SlideScope は Zeiss の CZI ファイルを、macOS 14 以降の Apple Silicon Mac と Intel Mac でネイティブに開けます。すべてのシーン、チャンネル、Z 平面、時点を、ファイルに記録されたピクセルサイズとともに表示します。表示中のシーン、またはすべてのシーンを 1 つの OME-TIFF ファイルに書き出せます。ZEISS の無料ビューア ZEN lite は Windows 専用です。Windows をお使いですか？Windows と Mac で CZI ファイルを開く方法をご覧ください。
CZI には複数のシーンを保存できます。プレートのウェル、タイル領域、スライドのスキャン領域などです。SlideScope は各シーンを個別に、またはすべてをまとめて表示し、表示中のシーンまたはすべてのシーンを OME-TIFF に書き出します。以下の動画と手順では、公開されている 2 シーンのサンプルファイルを使っています。
CZI ファイルには複数のシーンを保存できます。プレートのウェル、タイル領域、スキャン領域などです。それぞれを表示し、OME-TIFF として書き出す方法を紹介します。
2 つのシーンを持つ CZI を直接開きました。変換は不要です。Scene コントロールで、シーンを 1 つずつ切り替えられます。シーン 2 はウェル D7、シーン 1 はウェル D6 です。XY Overview は、すべてのシーンを記録された位置に配置します。この 2 つのウェルは 9 mm 離れています。
チャンネルを 1 つのビューに重ね合わせます。チャンネルをオフにすると、そのチャンネルの寄与がわかります。ズームインしても、スケールバーは校正されたままです。Details には、ピクセルサイズ、チャンネル、取得設定が表示されます。
書き出すには、File を選び、Export Current Image as TIFF を選びます。1 つのシーンを表示している間は、そのシーンだけが書き出されます。開始前に、書き込まれるピクセルサイズ、チャンネル、圧縮方式を確認できます。すべてのシーンを書き出すには、先に XY Overview をオンにします。すべてのシーンが 1 つの OME-TIFF ファイルに入り、各シーンはその中の個別の画像になります。
結果を開きます。両方のシーンが画像 1 と画像 2 として入っています。ピクセルサイズとチャンネル名も引き継がれています。
無料アカウントがあれば、トライアルの前にローカル画像を開いて表示できます。書き出しには 3 日間のトライアルまたはサブスクリプションが必要です。大きなタイルスキャンは、フルスキャンではなくオーバービューの解像度で書き出されます。macOS と Windows で同じアプリです。この映像は Windows で収録しました。
File › Open File…（Windows では Ctrl+O、Mac では ⌘O）を選ぶか、.czi ファイルをウィンドウにドラッグします。最初のシーンがすぐに表示されます。何も変換されず、ファイルがアップロードされることもありません。
複数のシーンを持つファイルでは、画像の下に Scene コントロールが表示されます。− と + を使うか、番号を入力します。各シーンは、ウェル（D6、D7）やタイル領域など、ファイル内の独自のサイズと名前を保持します。
Scene コントロールの隣にある XY Overview をクリックするか、View › XY Overview（Ctrl+Shift+X）を選びます。すべてのシーンが、間の空白も含めて記録された位置に描画されます。シーンをクリックすると選択され、ダブルクリックすると開きます。9 mm 離れたウェルのように遠く離れたシーンは、最初は小さなタイルとして表示されるので、ズームインして確認してください。
Display で Blend channels into one view にチェックを入れるとカラーのコンポジットになり、個別のチャンネルをオフにすることもできます。Details には、ピクセルサイズ、次元、現在のシーンとそのサイズが表示されます。明るさ、コントラスト、色の変更は表示にだけ反映され、保存されたピクセルは変更されません。
File › Export Current Image as TIFF…（Ctrl+Shift+C）を選びます。フォルダーと名前を指定します。SlideScope は末尾が .ome.tif の名前を提案します。
1 つのシーンを表示している間は、そのシーンだけが sample_scene-2.ome.tif のような名前で書き出されます。すべてのシーンを書き出すには、先に XY Overview をオンにします。すべてのシーンが 1 つの OME-TIFF ファイルに入り、それぞれが独自のサイズの個別の画像になります。何かが書き込まれる前に、サイズ、ピクセルサイズ、チャンネル、圧縮方式を示す確認画面が表示されます。
書き出しが完了したら Open Exported TIFF をクリックします。SlideScope は書き出された各シーンを画像として表示し、Image コントロールで順に切り替えられます。Fiji の Bio-Formats など、1 つのファイルに複数の画像を持てる OME-TIFF リーダーでは、それぞれが別のシリーズとして一覧表示されます。
Windows 10 または 11、あるいは Apple Silicon または Intel の macOS 14 以降。内蔵のサンプルライブラリは、すべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です。サブスクリプションは月額 $35.00 で、書き出しも含まれます。
