CZI su macOS

Come aprire file CZI su Mac

SlideScope apre i file Zeiss CZI in modo nativo su macOS 14 o successivi, sui Mac Apple Silicon e Intel: ogni scena, canale, piano Z e punto temporale, con la dimensione del pixel registrata nel file. Esporta la scena che stai visualizzando, o tutte le scene, in un unico file OME-TIFF. ZEN lite, il visualizzatore gratuito di ZEISS, funziona solo su Windows. Usi Windows? Vedi come aprire file CZI su Windows e Mac.

Scene, canali, Z e tempoEsportazione in OME-TIFFApple Silicon e Intel

Installa SlideScope sul tuo Mac

  1. Scarica la versione per macOS adatta al tuo Mac: Apple Silicon (serie M) o Intel. La pagina di download ti consiglia quella giusta.
  2. Apri il DMG e trascina SlideScope in Applicazioni. La guida all’installazione su macOS mostra ogni passaggio con screenshot, compreso cosa fare se macOS ti chiede di confermare la prima apertura.
  3. Apri un campione dalla libreria inclusa, oppure un tuo vetrino. Esplora gratis la libreria di campioni inclusa, con tutti gli strumenti. Per aprire le tue immagini serve un abbonamento. L’abbonamento inizia solo quando lo scegli al momento del pagamento.

File CZI multi-scena: visualizza ogni scena ed esporta in OME-TIFF

Un CZI può contenere più scene: i pozzetti di una piastra, regioni a tessere o le regioni di scansione di un vetrino. SlideScope mostra ogni scena da sola o tutte insieme, ed esporta in OME-TIFF la scena che stai visualizzando oppure tutte le scene. Il video e i passaggi qui sotto usano un file di esempio pubblico con due scene.

Guarda l’intero flusso di lavoro (1 min 41 s)

Apertura di un CZI con due scene, passaggio da una scena all’altra, XY Overview, canali, Details, esportazione di una scena e di tutte le scene e riapertura dell’OME-TIFF. Narrazione in inglese; sottotitoli in tutte le lingue del sito. Registrato con SlideScope 1.8.56 su Windows; la versione per macOS ha gli stessi controlli. Aggiornato dopo la registrazione: ora per aprire ed esportare le tue immagini serve un abbonamento. I campioni inclusi restano gratuiti con tutti gli strumenti.
Trascrizione

Un file CZI può contenere più scene: pozzetti di una piastra, regioni a tessere o regioni di scansione. Ecco come visualizzarle una per una ed esportarle in OME-TIFF.

Un CZI con due scene, aperto direttamente. Nessuna conversione. Il controllo Scene passa da una scena alla successiva. La scena 2 è il pozzetto D7. La scena 1 è il pozzetto D6. XY Overview colloca ogni scena nel punto in cui è stata registrata. Questi due pozzetti distano 9 mm.

Unisci i canali in un’unica vista con Blend channels into one view. Disattiva un canale per vedere che cosa apporta. Ingrandisci. La barra di scala resta calibrata. Details elenca la dimensione del pixel, i canali e le impostazioni di acquisizione.

Per esportare, scegli File, poi Export Current Image as TIFF. Mentre visualizzi una scena, viene esportata solo quella scena. Prima che inizi, vedi la dimensione del pixel, i canali e la compressione che verranno scritti. Per esportare tutte le scene, attiva prima XY Overview. Tutte le scene finiscono in un unico file OME-TIFF. Ogni scena è un’immagine a sé al suo interno.

Apri il risultato. Ci sono entrambe le scene, come immagine 1 e immagine 2. La dimensione del pixel e i nomi dei canali sono stati conservati.

Un account gratuito ti permette di aprire e visualizzare immagini locali prima di qualsiasi prova. L’esportazione richiede la prova di 3 giorni o un abbonamento. Una scansione grande a tessere viene esportata alla risoluzione della panoramica, non della scansione completa. È la stessa app su macOS e Windows. Queste immagini sono state registrate su Windows.

Passo 1

Apri il file CZI

Scegli File › Open File… (Ctrl+O su Windows, ⌘O su Mac) oppure trascina il file .czi sulla finestra. La prima scena compare subito. Non viene convertito nulla e il file non viene caricato.

Passo 2

Scorri le scene

Un file con più scene mostra un controllo Scene sotto l’immagine. Usa − e + oppure digita un numero. Ogni scena mantiene la propria dimensione e il nome registrato nel file, come un pozzetto (D6, D7) o una regione a tessere.

SlideScope che mostra la scena 2 di 2 di un file CZI, con il controllo Scene sotto l’immagine impostato su 2 di 2.
Passo 3

Vedi tutte le scene in XY Overview

Fai clic su XY Overview accanto al controllo Scene, oppure scegli View › XY Overview (Ctrl+Shift+X). Ogni scena viene disegnata nel punto in cui è stata registrata, spazi vuoti compresi. Fai clic su una scena per selezionarla e doppio clic per aprirla. Le scene molto distanti tra loro, come pozzetti a 9 mm di distanza, partono come piccole tessere: ingrandisci per vederle.

