS ?
Non. SlideScope est indépendant et n’est pas affilié à ZEISS. Les noms de produits servent uniquement à décrire des formats de fichiers et des comparaisons.
SlideScope n’est pas affilié à ZEISS. ZEISS, ZEN et CZI sont cités pour décrire la compatibilité des fichiers. SlideScope est destiné à la recherche, à l’enseignement et à l’examen, pas au diagnostic.
Quand SlideScope est le bon choix
Choisissez SlideScope si vous voulez une seule application de bureau native, sur Mac ou sur PC Windows, qui ouvre les lames et les fichiers de microscopie de nombreux fabricants (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM et d’autres), mesure en unités étalonnées et compte les noyaux et les cellules sans écrire de code, tout en gardant chaque fichier sur votre propre ordinateur.
C’est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite : tous les outils fonctionnent sur les échantillons intégrés, et vos propres images nécessitent un abonnement (PayPal ou carte). Si vous n’ouvrez qu’un seul format de fabricant sous Windows, la visionneuse gratuite de ce fabricant peut suffire ; pour l’analyse par scripts, QuPath et Fiji sont gratuits et open source.
Essayez sur votre propre fichier CZI
Explorez gratuitement la bibliothèque d’échantillons intégrée, avec tous les outils. Pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement. L’abonnement coûte $35.00 par mois, facturé dès la souscription (PayPal ou carte). Annulable à tout moment depuis votre compte.