シーンを順に切り替えられるのは、ピクセル型が同じで、チャンネル、Z 平面、時点も同じ場合です。そうでない場合、SlideScope は最初のシーンを表示し、その理由を Details に示します。想定と違う場合は、ファイルをお送りください。
チャンネルの色は、ファイルに記録されている場合はそこから取得されます。Display › Channel colour… で変更でき、書き出しには設定した色が記録されます。
大きなタイルスキャンはオーバービューの解像度で書き出され、何かが書き込まれる前に確認画面でその旨が表示されます。フル解像度のスキャンは SlideScope で引き続き表示できます。
内蔵サンプルでは、書き出しを含むすべてのツールが無料で使えます。ご自身の画像の書き出しにはサブスクリプションが必要です。
動画とスクリーンショットのサンプル：czitools のサンプルデータ（Sebastian Rhode / ZEISS、GPL-3.0）の S2_3x3_CH2.czi。DAPI と EGFP の 3 × 3 モザイクの 2 シーンです。顧客データは含まれていません。
2026-09-18 に実施し公開した形式テストでは、CZI ファイル 48 個中 48 個すべてが開き、最大 8 チャンネル、56 Z 平面、10 時点を含んでいました。最大のファイルは 4.5 GB でした。これは出荷版ローダーを対象とした当社自身のテストで、生データとともに公開していますが、独立した認証ではなく、サンプルファイルが実際に使われているすべての CZI のバリエーションを網羅しているわけでもありません。公開テストファイルにはマルチシーンのウェルプレートやタイル領域は含まれていますが、スライドスキャナーのマルチシーン CZI は含まれていないため、そのケースの検証範囲は限られています。形式ベンチマークと互換性リファレンスをご覧ください。
| ツール | 適した用途 | 注意点 |
|---|---|---|
| SlideScope | Mac での CZI ファイルの表示、レビュー、計測、書き出しを、ND2、SVS などの形式と合わせて行う場合。 | ビューア兼レビューツールです。スクリプトやカスタム解析パイプラインには対応していません。 |
| Fiji / ImageJ（Bio-Formats 使用） | プラグインとマクロを備えた無料のオープンソース解析ツール。macOS で CZI を読み込めます。 | 解析プラットフォームで、各シーンはインポートダイアログからシリーズとして読み込まれます。 |
| QuPath | 無料の全スライド解析ツール。Bio-Formats 経由で CZI を読み込みます。 | 多次元スタックのすばやいレビューよりも、スライド解析のプロジェクトを中心に設計されています。 |
| ZEISS ZEN lite | ベンダーの無料ビューアで、取得ソフトウェアに最も近い存在です。 | Windows 専用のため、Windows のない Mac では選択肢になりません。 |
はい。SlideScope は、macOS 14 以降の Apple Silicon Mac と Intel Mac で、複数のシーン、チャンネル、Z 平面、時点を含むファイルも含めて CZI ファイルをネイティブに開けます。Bio-Formats を入れた Fiji でも Mac で CZI を開けます。ZEISS の無料ビューア ZEN lite は Windows アプリケーションです。
画像の下にある Scene コントロールでシーンを順に切り替えるか、XY Overview をオンにして、すべてのシーンを記録された位置で表示します。各シーンは独自のサイズと名前を保持します。
はい。File › Export Current Image as TIFF で、表示中のシーン、または XY Overview がオンのときはすべてのシーンを書き出せます。各シーンは 1 つの OME-TIFF ファイル内の個別の画像になり、可逆圧縮で、ピクセルサイズとチャンネル名も保持されます。ご自身のファイルの書き出しにはサブスクリプションが必要です。内蔵サンプルは無料で書き出せます。
いいえ。SlideScope は独立した製品であり、ZEISS とは提携していません。製品名は、ファイル形式および比較の検索意図を説明するためにのみ使用しています。
SlideScope は ZEISS と提携していません。ZEISS、ZEN、CZI の名前は、ファイルの互換性を説明するために記載しています。SlideScope は研究、教育、レビューのためのものであり、診断用ではありません。
Mac でも Windows PC でも、多くのベンダーのスライドや顕微鏡ファイル（SVS、NDPI、MRXS、CZI、ND2、LIF、VSI、DICOM など）を開き、校正済みの単位で計測し、コードを書かずに核や細胞を計数できるネイティブのデスクトップアプリを 1 つにまとめたい場合、そしてすべてのファイルをご自身のコンピューターに置いたままにしたい場合は、SlideScope をお選びください。
SlideScope は無料のサンプルライブラリが付属する有料アプリです。内蔵サンプルではすべてのツールが使え、ご自身の画像を開くにはサブスクリプション（PayPal またはカード）が必要です。Windows で 1 つのベンダーの形式しか開かないのであれば、そのベンダーの無料ビューアで十分な場合もあります。スクリプトによる解析が目的なら、QuPath と Fiji は無料のオープンソースです。
内蔵のサンプルライブラリは、すべてのツールとともに無料でお使いいただけます。ご自身の画像を開くにはサブスクリプションが必要です。サブスクリプションは月額 $35.00 で、ご登録時に請求されます（PayPal またはカード）。アカウントからいつでも解約できます。