XY Overview che mostra le due scene del campione, etichettate D6 e D7, nelle posizioni registrate a 9 mm di distanza.
Passo 4

Controlla canali, dimensione del pixel e metadati

In Display, spunta Blend channels into one view per un composito a colori, oppure disattiva i singoli canali. Details elenca la dimensione del pixel, le dimensioni, la scena corrente e la sua dimensione. Luminosità, contrasto e colori cambiano solo ciò che vedi, mai i pixel memorizzati.

Il pannello Details con una dimensione del pixel di 100 nm, due canali, due posizioni XY e la scena corrente, 1 di 2 (D6).
Passo 5

Scegli File › Export Current Image as TIFF

Scegli File › Export Current Image as TIFF… (Ctrl+Shift+C). Scegli una cartella e un nome; SlideScope ne propone uno che termina in .ome.tif.

Il menu File aperto con Export Current Image as TIFF evidenziato.
Passo 6

Esporta una scena o tutte le scene

Mentre sullo schermo c’è una sola scena, viene esportata solo quella, con un nome come sample_scene-2.ome.tif. Per esportare tutte le scene, attiva prima XY Overview: tutte le scene finiscono in un unico file OME-TIFF, ciascuna come immagine a sé con la propria dimensione. Prima che venga scritto qualcosa, una conferma mostra la dimensione, la dimensione del pixel, i canali e la compressione.

Conferma di esportazione per la scena 2 (D7): esportata da sola a risoluzione piena, come OME-TIFF senza perdita che registra una dimensione del pixel di 0,1 µm, i nomi e i colori dei canali.
Passo 7

Apri il risultato

Fai clic su Open Exported TIFF al termine dell’esportazione. SlideScope mostra ogni scena esportata come un’immagine; scorrile con il controllo Image. I lettori OME-TIFF che supportano più immagini per file, come Bio-Formats in Fiji, le elencano come serie separate.

L’OME-TIFF esportato riaperto in SlideScope, che mostra l’immagine 2 di 2 con la barra di scala da 20 µm intatta.

Che cosa contiene l’OME-TIFF esportato

  • Un solo file. Esportando la scena sullo schermo si scrive un’immagine; esportando da XY Overview si scrive ogni scena come immagine separata all’interno dello stesso file, ciascuna con la propria dimensione. Non viene creato un file per scena.
  • I pixel vengono scritti senza modifiche, con compressione senza perdita (Deflate). Luminosità, contrasto e gamma sono impostazioni di visualizzazione e non vengono applicati all’esportazione.
  • La dimensione del pixel in micrometri, il passo Z quando c’è uno Z-stack, i nomi dei canali registrati nel CZI e i colori dei canali impostati al momento nel visualizzatore. Un file senza una dimensione del pixel registrata viene esportato senza; SlideScope non inventa una calibrazione.
  • Risoluzione: le scene che stanno in memoria vengono esportate a risoluzione piena. Una scansione grande a tessere, come una regione di uno scanner per vetrini, viene esportata alla risoluzione della panoramica. La conferma indica il rapporto, per esempio 1:8, e la dimensione del pixel registrata viene scalata di conseguenza. La scansione a risoluzione piena resta visualizzabile regione per regione in SlideScope.
  • Una singola immagine esportata più larga o più alta di 4.096 pixel riceve anche livelli piramidali a risoluzione ridotta. Un file con più immagini no. I file oltre i 2 GiB vengono scritti come BigTIFF.
  • Non vengono copiati: il resto dei metadati di acquisizione del CZI e le posizioni delle scene come coordinate del tavolino. Conserva il CZI originale come file d’archivio.
Conferma di esportazione da XY Overview: il file contiene 2 scene e ciascuna viene scritta come immagine a sé nell’OME-TIFF, con la propria dimensione, compressione senza perdita, la dimensione del pixel di ogni immagine, i nomi e i colori dei canali.

Che cosa ti serve

Windows 10 o 11, oppure macOS 14 o successivi su Apple Silicon o Intel. Esplora gratis la libreria di campioni inclusa, con tutti gli strumenti. Per aprire le tue immagini serve un abbonamento. L’abbonamento costa $35.00 al mese e include l’esportazione.

Se qualcosa non sembra corretto

Compare una sola scena

Le scene diventano scorribili quando condividono il tipo di pixel e gli stessi canali, piani Z e punti temporali. Se non è così, SlideScope mostra la prima scena e ne spiega il motivo in Details. Se non è ciò che ti aspetti, inviaci il file.

I colori sono diversi da ZEN

I colori dei canali vengono dal file, quando li registra. Cambiali in Display › Channel colour…; l’esportazione registra i colori che imposti.

