Ouvrez les fichiers ZEISS CZI dans SlideScope sous Windows ou macOS sans conversion préalable. Examinez les canaux et dimensions enregistrés. La visualisation locale ne téléverse pas l’image.
Fichiers CZI à plusieurs scènes : afficher chaque scène et exporter en OME-TIFF
Un fichier CZI peut contenir plusieurs scènes : les puits d’une plaque, des régions de mosaïque ou les régions de numérisation d’une lame. SlideScope affiche chaque scène seule ou toutes ensemble, et exporte en OME-TIFF la scène que vous consultez ou toutes les scènes. La vidéo et les étapes ci-dessous utilisent un fichier d’exemple public à deux scènes.
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Ouverture d’un CZI à deux scènes, changement de scène, XY Overview, canaux, Details, export d’une scène et de toutes les scènes, puis réouverture de l’OME-TIFF. Narration en anglais ; sous-titres dans toutes les langues du site. Enregistré avec SlideScope 1.8.56 sous Windows ; la version macOS dispose des mêmes commandes. Les sous-titres et la transcription ont été traduits à partir de la narration anglaise ; ils n’ont pas été relus par un traducteur professionnel.Transcription
Un fichier CZI peut contenir plusieurs scènes : puits d’une plaque, régions de mosaïque ou régions de numérisation. Voici comment afficher chacune d’elles et les exporter en OME-TIFF.
Un CZI à deux scènes, ouvert directement. Sans conversion. La commande Scene passe d’une scène à la suivante. La scène 2 est le puits D7. La scène 1 est le puits D6. XY Overview place chaque scène à l’endroit où elle a été acquise. Ces deux puits sont distants de 9 mm.
Combinez les canaux en une seule vue. Désactivez un canal pour voir ce qu’il apporte. Zoomez. La barre d’échelle reste étalonnée. Details indique la taille de pixel, les canaux et les paramètres d’acquisition.
Pour exporter, choisissez File, puis Export Current Image as TIFF. Lorsque vous affichez une scène, seule cette scène est exportée. Avant le démarrage, vous voyez la taille de pixel, les canaux et la compression qui seront écrits. Pour exporter toutes les scènes, activez d’abord XY Overview. Toutes les scènes sont placées dans un seul fichier OME-TIFF. Chaque scène y est une image distincte.
Ouvrez le résultat. Les deux scènes sont là, en tant qu’image 1 et image 2. La taille de pixel et les noms des canaux ont été conservés.
Un compte gratuit vous permet d’ouvrir et d’afficher des images locales avant tout essai. L’export nécessite l’essai de 3 jours ou un abonnement. Une grande numérisation en mosaïque est exportée à sa résolution d’aperçu, pas en pleine résolution. C’est la même application sous macOS et Windows. Ces images ont été enregistrées sous Windows.
Étape 1
Ouvrir le fichier CZI
Choisissez File › Open File… (Ctrl+O sous Windows, ⌘O sur Mac) ou faites glisser le fichier .czi dans la fenêtre. La première scène s’affiche immédiatement. Rien n’est converti et le fichier n’est envoyé nulle part.
Étape 2
Parcourir les scènes
Un fichier à plusieurs scènes affiche une commande Scene sous l’image. Utilisez − et + ou saisissez un numéro. Chaque scène conserve sa propre taille et le nom qu’elle porte dans le fichier, par exemple un puits (D6, D7) ou une région de mosaïque.
Étape 3
Voir toutes les scènes dans XY Overview
Cliquez sur XY Overview à côté de la commande Scene, ou choisissez View › XY Overview (Ctrl+Maj+X). Chaque scène est dessinée à l’endroit où elle a été acquise, espaces compris. Cliquez sur une scène pour la sélectionner et double-cliquez pour l’ouvrir. Les scènes très éloignées, comme des puits distants de 9 mm, apparaissent d’abord sous forme de petites vignettes : zoomez pour les voir.
Étape 4
Vérifier les canaux, la taille de pixel et les métadonnées
Dans Display, cochez Blend channels into one view pour obtenir un composite couleur, ou désactivez des canaux individuellement. Details indique la taille de pixel, les dimensions, la scène actuelle et sa taille. La luminosité, le contraste et les couleurs ne modifient que l’affichage, jamais les pixels enregistrés.
Étape 5
Choisir File › Export Current Image as TIFF
Choisissez File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Maj+C). Sélectionnez un dossier et un nom ; SlideScope propose un nom se terminant par .ome.tif.
Étape 6
Exporter une scène ou toutes les scènes
Lorsqu’une seule scène est affichée, seule cette scène est exportée, sous un nom comme sample_scene-2.ome.tif. Pour exporter toutes les scènes, activez d’abord XY Overview : toutes les scènes sont placées dans un seul fichier OME-TIFF, chacune comme image distincte à sa propre taille. Avant toute écriture, une confirmation indique la taille, la taille de pixel, les canaux et la compression.
Étape 7
Ouvrir le résultat
Cliquez sur Open Exported TIFF à la fin de l’export. SlideScope affiche chaque scène exportée comme une image ; parcourez-les avec la commande Image. Les lecteurs OME-TIFF qui prennent en charge plusieurs images par fichier, comme Bio-Formats dans Fiji, les présentent comme des séries distinctes.
