ZEISS の .czi ファイルには複数のシーンを保存できます。プレートのウェル、タイル領域、スライドのスキャン領域などです。このチュートリアルでは、2 シーンの CZI を SlideScope で開き、各シーンを順に表示し、XY Overview で各シーンがどこで記録されたかを示します。
続いてチャンネルとピクセルサイズを確認し、1 つのシーンまたはすべてのシーンを OME-TIFF に書き出して、結果を開き直します。書き出したファイルにはピクセルサイズとチャンネル名が保持されるため、Fiji、QuPath、その他の Bio-Formats 対応リーダーで正しく開けます。
文章で読みたい方は：CZI ファイル（マルチシーンファイルを含む）を開く方法。
収録後の更新。ナレーションで書き出し用のトライアルに触れている箇所について：ナレーションのトライアルは新規登録者には提供されなくなり、紹介されている価格も変更されています。内蔵のサンプルライブラリはすべてのツールとともに無料で使え、ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です（ご登録時に PayPal またはカードで請求）。現在の価格は料金ページに掲載しています。料金をご覧ください。
CZI ファイルには複数のシーンを保存できます。プレートのウェル、タイル領域、スキャン領域などです。
それぞれを表示し、OME-TIFF として書き出す方法を紹介します。
2 つのシーンを持つ CZI を直接開きました。変換は不要です。
Scene コントロールで、シーンを 1 つずつ切り替えられます。
シーン 2 はウェル D7、シーン 1 はウェル D6 です。
XY Overview は、すべてのシーンを記録された位置に配置します。
この 2 つのウェルは 9 mm 離れています。
チャンネルを 1 つのビューに重ね合わせます。
チャンネルをオフにすると、そのチャンネルの寄与がわかります。
ズームインしても、スケールバーは校正されたままです。
Details には、ピクセルサイズ、チャンネル、取得設定が表示されます。
書き出すには、File を選び、Export Current Image as TIFF を選びます。
1 つのシーンを表示している間は、そのシーンだけが書き出されます。
開始前に、書き込まれるピクセルサイズ、チャンネル、圧縮方式を確認できます。
すべてのシーンを書き出すには、先に XY Overview をオンにします。
すべてのシーンが 1 つの OME-TIFF ファイルに入り、各シーンはその中の個別の画像になります。
結果を開きます。両方のシーンが画像 1 と画像 2 として入っています。
ピクセルサイズとチャンネル名も引き継がれています。
無料アカウントがあれば、トライアルの前にローカル画像を開いて表示できます。
書き出しには 3 日間のトライアルまたはサブスクリプションが必要です。
大きなタイルスキャンは、フルスキャンではなくオーバービューの解像度で書き出されます。
macOS と Windows で同じアプリです。この映像は Windows で収録しました。
Windows または Mac 版の SlideScope をダウンロードしてください。内蔵のサンプルライブラリは、すべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です。サブスクリプションはご登録時に PayPal またはカードで請求されます。アカウントからいつでも解約できます。