L’esportazione è più piccola della scansione

Una scansione grande a tessere viene esportata alla risoluzione della panoramica, e la conferma lo indica prima che venga scritto qualcosa. La scansione a risoluzione piena resta visualizzabile in SlideScope.

L’esportazione ti chiede di abbonarti

Sui campioni inclusi tutti gli strumenti funzionano gratis, esportazione compresa. Per esportare le tue immagini serve un abbonamento.

Campione usato nel video e negli screenshot: S2_3x3_CH2.czi dai dati di esempio di czitools (Sebastian Rhode / ZEISS, GPL-3.0), due scene di un mosaico 3 × 3 con DAPI ed EGFP. Nessun dato di clienti.

Quanto è testato il supporto CZI

Nel nostro test dei formati pubblicato, eseguito il 2026-09-18, si sono aperti tutti i 48 file CZI su 48, con fino a 8 canali, 56 piani Z e 10 punti temporali; il più grande era di 4,5 GB. È un nostro test dei lettori distribuiti con l’app, pubblicato con i dati grezzi, non una certificazione indipendente, e i file di esempio non coprono tutte le varianti di CZI in uso. I file di test pubblici comprendono piastre multipozzetto multi-scena e regioni a tessere, ma nessun CZI multi-scena da scanner per vetrini, quindi quel caso è meno coperto. Vedi il benchmark dei formati e il riferimento sulla compatibilità.

Altri modi per aprire CZI su Mac

StrumentoIdeale perDa tenere presente
SlideScopeAprire, esaminare, misurare ed esportare file CZI su Mac, insieme a ND2, SVS e altri formati.Uno strumento di visualizzazione e revisione. Niente scripting né pipeline di analisi personalizzate.
Fiji / ImageJ con Bio-FormatsAnalisi gratuita e open source con plugin e macro; legge i CZI su macOS.Una piattaforma di analisi; ogni scena viene importata come serie tramite una finestra di importazione.
QuPathAnalisi gratuita di immagini whole slide; legge i CZI tramite Bio-Formats.Pensato per progetti di analisi di vetrini più che per la revisione rapida di stack multidimensionali.
ZEISS ZEN liteIl visualizzatore gratuito del produttore, il più vicino al software di acquisizione.Solo Windows, quindi non è un’opzione su un Mac senza Windows.

Domande

Posso aprire file CZI su un Mac?

Sì. SlideScope apre i file CZI in modo nativo su macOS 14 o successivi, sui Mac Apple Silicon e Intel, compresi i file con più scene, canali, piani Z e punti temporali. Anche Fiji con Bio-Formats apre i CZI su Mac. ZEN lite, il visualizzatore gratuito di ZEISS, è un’applicazione per Windows.

Come vedo tutte le scene di un file CZI?

Usa il controllo Scene sotto l’immagine per passare da una scena all’altra, oppure attiva XY Overview per vedere ogni scena nella posizione registrata. Ogni scena mantiene la propria dimensione e il proprio nome.

Posso esportare una scena CZI in OME-TIFF?

Sì. File › Export Current Image as TIFF esporta la scena sullo schermo, oppure tutte le scene quando XY Overview è attivo. Ogni scena diventa un’immagine a sé all’interno di un unico file OME-TIFF, con compressione senza perdita, dimensione del pixel e nomi dei canali. Per esportare i tuoi file serve un abbonamento; i campioni inclusi si esportano gratis.

SlideScope è affiliato a ZEISS?

No. SlideScope è indipendente e non è affiliato a ZEISS. I nomi dei prodotti servono solo a descrivere il formato dei file e il confronto.

Indipendenza

SlideScope non è affiliato a ZEISS. ZEISS, ZEN e CZI sono citati per descrivere la compatibilità dei file. SlideScope è pensato per ricerca, formazione e revisione, non per la diagnosi.

Quando SlideScope è la scelta giusta

Scegli SlideScope se vuoi un’unica app desktop nativa, su Mac o su PC Windows, che apra vetrini e file di microscopia di molti produttori (SVS, NDPI, MRXS, CZI, ND2, LIF, VSI, DICOM e altri), misuri in unità calibrate e conti nuclei e cellule senza scrivere codice, con tutti i file che restano sul tuo computer.

È un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita: tutti gli strumenti funzionano sui campioni inclusi, mentre per le tue immagini serve un abbonamento (PayPal o carta). Se apri un solo formato di un produttore su Windows, il visualizzatore gratuito di quel produttore potrebbe bastarti; per l’analisi tramite script, QuPath e Fiji sono gratuiti e open source.

Provalo sul tuo file CZI

Esplora gratis la libreria di campioni inclusa, con tutti gli strumenti. Per aprire le tue immagini serve un abbonamento. L’abbonamento costa $35.00 al mese, addebitato al momento dell’abbonamento (PayPal o carta). Puoi annullarlo quando vuoi dal tuo account.

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