Contenu de l’OME-TIFF exporté
Un seul fichier. L’export de la scène affichée écrit une image ; l’export depuis XY Overview écrit chaque scène comme image distincte dans le même fichier, chacune à sa propre taille. Il ne crée pas un fichier par scène.
Les pixels sont écrits sans modification, avec une compression sans perte (Deflate). La luminosité, le contraste et le gamma sont des réglages d’affichage et ne sont pas appliqués à l’export.
La taille de pixel en micromètres, le pas Z en présence d’une pile Z, les noms de canaux enregistrés dans le CZI et les couleurs de canaux actuellement définies dans la visionneuse. Un fichier sans taille de pixel enregistrée est exporté sans taille de pixel ; SlideScope n’invente pas d’étalonnage.
Résolution : les scènes qui tiennent en mémoire sont exportées en pleine résolution. Une grande numérisation en mosaïque, comme une région d’un scanner de lames, est exportée à sa résolution d’aperçu. La confirmation indique le rapport, par exemple 1:8, et la taille de pixel enregistrée est ajustée en conséquence. La numérisation en pleine résolution reste consultable région par région dans SlideScope.
Une image exportée unique de plus de 4 096 pixels de large ou de haut reçoit aussi des niveaux de pyramide à résolution réduite. Un fichier contenant plusieurs images n’en reçoit pas. Les fichiers de plus de 2 Gio sont écrits en BigTIFF.
Non copiés : le reste des métadonnées d’acquisition du CZI, ainsi que les positions des scènes sous forme de coordonnées de platine. Conservez le CZI d’origine comme fichier d’archive.
Ce dont vous avez besoin
Windows 10 ou 11, ou macOS 14 ou version ultérieure sur Apple Silicon ou Intel. Aperçu gratuit : ouvrez, mesurez et annotez jusqu’à 5 de vos images locales. Sans compte, sans carte. L’export nécessite l’essai de 3 jours ou un abonnement (25,00 $US par mois après l’essai).
Si quelque chose semble incorrect
Une seule scène apparaît
Les scènes peuvent être parcourues lorsqu’elles partagent le même type de pixel et les mêmes canaux, plans Z et points temporels. Sinon, SlideScope affiche la première scène et en donne la raison dans Details. Si ce n’est pas ce que vous attendiez, envoyez-nous le fichier.
Les couleurs diffèrent de celles de ZEN
Les couleurs des canaux proviennent du fichier lorsqu’il les enregistre. Modifiez-les dans Display › Channel colour… ; l’export enregistre les couleurs que vous définissez.
L’export est plus petit que la numérisation
Une grande numérisation en mosaïque est exportée à sa résolution d’aperçu, et la confirmation le signale avant toute écriture. La numérisation en pleine résolution reste consultable dans SlideScope.
L’export vous demande de démarrer un essai
La consultation fonctionne avec un compte gratuit. L’export nécessite l’essai gratuit ou un abonnement.
Exemple utilisé dans la vidéo et les captures d’écran : S2_3x3_CH2.czi, issu des données d’exemple de czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), deux scènes d’une mosaïque 3 × 3 avec DAPI et EGFP. Aucune donnée client.
Quand SlideScope constitue un choix pratique
CZI pour images Zeiss
Les examinateurs ont besoin d’une interface de bureau sans scripts ni modules à installer.
Parcourez les canaux, plans Z, points temporels et scènes lorsque le fichier en contient, vérifiez la taille de pixel dans Details et mesurez en unités étalonnées.
Les mesures, notes et régions restent attachées à la lame et s’exportent en GeoJSON ou CSV.
Choisir selon le flux de travail
Évaluez SlideScope si vous cherchez une application de bureau qui ouvre plusieurs formats de microscopie et quantifie les objets courants sur votre propre machine. Gardez l’outil d’origine pour le pilotage du microscope, le traitement programmable, les chaînes d’analyse scriptées ou la gestion institutionnelle des images.
Fiji/ImageJ, QuPath, napari: Traitement extensible, macros, modules, scripts, segmentation, analyse en pathologie et flux Python scientifiques.
OMERO: Référentiel central, droits d’accès, collaboration et gestion institutionnelle des données.
Questions sur les fichiers CZI
Ouvrir CZI sur un Mac
Utilisez macOS 14 ou ultérieur. Choisissez la version Apple Silicon ou Intel adaptée à votre Mac et copiez le fichier en local avant de l’ouvrir.
Si le fichier ne s’ouvre pas
Vérifiez que la copie est terminée. Si le problème persiste, contactez l’assistance en indiquant la version de l’application, le format et le message d’erreur.
À qui s’adresse SlideScope ?
Aux laboratoires de recherche, plateformes de microscopie, enseignants et équipes de revue en pathologie qui ont besoin d’un outil de consultation pratique.
SlideScope est indépendant et n’est affilié ni à Leica Biosystems, ZEISS, Nikon, ImageJ, Fiji, QuPath, napari, ni à OMERO. Les noms servent uniquement à une comparaison factuelle.
Télécharger SlideScope
Explorez des lames entières, des canaux de fluorescence et des piles d’images dans un espace de travail dédié pour Windows et macOS.
